PDB-3sm4: Crystal Structure of the K131A Mutant of Lambda Exonuclease in Co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sm4

タイトル

Crystal Structure of the K131A Mutant of Lambda Exonuclease in Complex with a 5'-Phosphorylated 14-mer/12-mer Duplex and Magnesium

要素

5'-D(*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*G)-3'
5'-D(P*AP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3'
Exonuclease

キーワード

HYDROLASE/DNA / homologous recombination / DNA repair / recombineering / single-strand annealing / Type II Restriction Endonuclease Fold / 5'-3' dsDNA exonuclease / HYDROLASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage lambda (λファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Bell, C.E. / Zhang, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of {lambda} exonuclease in complex with DNA suggest an electrostatic ratchet mechanism for processivity.
著者: Zhang, J. / McCabe, K.A. / Bell, C.E.

履歴

登録	2011年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月3日	Group: Database references / Experimental preparation / Structure summary
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sm4.cif.gz	323 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sm4.ent.gz	258.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sm4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3sm4_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sm4_full_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示
XML形式データ	3sm4_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	3sm4_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/3sm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/3sm4	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Exonuclease

B: Exonuclease

C: Exonuclease

D: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*G)-3'

E: 5'-D(P*AP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3'

ヘテロ分子

86.8 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.391, 78.391, 247.534
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Exonuclease 分子量: 26164.758 Da / 分子数: 3 / 変異: K131A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ) 遺伝子: exo, Lambda Exonuclease, red-alpha, redX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI 参照: UniProt: P03697, exodeoxyribonuclease (lambda-induced)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#2: DNA鎖	5'-D(TPCPGPGPTPAPCPAPGPTPAPG)-3' 分子量: 3702.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖	5'-D(PAPGPCPTPAPCPTPGPTPAPCPCPGPA)-3' 分子量: 4264.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5'-phosphorylated

-
非ポリマー , 4種, 590分子

#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 19% PEG3350, 0.2 M sodium bromide, 5 mM magnesium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月3日

放射

モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97929 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.563
1	1	-H-K, K, -L	2	0.437

反射

解像度: 1.88→67.9 Å / Num. all: 65978 / Num. obs: 65978 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 20.3

反射シェル

解像度: 1.88→1.98 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AVQ

1avq

解像度: 1.88→67.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 5.388 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18578	3584	5.2 %	RANDOM
R_work	0.15976	-	-	-
all	0.16113	65978	-	-
obs	0.16113	65978	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.638 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	15.19 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.024 Å	0.026 Å
Luzzati sigma a	-	0.072 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→67.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5476	533	14	584	6607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	6218
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.919	2.054	8517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.536	5	679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.863	23.491	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.929	15	958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.465	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	4593

LS精密化シェル

解像度: 1.879→1.928 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	243	-
R_work	0.249	4805	-
obs	-	-	98.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3713	1.3179	1.3319	4.4758	0.7379	10.5555	0.2306	0.1331	0.0393	-0.6716	0.0404	-0.1121	0.3846	0.5155	-0.271	0.2737	0.0658	-0.0196	0.1326	-0.0109	0.3895	-23.829	-36.264	-10.673
2	2.074	-0.0098	0.8875	2.0152	0.0372	1.6153	0.0073	0.0301	-0.0614	0.0062	0.0362	-0.0609	-0.0658	0.1801	-0.0435	0.0637	0.0262	0.0194	0.041	0.0143	0.1406	-19.563	-20.726	4.285
3	2.6025	-1.713	0.9085	8.1018	-3.4366	2.6211	0.0339	0.1165	-0.0931	-0.0519	0.0727	0.555	-0.0551	-0.2318	-0.1066	0.0464	0.0146	-0.0167	0.0734	-0.0105	0.126	-0.5	-31.522	-10.767
4	3.9904	-1.383	-0.906	1.1659	0.1916	0.4987	0.0722	0.1137	-0.4503	-0.1025	-0.139	0.1835	0.1547	-0.048	0.0669	0.102	0.0164	-0.0309	0.0528	0.0054	0.2019	-14.934	-37.785	-1.191
5	2.09	1.5804	-0.0167	4.3935	-0.2272	-0.0793	0.0505	-0.1305	-0.0124	0.0871	-0.0453	0.1248	0.0747	-0.0005	-0.0053	0.1138	0.0317	0.0114	0.0543	0.0135	0.1214	2.048	-30.094	0.919
6	5.1444	-0.6185	-0.8503	2.5559	0.1459	3.6068	-0.0346	-0.1122	0.0079	-0.0054	0.0047	0.0763	-0.0366	-0.0121	0.0299	0.053	0.0152	0.0016	0.0264	0.048	0.1083	-9.183	-34.753	7.164
7	2.5104	-0.4923	-0.4717	0.7099	-0.1904	0.4222	-0.0593	-0.1716	-0.1863	0.0715	0.0704	0.1275	0.0022	-0.0271	-0.0111	0.0805	0.0077	-0.0179	0.0242	0.003	0.1055	-13.991	-29.339	4.649
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11	2.8303	-0.6499	-1.073	3.2361	3.4761	4.9283	0.0256	-0.0879	-0.0405	0.1076	-0.0062	-0.0329	0.1066	-0.0658	-0.0194	0.016	0.0068	-0.0128	0.0114	0.0226	0.0816	11.723	-17.242	1.374
12	2.4337	3.9057	-0.297	6.5378	-0.5339	1.1885	-0.1407	0.2574	-0.0133	-0.5253	0.1609	-0.0961	0.177	-0.0441	-0.0202	0.1418	0.0721	-0.0094	0.1021	0.0313	0.1397	6.835	1.597	-13.605
13	1.4473	-0.9257	0.3255	1.5582	-0.1028	0.3531	-0.0633	-0.0506	0.2104	-0.0253	0.053	-0.1796	-0.0473	0.0655	0.0103	0.0446	-0.0082	-0.0133	0.031	0.0024	0.1421	16.101	5.512	-4.255
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21	5.8572	1.4782	-2.465	1.9876	-0.635	1.6084	0.0701	-0.2976	0.1589	0.0827	-0.0648	-0.0846	-0.1872	0.2319	-0.0053	0.0959	-0.0076	-0.0296	0.0449	-0.0053	0.1781	-10.102	22.159	2.239
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23	3.0457	-0.5916	-3.7658	3.6922	1.1907	2.8954	0.0016	0.2209	0.0507	0.1041	0.0217	-0.365	0.0281	-0.1766	-0.0232	0.18	0.0061	0.0181	0.164	-0.027	0.1612	-4.318	-2.441	11.464
24	0.2683	-0.3335	0.0609	2.0547	-0.5989	-0.9073	-0.0359	-0.0691	-0.0313	-0.0676	0.0929	0.1837	0.0313	-0.0851	-0.057	0.0626	-0.0061	0.0041	0.1257	0.0077	0.1678	0.045	-10.792	-0.849
25	9.1926	1.1738	-1.7761	0.135	0.553	1.4718	-0.1604	0.2491	-0.4208	0.0388	-0.0014	0.0055	0.1563	-0.064	0.1617	0.0546	0.01	-0.0017	0.0582	0.0248	0.1491	6.947	-2.685	-5.994
26	3.4392	0.1197	-1.85	1.5756	-6.5137	9.4698	0.4896	0.0312	0.716	-0.2919	0.0687	0.5523	0.5172	-0.2819	-0.5582	0.3551	0.0053	0.0724	0.261	-0.0231	0.3843	-7.476	-7.117	2.346
27	5.404	1.5093	0.6675	5.8755	1.5341	7.9891	-0.0699	0.0162	-0.0914	0.2813	0.0688	-0.3402	0.1869	0.2504	0.0011	0.1026	-0.0269	0.0006	0.1396	0.0516	0.1411	-8.808	-3.993	20.565

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	74 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	95 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	120 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	150 - 171
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	172 - 226
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	-1 - 13
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	14 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	33 - 49
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	50 - 71
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	72 - 90
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	91 - 148
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	149 - 226
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	-2 - 14
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	15 - 52
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	53 - 72
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	73 - 128
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	129 - 147
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	148 - 197
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	198 - 226
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	1 - 4
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	5 - 8
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	9 - 12
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	1 - 4
26	X-RAY DIFFRACTION	26	E	5 - 8
27	X-RAY DIFFRACTION	27	E	9 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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