PDB-3sqw: Structure of Mss116p (NTE deletion) bound to ssRNA and AMP-PNP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sqw

タイトル

Structure of Mss116p (NTE deletion) bound to ssRNA and AMP-PNP

要素

ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

キーワード

HYDROLASE/RNA / RecA fold / RNA dependent ATPase / RNA helicase / Mitochondrion / HYDROLASE-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Group II intron splicing / transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / mitochondrial RNA processing / mitochondrial translational initiation / RNA strand annealing activity / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome / Group I intron splicing / RNA folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.909 Å

データ登録者

Del Campo, M. / Lambowitz, A.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: High-Throughput Genetic Identification of Functionally Important Regions of the Yeast DEAD-Box Protein Mss116p.
著者: Mohr, G. / Del Campo, M. / Turner, K.G. / Gilman, B. / Wolf, R.Z. / Lambowitz, A.M.

履歴

登録	2011年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sqw.cif.gz	234.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sqw.ent.gz	185.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/3sqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/3sqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sqxC 3i5xS 3i5y 3i61 3i62 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tyy-d 4tz6-d 3i5x-d 4tyw-d 3sqx-d 4xsl-1 3w75-d 2qum-2 3i5y-d 3w76-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial

B: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

69.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.159, 126.630, 56.247
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial 分子量: 66234.312 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 88-664 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MSS116, YD9346.05C, YDR194C / プラスミド: pMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P15424, RNA helicase
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') 分子量: 3016.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM ammonium acetate, 20 mM MgCl2, 50 mM HEPES-Na pH 7.0, and 5% polyethylene glycol 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 48576 / Num. obs: 48576 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.3 % / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 30.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.748 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3I5X CHAIN A

3i5x

解像度: 1.909→31.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23729	2430	5 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.1933	45960	97.3 %	-
all	-	45960	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.325 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.88 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.909→31.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3994	137	32	187	4350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4287
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.292	2.029	5831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.656	5	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.715	24.722	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.683	15	780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.626	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3087
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	809
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.56	1.5	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.13	1.5	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.067	2	4166
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.771	3	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.924	4.5	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.909→1.958 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	166	-
R_work	0.322	2766	-
obs	-	-	81.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6279	0.5535	0.0692	1.89	-0.4517	0.5263	-0.0078	-0.1922	0.1823	0.2744	0.0039	0.0548	-0.1161	0.0364	0.0039	0.2492	0.0224	0.0143	0.1731	-0.0135	0.4163	72.861	29.977	12.019
2	1.7993	0.4939	-0.0988	3.022	0.2136	2.459	-0.0327	-0.2357	-0.3719	0.2282	0.1181	0.0254	0.1363	0.0789	-0.0853	0.2667	0.0545	-0.0181	0.159	0.1051	0.5453	70.242	1.342	15.582
3	10.6957	-5.2726	2.2784	4.8773	-2.5889	6.012	0.3806	0.2908	-0.3326	-0.6969	-0.1918	-0.2236	0.7251	0.5255	-0.1888	0.2841	0.1006	0.0455	0.0789	0.041	0.6559	78.91	-10.224	6.035
4	6.6853	2.2961	-1.5264	31.4602	-0.0609	0.8853	-0.2875	0.1001	-0.949	-1.0411	0.2794	-1.8699	0.0641	0.1692	0.0082	0.2929	-0.0039	0.0636	0.2178	-0.0452	0.5499	79.39	11.458	4.69
5	28.158	6.6278	-2.7516	6.4785	-3.9414	12.1178	-0.6849	0.722	-1.9045	-1.4611	0.667	-1.0008	0.0378	1.0933	0.018	0.538	-0.189	0.1956	0.4116	-0.1428	0.6234	83.282	22.505	-3.095
6	2.701	3.6103	3.2112	4.826	4.2925	3.8184	-0.0641	-0.1836	0.2385	-0.103	-0.2279	0.3192	-0.0946	-0.2141	0.292	0.1248	0.0307	0.0636	0.0599	-0.0413	0.2378	65.458	33.954	16.718

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	88 - 479
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	480 - 560
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	561 - 595
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 9
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	800

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関連情報:EMDBヘッダ

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