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- PDB-3sq6: Crystal Structures of the Ligand Binding Domain of a Pentameric A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sq6
タイトルCrystal Structures of the Ligand Binding Domain of a Pentameric Alpha7 Nicotinic Receptor Chimera with its Agonist Epibatidine
要素Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN/Receptor/Agonist / Nicotinic Receptor / TRANSPORT PROTEIN-Receptor-Agonist complex
機能・相同性Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta / EPIBATIDINE
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Li, S.-X. / Huang, S. / Bren, N. / Noridomi, K. / Dellisanti, C. / Sine, S. / Chen, L.
引用ジャーナル: Nat.Neurosci. / 年: 2011
タイトル: Ligand-binding domain of an alpha 7-nicotinic receptor chimera and its complex with agonist.
著者: Li, S.X. / Huang, S. / Bren, N. / Noridomi, K. / Dellisanti, C.D. / Sine, S.M. / Chen, L.
履歴
登録2011年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
B: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
C: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
D: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
E: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
F: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
G: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
H: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
I: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
J: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,79534
ポリマ－236,40810
非ポリマー5,38724
水28816
1
A: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
B: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
C: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
D: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
E: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,01718
ポリマ－118,2045
非ポリマー2,81313
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
G: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
H: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
I: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
J: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,77816
ポリマ－118,2045
非ポリマー2,57411
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.237, 141.069, 130.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Acetylcholine-binding protein / AchBP


分子量: 23640.789 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Alpha7 Nicotinic Receptor Chimera / 由来: (組換発現) Homo sapiens, Lymnaea stagnalis / 遺伝子: CHRNA7
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EPJ / EPIBATIDINE / (2R)-2-(6-CHLOROPYRIDIN-3-YL)-7-AZABICYCLO[2.2.1]HEPTANE / エピバチジン


分子量: 208.687 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13ClN2 / コメント: alkaloid*YM
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細IN ORDER TO GET MORE ACCURATE A7 ACHR MODEL, THE AUTHORS MADE THE CHIMERA CONSTRUCT FROM THE HUMAN ...IN ORDER TO GET MORE ACCURATE A7 ACHR MODEL, THE AUTHORS MADE THE CHIMERA CONSTRUCT FROM THE HUMAN A7 ACHR AND ACHPB BASED ON THE PRINCIPLE COMBINING SEQUENCES FROM A7 ACHR WITH THOSE FROM ACHBP, AIMING TO MAXIMIZE A7 SEQUENCES WITHIN SECONDARY STRUCTURES AND IMPORTANT LOOP REGIONS
配列の詳細CHIMERIC PROTEIN BASED ON UNP ENTRIES P58154, P36544

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.47 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: vapor diffusion

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.47 Å / Num. all: 71225 / Num. obs: 61567 / % possible obs: 86.4 % / Biso Wilson estimate: 55.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→47.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 2052958.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 6245 10.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 61567 86.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.7882 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-23.61 Å20 Å2-19.55 Å2
2---15.19 Å20 Å2
3----8.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.9 Å0.83 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16572 0 350 16 16938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.972.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.514 734 10 %
Rwork0.49 6586 -
obs--62 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6epj_xplor.parepj_xplor.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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