PDB-3slh: 1.70 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carbox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3slh

タイトル

1.70 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (AroA) from Coxiella burnetii in complex with shikimate-3-phosphate and glyphosate

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Light, S.H. / Minasov, G. / Filippova, E.V. / Krishna, S.N. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.70 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase(AroA) from Coxiella burnetii in complex with shikimate-3-phosphate and glyphosate
著者: Light, S.H. / Minasov, G. / Filippova, E.V. / Krishna, S.N. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3slh.ent.gz	614.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3slh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3slh_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3slh_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	3slh_validation.xml.gz	81.3 KB	表示
CIF形式データ	3slh_validation.cif.gz	120.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3roiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4egr-3 4egr-2 4egr-5 4egr-4 4egr-6 4znd-d 6tjl-d 3g7u-d 1shj-d 3tr1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01842

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (11) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

C: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

D: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

193 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

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48.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

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48.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.252, 186.638, 95.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSP synthase / EPSPS 分子量: 46753.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA 493 / 遺伝子: aroA, CBU_0526 / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q83E11, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

#1: タンパク質

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSP synthase / EPSPS

分子量: 46753.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA 493 / 遺伝子: aroA, CBU_0526 / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q83E11, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

-
非ポリマー , 12種, 1572分子

#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-S3P / SHIKIMATE-3-PHOSPHATE / シキミ酸3-りん酸分子量: 254.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁O₈P
#5: 化合物	ChemComp-GPJ / GLYPHOSATE / (カルボキシラトメチル)アミニオメチルホスホン酸ジアニオン分子量: 170.081 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO₅P
#6: 化合物	ChemComp-SKM / (3R,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYCYCLOHEX-1-ENE-1-CARBOXYLIC ACID / SHIKIMATE / シキミ酸分子量: 174.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀O₅
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#10: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Protein solution: 7.5 mG/mL, 0.50 M NaCl, 0.01 M Tris-HCl (pH 8.3). Screen solution: Classics II (D7), 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月6日 / 詳細: Beryllium lens
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 176888 / Num. obs: 176888 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB code: 3ROI

3roi

解像度: 1.7→29.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 3.945 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18169	8858	5 %	RANDOM
R_work	0.14913	-	-	-
obs	0.15076	167981	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.539 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	-0.22 Å²
2-	-	0.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13004	0	383	1525	14912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	14049
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	2.007	19078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.071	3	23615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.639	5	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.979	24.617	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.076	15	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.425	15	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	15624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.995	1.5	8949
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.273	1.5	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.751	2	14500
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.789	3	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.626	4.5	4518
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	621	-
R_work	0.222	12073	-
obs	-	-	97.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3408	0.0901	-0.0957	0.5583	-0.0023	0.8362	0.0249	-0.0318	-0.0581	0.0728	-0.0715	0.0146	0.0283	0.0407	0.0466	0.0833	-0.0121	0.0084	0.1446	0.0055	0.1043	-1.5249	20.5783	-37.6918
2	0.8416	0.1968	-0.1916	1.1534	-0.159	0.6647	0.0771	-0.0095	0.1701	0.134	-0.0897	0.0931	-0.1565	0.0013	0.0126	0.1131	-0.0279	0.024	0.1151	-0.0246	0.0818	-2.2798	37.1014	-32.0265
3	0.5131	-0.015	-0.0964	0.6334	-0.1078	0.8116	-0.0037	0.0636	0.0315	-0.066	0.0039	0.0629	-0.0052	-0.0458	-0.0003	0.0612	0.0012	-0.0127	0.143	-0.0037	0.0967	-8.7356	28.2442	-58.5162
4	0.3744	0.0481	-0.0516	0.4716	0.1497	0.7322	0.0121	-0.0016	0.0837	0.0908	-0.0097	-0.0316	0.0184	-0.0311	-0.0023	0.0954	0.0026	-0.0009	0.13	-0.0033	0.1055	0.6335	8.8207	10.187
5	0.6429	0.2303	0.1914	1.354	0.5152	0.5597	0.0911	0.0436	-0.1189	0.2443	-0.0218	-0.1282	0.2067	-0.0216	-0.0693	0.1508	-0.0062	-0.0283	0.0919	0.0161	0.0734	1.1587	-7.5968	16.0389
6	0.5534	0.1289	0.0229	0.8128	-0.1126	0.5972	-0.0427	0.0671	-0.0248	-0.107	0.0161	-0.119	0.0433	0.0203	0.0267	0.0744	-0.0004	0.0405	0.1393	0.0011	0.0918	8.3312	1.2915	-10.1463
7	1.0024	-0.146	0.398	0.7854	-0.1399	0.7495	0.0501	0.0785	0.0036	-0.1389	-0.0179	-0.1003	0.0083	0.0284	-0.0322	0.1267	-0.0035	0.0163	0.1284	0.0078	0.1065	19.04	68.0827	-4.3026
8	0.675	-0.3606	0.0495	1.7639	-0.4045	1.1594	0.0336	0.0261	-0.1838	-0.0719	-0.0385	-0.076	0.109	0.07	0.0048	0.1103	0.0283	-0.0233	0.0425	-0.0436	0.1392	24.118	38.0144	-3.2312
9	0.82	-0.1473	0.1955	1.0074	-0.0269	0.6857	0.0499	-0.022	-0.0667	0.0211	0.014	0.0788	0.0071	-0.0142	-0.0639	0.0956	-0.0047	-0.0068	0.0963	0.0097	0.0918	13.8324	62.3335	4.1613
10	1.6537	-0.3958	-0.8212	1.4906	-0.9811	1.4058	-0.1166	-0.02	-0.019	0.1702	0.1219	-0.0079	-0.0653	-0.0815	-0.0054	0.1949	0.0159	0.021	0.1276	0.0165	0.1507	18.6584	52.034	-43.8158
11	0.7863	0.206	-0.153	1.9012	-0.3948	1.1668	-0.1284	0.0609	0.1341	0.2223	0.0853	-0.0701	-0.1703	-0.0424	0.0431	0.2422	0.0101	-0.0798	0.0081	0.0022	0.0726	25.1064	84.0786	-44.5471
12	0.5007	0.3632	-0.1343	1.694	-0.3438	0.8445	-0.1145	0.0667	0.0335	0.0159	0.1894	0.1987	-0.0603	-0.0528	-0.0749	0.1165	-0.009	0.0102	0.0766	0.0342	0.0825	13.4874	60.572	-51.5362

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	122 - 231
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	232 - 435
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	0 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	122 - 231
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	232 - 438
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	-1 - 21
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	22 - 231
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	232 - 436
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	-1 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	20 - 231
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	232 - 438

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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