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- PDB-3sok: Dichelobacter nodosus pilin FimA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sok
タイトルDichelobacter nodosus pilin FimA
要素Fimbrial protein
キーワードCELL ADHESION / pilus subunit / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoprotein, Type 4 Pilin / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV major fimbrial protein FimA
類似検索 - 構成要素
生物種Dichelobacter nodosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Arvai, A.S. / Craig, L. / Hartung, S. / Wood, T. / Kolappan, S. / Shin, D.S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Ultrahigh Resolution and Full-length Pilin Structures with Insights for Filament Assembly, Pathogenic Functions, and Vaccine Potential.
著者: Hartung, S. / Arvai, A.S. / Wood, T. / Kolappan, S. / Shin, D.S. / Craig, L. / Tainer, J.A.
履歴
登録2011年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fimbrial protein
B: Fimbrial protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2162
ポリマ－32,2162
非ポリマー00
水1,09961
1
A: Fimbrial protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1081
ポリマ－16,1081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fimbrial protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1081
ポリマ－16,1081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.729, 105.729, 73.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Fimbrial protein / 198 antigen / Pilin / Serogroup A1


分子量: 16108.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dichelobacter nodosus (バクテリア)
遺伝子: fimA / プラスミド: pJSM202 / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株 (発現宿主): PAK / 参照: UniProt: P02975
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 60% saturated ammonium sulfate 5% saturated NaCl 100mM Na Citrate 5% 1M NaPO4, pH 9.23, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月14日
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.3 Å / Num. all: 39396 / Num. obs: 27380 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.3→2.52 Å / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 2HI2 conserved core (residues 1-55 + 78-92 + 105-111)

2hi2


解像度: 2.3→47.283 Å / SU ML: 0.85 / σ(F): 1 / 位相誤差: 28.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2902 1817 9.84 %RANDOM 10%
Rwork0.2337 ---
all0.2393 19139 --
obs0.2393 18469 96.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.362 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8569 Å2-0 Å20 Å2
2---1.8569 Å2-0 Å2
3---3.7137 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2205 0 0 61 2266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0982990
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.862816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.36220.38341340.25361202X-RAY DIFFRACTION93
2.3622-2.43170.36191340.24331232X-RAY DIFFRACTION95
2.4317-2.51020.35011550.251228X-RAY DIFFRACTION97
2.5102-2.59990.35131340.24991246X-RAY DIFFRACTION96
2.5999-2.7040.34191270.27481290X-RAY DIFFRACTION97
2.704-2.8270.37271300.26481278X-RAY DIFFRACTION97
2.827-2.97610.32831370.26751287X-RAY DIFFRACTION98
2.9761-3.16250.33811340.251308X-RAY DIFFRACTION99
3.1625-3.40660.25771560.2491305X-RAY DIFFRACTION98
3.4066-3.74930.31511360.22931286X-RAY DIFFRACTION97
3.7493-4.29150.23681390.20711280X-RAY DIFFRACTION95
4.2915-5.40560.24011470.19671337X-RAY DIFFRACTION98
5.4056-47.29340.28921540.2441373X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.7093 Å / Origin y: 0.0057 Å / Origin z: 12.6855 Å
111213212223313233
T0.1371 Å2-0.0541 Å2-0.0236 Å2-0.2392 Å20.0538 Å2--0.2295 Å2
L0.1562 °2-0.2869 °20.062 °2-0.5494 °20.0571 °2--0.5624 °2
S0.1082 Å °-0.0255 Å °-0.0392 Å °-0.0372 Å °-0.0544 Å °-0.3049 Å °0.0139 Å °0.0527 Å °0.0019 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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