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- PDB-3snz: Crystal structure of a mutant W39D of a betagamma-crystallin doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3snz
タイトルCrystal structure of a mutant W39D of a betagamma-crystallin domain from Clostridium beijerinckii
要素Clostrillin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / calcium-bound betagamma-crystallin
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-1,3-glucanase, N-terminal, subdomain 2 / Beta-1,3-glucanase, N-terminal / Glucan endo-1,3-beta-glucosidase / Beta-1,3-glucanase / Glycosyl hydrolases family 64 (GH64) domain profile. / : / Carbohydrate binding module family 56 / CBM56 (carbohydrate binding type-56) domain profile. / Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 ...Beta-1,3-glucanase, N-terminal, subdomain 2 / Beta-1,3-glucanase, N-terminal / Glucan endo-1,3-beta-glucosidase / Beta-1,3-glucanase / Glycosyl hydrolases family 64 (GH64) domain profile. / : / Carbohydrate binding module family 56 / CBM56 (carbohydrate binding type-56) domain profile. / Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta and gamma crystallin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium beijerinckii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Srivastava, S.S. / Sankaranarayanan, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Decoding the molecular design principles underlying Ca(2+) binding to beta gamma-crystallin motifs
著者: Mishra, A. / Suman, S.K. / Srivastava, S.S. / Sankaranarayanan, R. / Sharma, Y.
履歴
登録2011年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clostrillin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7033
ポリマ－10,6231
非ポリマー802
水82946
1
A: Clostrillin
ヘテロ分子

A: Clostrillin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4056
ポリマ－21,2452
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.071, 110.071, 110.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 Clostrillin / Beta and gamma crystallin


分子量: 10622.506 Da / 分子数: 1 / 断片: betagamma-crystallin domain, UNP residues 118-213 / 変異: W39D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii (バクテリア)
株: NCIMB 8052 / 遺伝子: Cbei_2825 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6LX94
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25-30% PEG 3350, 0.1M HEPES, 0.1-0.2M lithium sulphate, pH 7.0-7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月14日 / 詳細: VariMax optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 7993 / 冗長度: 22.7 % / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 68.53
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 22.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.32 / Rsym value: 0.527

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I9H

3i9h


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 11.82 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24566 368 4.6 %RANDOM
Rwork0.2081 ---
obs0.20977 7608 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数679 0 2 46 727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022696
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0861.927953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.786586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.74426.45231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14915106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5111.5432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9542705
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3423264
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.24.5248
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 29 -
Rwork0.219 539 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.4299 Å / Origin y: -13.7864 Å / Origin z: -40.8013 Å
111213212223313233
T0.1331 Å2-0.0411 Å2-0.0767 Å2-0.1093 Å20.0953 Å2--0.626 Å2
L2.0416 °20.5218 °2-1.1447 °2-3.8066 °2-1.5706 °2--1.8927 °2
S0.0859 Å °-0.0108 Å °-0.1312 Å °0.1118 Å °0.227 Å °0.2828 Å °0.0476 Å °0.0677 Å °-0.3129 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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