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- PDB-3slh: 1.70 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carbox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3slh
タイトル1.70 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (AroA) from Coxiella burnetii in complex with shikimate-3-phosphate and glyphosate
要素3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EPSP synthase signature 1. / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, conserved site / EPSP synthase signature 2. / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) ...EPSP synthase signature 1. / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, conserved site / EPSP synthase signature 2. / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / GLYPHOSATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / SHIKIMATE-3-PHOSPHATE / Chem-SKM / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Light, S.H. / Minasov, G. / Filippova, E.V. / Krishna, S.N. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.70 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase(AroA) from Coxiella burnetii in complex with shikimate-3-phosphate and glyphosate
著者: Light, S.H. / Minasov, G. / Filippova, E.V. / Krishna, S.N. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
C: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
D: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,12551
ポリマ－187,0154
非ポリマー6,11047
水27,4731525
1
A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,45916
ポリマ－46,7541
非ポリマー1,70515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,40212
ポリマ－46,7541
非ポリマー1,64811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,28513
ポリマ－46,7541
非ポリマー1,53212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,97810
ポリマ－46,7541
非ポリマー1,2259
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.252, 186.638, 95.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSP synthase / EPSPS


分子量: 46753.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA 493 / 遺伝子: aroA, CBU_0526 / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q83E11, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

-
非ポリマー , 12種, 1572分子

#2: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-S3P / SHIKIMATE-3-PHOSPHATE / シキミ酸3-りん酸


分子量: 254.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11O8P
#5: 化合物
ChemComp-GPJ / GLYPHOSATE / (カルボキシラトメチル)アミニオメチルホスホン酸ジアニオン


分子量: 170.081 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO5P
#6: 化合物
ChemComp-SKM / (3R,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYCYCLOHEX-1-ENE-1-CARBOXYLIC ACID / SHIKIMATE / シキミ酸


分子量: 174.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O5
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#10: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution: 7.5 mG/mL, 0.50 M NaCl, 0.01 M Tris-HCl (pH 8.3). Screen solution: Classics II (D7), 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月6日 / 詳細: Beryllium lens
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 176888 / Num. obs: 176888 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code: 3ROI

3roi


解像度: 1.7→29.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.945 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18169 8858 5 %RANDOM
Rwork0.14913 ---
obs0.15076 167981 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å2-0.22 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13004 0 383 1525 14912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02214049
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5292.00719078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.071323615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.63951890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.97924.617535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.076152417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4251593
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.22244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02115624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9951.58949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2731.53674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.751214500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.78935100
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6264.54518
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 621 -
Rwork0.222 12073 -
obs--97.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34080.0901-0.09570.5583-0.00230.83620.0249-0.0318-0.05810.0728-0.07150.01460.02830.04070.04660.0833-0.01210.00840.14460.00550.1043-1.524920.5783-37.6918
20.84160.1968-0.19161.1534-0.1590.66470.0771-0.00950.17010.134-0.08970.0931-0.15650.00130.01260.1131-0.02790.0240.1151-0.02460.0818-2.279837.1014-32.0265
30.5131-0.015-0.09640.6334-0.10780.8116-0.00370.06360.0315-0.0660.00390.0629-0.0052-0.0458-0.00030.06120.0012-0.01270.143-0.00370.0967-8.735628.2442-58.5162
40.37440.0481-0.05160.47160.14970.73220.0121-0.00160.08370.0908-0.0097-0.03160.0184-0.0311-0.00230.09540.0026-0.00090.13-0.00330.10550.63358.820710.187
50.64290.23030.19141.3540.51520.55970.09110.0436-0.11890.2443-0.0218-0.12820.2067-0.0216-0.06930.1508-0.0062-0.02830.09190.01610.07341.1587-7.596816.0389
60.55340.12890.02290.8128-0.11260.5972-0.04270.0671-0.0248-0.1070.0161-0.1190.04330.02030.02670.0744-0.00040.04050.13930.00110.09188.33121.2915-10.1463
71.0024-0.1460.3980.7854-0.13990.74950.05010.07850.0036-0.1389-0.0179-0.10030.00830.0284-0.03220.1267-0.00350.01630.12840.00780.106519.0468.0827-4.3026
80.675-0.36060.04951.7639-0.40451.15940.03360.0261-0.1838-0.0719-0.0385-0.0760.1090.070.00480.11030.0283-0.02330.0425-0.04360.139224.11838.0144-3.2312
90.82-0.14730.19551.0074-0.02690.68570.0499-0.022-0.06670.02110.0140.07880.0071-0.0142-0.06390.0956-0.0047-0.00680.09630.00970.091813.832462.33354.1613
101.6537-0.3958-0.82121.4906-0.98111.4058-0.1166-0.02-0.0190.17020.1219-0.0079-0.0653-0.0815-0.00540.19490.01590.0210.12760.01650.150718.658452.034-43.8158
110.78630.206-0.1531.9012-0.39481.1668-0.12840.06090.13410.22230.0853-0.0701-0.1703-0.04240.04310.24220.0101-0.07980.00810.00220.072625.106484.0786-44.5471
120.50070.3632-0.13431.694-0.34380.8445-0.11450.06670.03350.01590.18940.1987-0.0603-0.0528-0.07490.1165-0.0090.01020.07660.03420.082513.487460.572-51.5362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2A122 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3A232 - 435
4X-RAY DIFFRACTION4B0 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5B122 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6B232 - 438
7X-RAY DIFFRACTION7C-1 - 21
8X-RAY DIFFRACTION8C22 - 231
9X-RAY DIFFRACTION9C232 - 436
10X-RAY DIFFRACTION10D-1 - 19
11X-RAY DIFFRACTION11D20 - 231
12X-RAY DIFFRACTION12D232 - 438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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