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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sot | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Multidomain protein including DUF1735 (BACOVA_03322) from Bacteroides ovatus at 2.80 A resolution | ||||||
![]() | Multidomain protein including DUF1735 | ||||||
![]() | Structural Genomics / Unknown Function / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | ![]() Uncharacterised protein PF14274, DUF4361 / Domain of unknown function DUF4361 / Domain of unknown function DUF4973 / BT_3044-like, C-terminal / Domain of unknown function (DUF4973) / hypothetical protein (bacova_03559) / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Beta Barrel ...Uncharacterised protein PF14274, DUF4361 / Domain of unknown function DUF4361 / Domain of unknown function DUF4973 / BT_3044-like, C-terminal / Domain of unknown function (DUF4973) / hypothetical protein (bacova_03559) / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a Multidomain protein including DUF1735 (BACOVA_03322) from Bacteroides ovatus at 2.80 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 699.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 584.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 496.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 510.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 58.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 80.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3nqkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUGGESTS THAT A TRIMER IS A PREDOMINANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37451.086 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT (RESIDUES 22-339) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 22-339) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 % 解説: PHASER WAS USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT USING 3NQK AS THE SEARCH MODEL. THE SELENIUM POSITIONS EXTRACTED FROM THIS MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTION WERE USED FOR SAD PHASE REFINEMENT WITHIN ...解説: PHASER WAS USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT USING 3NQK AS THE SEARCH MODEL. THE SELENIUM POSITIONS EXTRACTED FROM THIS MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTION WERE USED FOR SAD PHASE REFINEMENT WITHIN PHENIX.AUTOSOL. THE FINAL SAD PHASES WERE INCLDUED AS RESTRAINTS FOR REFINEMENT. |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 0.2M MgAcetate, 20.00% PEG-3350, No Buffer, pH 7.7, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月7日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97883 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→29.966 Å / Num. all: 49939 / Num. obs: 49939 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.161 / Net I/σ(I): 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() ![]() 開始モデル: 3NQK 解像度: 2.8→29.966 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9005 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8756 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. ETHYLENE GLYCOL USED AS A CRYOPROTECTANT WAS MODELED INTO THE STRUCTURE.4. THE REFINEMENT WAS RESTRAINBED AGAINST SAD PHASES. 5. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTERS LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS).
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原子変位パラメータ | Biso max: 141.82 Å2 / Biso mean: 43.7968 Å2 / Biso min: 3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.966 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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