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- PDB-3snf: Onconase, atomic resolution crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3snf
タイトルOnconase, atomic resolution crystal structure
要素Protein P-30
キーワードHYDROLASE / ribonuclease / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Protein P-30
類似検索 - 構成要素
生物種Rana pipiens (カエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Holloway, D.E. / Singh, U.P. / Shogen, K. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of Onconase at 1.1 angstrom resolution--insights into substrate binding and collective motion.
著者: Holloway, D.E. / Singh, U.P. / Shogen, K. / Acharya, K.R.
履歴
登録2011年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein P-30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3857
ポリマ－11,8461
非ポリマー5396
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.234, 38.157, 68.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein P-30 / Onconase


分子量: 11845.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: oocytes / 由来: (天然) Rana pipiens (カエル)
参照: UniProt: P22069, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CHANGE IN SEQUENCE FROM GLN TO PCA IS CAUSED BY POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2.2M ammonium sulfate, 0.25% PEG 4000, 0.01M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→32 Å / Num. obs: 30093 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 9.1 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1193 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ONC

1onc


解像度: 1.1→25.574 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 19.93 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1826 1413 4.85 %thin shells
Rwork0.1613 ---
obs0.1623 29163 82.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.992 Å2 / ksol: 0.501 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1573 Å20 Å2-0 Å2
2--8.1298 Å20 Å2
3----1.9725 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→25.574 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数826 0 29 148 1003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7661194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.206327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01147
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0994-1.13870.2184860.19532068X-RAY DIFFRACTION62
1.1387-1.18430.24081240.18562510X-RAY DIFFRACTION76
1.1843-1.23820.23541420.18812749X-RAY DIFFRACTION82
1.2382-1.30350.23871760.17572762X-RAY DIFFRACTION85
1.3035-1.38510.21591360.16512723X-RAY DIFFRACTION81
1.3851-1.4920.17991490.1432598X-RAY DIFFRACTION79
1.492-1.64220.1925930.14032633X-RAY DIFFRACTION77
1.6422-1.87970.18291480.14122915X-RAY DIFFRACTION87
1.8797-2.3680.15831720.12923247X-RAY DIFFRACTION95
2.368-25.58060.15311870.15923545X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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