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- PDB-3slr: Crystal structure of N-terminal part of the protein BF1531 from B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3slr
タイトルCrystal structure of N-terminal part of the protein BF1531 from Bacteroides fragilis containing phosphatase domain complexed with Mg.
要素uncharacterized protein BF1531
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Two domains / phosphatase domain / protein FKBH / MG
機能・相同性
機能・相同性情報


FkbH domain / : / FkbH, N-terminal domain / Magnesium-dependent phosphatase-1, eukaryotic-type / HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase superfamily / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily ...FkbH domain / : / FkbH, N-terminal domain / Magnesium-dependent phosphatase-1, eukaryotic-type / HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase superfamily / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BF1531-like N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.712 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of N-terminal part of the protein BF1531 from Bacteroides fragilis containing phosphatase domain complexed with Mg.
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2011年7月27日ID: 3NVB
改定 1.12011年7月27日Group: Other
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein BF1531
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7843
ポリマ－44,7351
非ポリマー492
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: uncharacterized protein BF1531
ヘテロ分子

A: uncharacterized protein BF1531
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5686
ポリマ－89,4712
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area7790 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area28410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.741, 125.998, 41.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

21A-658-

HOH

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein BF1531


分子量: 44735.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: BF1531 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64W45
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 35% PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE, 0.05M HEPES, 0.2M POTASSIUM CHLORIDE, 2mM MAGNESIUM CHLORIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.712→37.87 Å / Num. all: 42478 / Num. obs: 42478 / % possible obs: 96.87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.712→37.87 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2132 2144 5.05 %RANDOM
Rwork0.1864 ---
all0.1878 42478 --
obs0.1878 42478 96.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.413 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.3508 Å2-0 Å20 Å2
2---3.6709 Å20 Å2
3---11.0217 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.712→37.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3038 0 2 277 3317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063142
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9774267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9761162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07473
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.712-1.75180.35381130.30162145X-RAY DIFFRACTION78
1.7518-1.79560.32561310.25262523X-RAY DIFFRACTION92
1.7956-1.84420.23821230.2052657X-RAY DIFFRACTION96
1.8442-1.89840.24271330.19982681X-RAY DIFFRACTION97
1.8984-1.95970.21691350.19372683X-RAY DIFFRACTION98
1.9597-2.02970.21391470.1852670X-RAY DIFFRACTION98
2.0297-2.1110.21921520.18312711X-RAY DIFFRACTION98
2.111-2.20710.24331430.18132706X-RAY DIFFRACTION99
2.2071-2.32340.21721410.18492735X-RAY DIFFRACTION99
2.3234-2.46890.22511420.17742741X-RAY DIFFRACTION99
2.4689-2.65950.25091400.18832739X-RAY DIFFRACTION99
2.6595-2.92710.21071570.18392763X-RAY DIFFRACTION99
2.9271-3.35040.20741620.18772777X-RAY DIFFRACTION99
3.3504-4.22030.16661590.16752831X-RAY DIFFRACTION100
4.2203-37.87980.20281660.18252972X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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