PDB-3smp: Monoclinic crystal structure of human pantothenate kinase 1 alpha

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3smp

タイトル

Monoclinic crystal structure of human pantothenate kinase 1 alpha

要素

Pantothenate kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics Consortium / SGC / structural genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

Coenzyme A biosynthesis / acetyl-CoA binding / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / clathrin-coated vesicle / recycling endosome / nucleolus / protein homodimerization activity / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Guan, X. / Tempel, W. / Hong, B. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Monoclinic crystal structure of human pantothenate kinase 1 alpha
著者: Guan, X. / Tempel, W. / Hong, B. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.

履歴

登録	2011年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3smp.cif.gz	303 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3smp.ent.gz	245.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3smp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3smp_validation.pdf.gz	855.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3smp_full_validation.pdf.gz	863.8 KB	表示
XML形式データ	3smp_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	3smp_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/3smp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/3smp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1kit-d 1mb2-3 3fi0-4 3fi0-6 3fi0-1 6eku-d 1maw-2 6eks-d 1w0p-d 1w0o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pantothenate kinase 1

B: Pantothenate kinase 1

ヘテロ分子

88.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.680, 66.680, 88.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.20, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Pantothenate kinase 1 / hPanK / hPanK1 / Pantothenic acid kinase 1 分子量: 43072.340 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 231-597 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANK1, PANK / プラスミド: BL21-V2R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pET28-LIC / 参照: UniProt: Q8TE04, pantothenate kinase

#1: タンパク質

Pantothenate kinase 1 / hPanK / hPanK1 / Pantothenic acid kinase 1

分子量: 43072.340 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 231-597 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANK1, PANK / プラスミド: BL21-V2R / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pET28-LIC / 参照: UniProt: Q8TE04, pantothenate kinase

-
非ポリマー , 5種, 142分子

#2: 化合物	ChemComp-ARS / ARSENIC / ひ素分子量: 74.922 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: As
#3: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% peg-1500, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 69596 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 40.647 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11.65

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.9-1.95		0.923	1.5	18481	5128	99.8
1.95-2		0.684	2.1	18054	4978	99.8
2-2.06		0.472	2.9	17767	4881	99.9
2.06-2.12		0.417	3.5	17297	4746	99.8
2.12-2.19		0.304	4.6	16700	4573	99.9
2.19-2.27		0.254	5.4	16179	4422	99.8
2.27-2.36		0.19	6.9	15746	4296	99.8
2.36-2.45		0.159	8	15133	4138	99.6
2.45-2.56		0.134	9.4	14489	3938	99.7
2.56-2.69		0.102	11.7	13860	3781	99.6
2.69-2.83		0.082	14.4	13132	3582	99.6
2.83-3		0.069	16.4	12557	3423	99.5
3-3.21		0.054	20.2	11674	3211	99.6
3.21-3.47		0.046	23.6	10862	2984	99.7
3.47-3.8		0.042	26.2	10030	2757	99.5
3.8-4.25		0.038	28.3	9003	2488	99.4
4.25-4.91		0.037	29.9	8047	2201	99.1
4.91-6.01		0.038	29.2	6799	1869	98.9
6.01-8.5		0.037	30.1	5229	1441	97.8
	8.5	0.036	30.5	2558	759	90.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / Matrix type: sparse / WR_factor R_free: 0.249 / WR_factor R_work: 0.215 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 8.955 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED. Cofactor geometry restraints are based on pdb entry 3R95 and were optimized on the prodrg server. coot, phenix, ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	3531	5.081 %	THIN SHELLS (SFTOOLS)
R_work	0.2092	65961	-	-
obs	0.211	69492	99.392 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.89 Å² / B_iso mean: 31.841 Å² / B_iso min: 18.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.297 Å²	0 Å²	0.495 Å²
2-	-	2.843 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.508 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5454	0	119	123	5696

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	5857
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.988	7979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.901	3.003	9475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.371	5	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.759	24.118	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.607	15	971
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.094	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.779	1.5	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.206	1.5	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.394	2	5864
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.175	3	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.402	4.5	2084

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.335	178	0.298	4932	0.299	5128	99.649	0.286
1.949-2.003	0.31	294	0.28	4676	0.282	4986	99.679	0.262
2.003-2.061	0.29	261	0.258	4603	0.259	4877	99.733	0.236
2.061-2.124	0.275	239	0.243	4487	0.245	4745	99.6	0.221
2.124-2.193	0.286	223	0.226	4337	0.229	4569	99.803	0.202
2.193-2.27	0.271	211	0.221	4203	0.223	4431	99.616	0.197
2.27-2.356	0.234	285	0.213	3992	0.214	4291	99.674	0.189
2.356-2.452	0.245	169	0.222	3971	0.223	4165	99.4	0.2
2.452-2.56	0.255	248	0.22	3654	0.222	3923	99.465	0.199
2.56-2.685	0.397	31	0.227	3764	0.228	3815	99.476	0.21
2.685-2.83	0.246	205	0.215	3369	0.217	3593	99.471	0.202
2.83-3.001	0.27	287	0.22	3119	0.225	3428	99.358	0.214
3.001-3.207	0.242	127	0.215	3083	0.216	3224	99.566	0.215
3.207-3.463	0.239	117	0.213	2867	0.214	2999	99.5	0.219
3.463-3.792	0.236	198	0.206	2561	0.208	2774	99.459	0.218
3.792-4.236	0.246	93	0.177	2394	0.179	2503	99.361	0.2
4.236-4.886	0.181	128	0.154	2072	0.155	2219	99.144	0.184
4.886-5.97	0.196	95	0.185	1787	0.186	1906	98.741	0.222
5.97-8.383	0.234	92	0.214	1354	0.215	1479	97.769	0.259
8.383-50	0.23	50	0.212	736	0.213	862	91.183	0.279

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6791	0.2075	-0.7607	0.763	-0.8657	2.8393	-0.042	-0.0091	-0.068	0.0655	0.001	0.0175	0.1418	-0.0248	0.041	0.0611	0.0039	0.0083	0.008	-0.0226	0.1074	12.616	-32.2092	31.6754
2	1.206	0.2507	-0.5591	0.6671	-0.8286	3.6054	-0.0823	0.0308	0.0916	0.0691	-0.0095	-0.0386	-0.3167	0.3021	0.0918	0.0661	-0.0404	-0.0238	0.0379	0.0091	0.1326	25.8477	-11.4084	-2.7152

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	233 - 593
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001 - 4017
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6002 - 6600
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	232 - 594
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1001 - 4016
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6012 - 6600

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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