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万見
- PDB-3sqo: PCSK9 J16 Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sqo
タイトルPCSK9 J16 Fab complex
要素
  • J16 Heavy chain
  • J16 Light chain
  • PCSK9 prodomain
  • Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
キーワードHYDROLASE/Immune system / cholesterol regulation / LDLR / HYDROLASE-Immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / negative regulation of sodium ion import across plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / very-low-density lipoprotein particle binding / low-density lipoprotein particle binding ...low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / negative regulation of sodium ion import across plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / very-low-density lipoprotein particle binding / low-density lipoprotein particle binding / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / LDL clearance / lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor internalization / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endolysosome membrane / sodium channel inhibitor activity / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / signaling receptor inhibitor activity / lysosomal transport / triglyceride metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / protein autoprocessing / regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of receptor internalization / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / apolipoprotein binding / cholesterol metabolic process / VLDLR internalisation and degradation / phospholipid metabolic process / neurogenesis / cholesterol homeostasis / cellular response to starvation / Post-translational protein phosphorylation / kidney development / liver development / cellular response to insulin stimulus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron differentiation / late endosome / positive regulation of neuron apoptotic process / early endosome / lysosome / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / RNA binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 ...Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Alpha-Beta Plaits / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Strop, P.
引用ジャーナル: J.Pharmacol.Exp.Ther. / 年: 2012
タイトル: Proprotein convertase substilisin/kexin type 9 antagonism reduces low-density lipoprotein cholesterol in statin-treated hypercholesterolemic nonhuman primates.
著者: Liang, H. / Chaparro-Riggers, J. / Strop, P. / Geng, T. / Sutton, J.E. / Tsai, D. / Bai, L. / Abdiche, Y. / Dilley, J. / Yu, J. / Wu, S. / Chin, S.M. / Lee, N.A. / Rossi, A. / Lin, J.C. / ...著者: Liang, H. / Chaparro-Riggers, J. / Strop, P. / Geng, T. / Sutton, J.E. / Tsai, D. / Bai, L. / Abdiche, Y. / Dilley, J. / Yu, J. / Wu, S. / Chin, S.M. / Lee, N.A. / Rossi, A. / Lin, J.C. / Rajpal, A. / Pons, J. / Shelton, D.L.
履歴
登録2011年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
H: J16 Heavy chain
L: J16 Light chain
P: PCSK9 prodomain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,5314
ポリマ－118,5314
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.921, 70.981, 109.156
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin- ...Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9


分子量: 57443.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 抗体 J16 Heavy chain


分子量: 23762.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 J16 Light chain


分子量: 23533.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質 PCSK9 prodomain / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin- ...Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9


分子量: 13791.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAINS A AND P ARE EXPRESSED AS A SINGLE CHAIN. THERE IS AN AUTO-PROTEOLYSIS THAT CUTS THE CHAIN ...CHAINS A AND P ARE EXPRESSED AS A SINGLE CHAIN. THERE IS AN AUTO-PROTEOLYSIS THAT CUTS THE CHAIN INTO TWO, BUT THE SECOND CHAIN STAYS VERY TIGHTLY ASSOCIATED. IT HAS BEEN THE NOMENCLATURE OF THE PREVIOUSLY PUBLISHED PCSK9 STRUCTURES TO HAVE CHAIN P AS THE PRO-DOMAIN AND CHAIN A AS THE CATALYTIC DOMAIN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 7% PEG 10000, 100 mM Hepes pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月8日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→40 Å / Num. obs: 35342 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 1.133 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allRsym valueΧ2% possible allMean I/σ(I) obs
2.65-2.741.90.47227260.4721.37673.5
2.74-2.852.30.51732830.5171.27188.71.71
2.85-2.982.70.46435200.4641.16994.82.32
2.98-3.1430.36536120.3651.23998
3.14-3.343.10.26636850.2661.2498.6
3.34-3.63.20.18236460.1821.20298.5
3.6-3.963.20.13436900.1341.19798.6
3.96-4.533.20.09336760.0931.13698.8
4.53-5.73.10.07437220.0741.03299
5.7-403.10.04837820.0480.7298.115.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.7 Å14.96 Å
Translation2.7 Å14.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / WRfactor Rfree: 0.2858 / WRfactor Rwork: 0.2264 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7844 / SU B: 32.279 / SU ML: 0.31 / SU R Cruickshank DPI: 1.7519 / SU Rfree: 0.3872 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2828 1721 5.2 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.2261 33325 96.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 166.65 Å2 / Biso mean: 56.8753 Å2 / Biso min: 16.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å2-1.65 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7624 0 0 32 7656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227801
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.025261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0621.95210605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9323.00512773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.075995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.60623.281317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.252151248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1671555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.028717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021564
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.21559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.25325
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.23686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.24429
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0160.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2650.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1950.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5561.56377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0741.52037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.53928047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.93933241
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3314.52558
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 98 -
Rwork0.309 1975 -
all-2073 -
obs--83.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29510.69070.79932.51160.06812.8159-0.12610.27510.1157-0.1680.08490.09-0.25610.03410.0412-0.15870.0357-0.0849-0.43730.004-0.2207-8.837-20.693-13.148
24.8482-1.1627-0.62335.9855-0.32365.5415-0.1474-0.5405-0.31430.8210.11630.5030.0305-0.43320.0311-0.05770.0770.0288-0.16390.0445-0.1209-28.213-31.67312.005
35.98050.84982.96433.39981.45664.4977-0.017-0.18610.01130.25460.0004-0.4128-0.03790.10280.0166-0.1335-0.0173-0.0998-0.52490.0496-0.175113.796-26.0435.267
43.69671.12513.14574.6140.74418.2790.01530.3699-0.0137-0.2475-0.0795-0.03980.35150.31090.06410.02020.047-0.0133-0.2390.0369-0.2773-13.557-20.645-48.643
53.7147-1.17022.38916.6438-3.15818.20020.12810.22340.3364-0.5348-0.2853-0.3786-0.3573-0.59240.15720.19270.21560.00830.0115-0.0283-0.1782-31.663-9.098-78.624
64.17291.18761.30116.0379-3.70847.2765-0.34050.04160.44420.15970.0133-0.5247-1.15340.53180.32720.231-0.1304-0.1504-0.18080.06230.0197-9.1970.727-46.066
79.21875.19814.35068.17390.16096.3897-0.4303-0.46110.5589-0.0921-0.33940.5178-0.8667-1.16470.76970.40110.3154-0.14060.0148-0.0649-0.0806-32.9731.955-66.391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A153 - 449
2X-RAY DIFFRACTION2A453 - 659
3X-RAY DIFFRACTION3P61 - 152
4X-RAY DIFFRACTION4L4 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5L106 - 214
6X-RAY DIFFRACTION6H4 - 110
7X-RAY DIFFRACTION7H111 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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