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万見
- PDB-3sse: DNA binding domain of restriction endonuclease bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sse
タイトルDNA binding domain of restriction endonuclease bound to DNA
要素
  • 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
  • DNA (5'-D(*A*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*T*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / protein-DNA complex / restriction endonuclease / base flipping / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding ...restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Metal Transport, Frataxin; Chain A - #90 / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit, DNA-binding domain / MrcB-like, N-terminal domain / : / Metal Transport, Frataxin; Chain A / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Metal Transport, Frataxin; Chain A - #90 / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit, DNA-binding domain / MrcB-like, N-terminal domain / : / Metal Transport, Frataxin; Chain A / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sukackaite, R. / Grazulis, S. / Siksnys, V.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The recognition domain of the methyl-specific endonuclease McrBC flips out 5-methylcytosine.
著者: Sukackaite, R. / Grazulis, S. / Tamulaitis, G. / Siksnys, V.
履歴
登録2011年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
B: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
C: DNA (5'-D(*T*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*A*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2644
ポリマ－47,2644
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.046, 69.087, 143.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B / EcoKMcrBC


分子量: 19659.920 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: mcrB / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267
参照: UniProt: P15005, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*T*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4016.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*A*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3927.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化温度: 292 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2 M NH4Cl, 30% PEG4000, sitting drop, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→62.257 Å / Num. obs: 10488 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.7-2.855.70.441.7847714820.44100
2.85-3.025.70.3142.3823014390.314100
3.02-3.235.70.2373.1759113210.237100
3.23-3.495.70.1574.7708512400.157100
3.49-3.825.70.1245.9658711610.124100
3.82-4.275.60.0957.4586710460.095100
4.27-4.935.50.077952489500.077100
4.93-6.045.50.0729.444598180.072100
6.04-8.545.40.06111.534636430.061100
8.54-62.264.80.04311.118523880.04398.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
SCALA3.2.19データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
StructureStudio1.0.0データ収集
MOSFLM6.2.6データ削減
MOLREP9.2.10位相決定
精密化解像度: 2.7→39.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 17.793 / SU ML: 0.371 / 詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 1036 9.9 %
Rwork0.216 --
obs0.223 10448 99.9 %
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å20 Å20 Å2
2--2.4 Å20 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2471 486 0 34 2991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223632
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8762.2815121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2715299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.22124.621132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.65815411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.421158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9221.51499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77922421
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30432133
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4984.52700
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 78 -
Rwork0.256 695 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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