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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3smd | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a mut/nudix family protein from bacillus thuringiensis | |||||||||
要素 | MutT/NUDIX family protein | |||||||||
キーワード | Structural Genomics / Unknown Function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Mut/NUDIX protein / Protein Structure Initiative II(PSI II) / 11181d / Hydrolase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus thuringiensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Palani, K. / Kumaran, D. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a mut/nudix family protein from bacillus thuringiensis 著者: Palani, K. / Kumaran, D. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3smd.cif.gz | 42.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3smd.ent.gz | 29 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3smd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3smd_validation.pdf.gz | 423.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3smd_full_validation.pdf.gz | 424.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3smd_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3smd_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/3smd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/3smd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17589.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 株: Al Hakam / 遺伝子: balh_2480 / プラスミド: BC-pSGX3 (BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: A0REX4*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.98 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES-Na, 10% isopropanal, 20% PEG4000 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9205 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月17日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9205 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 14215 / Num. obs: 14215 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.1 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 18.9 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1324 / % possible all: 94.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76→40.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 123240.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.869 Å2 / ksol: 0.357741 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→40.4 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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