PDB-3slb: Crystal structure of BA2930 in complex with AcCoA and cytosine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3slb

タイトル

Crystal structure of BA2930 in complex with AcCoA and cytosine

要素

Aminoglycoside N3-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Klimecka, M.M. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Anderson, W. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of BA2930 in complex with AcCoA and cytosine
著者: Klimecka, M.M. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Anderson, W. / Minor, W.

履歴

登録	2011年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3slb.cif.gz	381.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3slb.ent.gz	305.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3slb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3slb_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3slb_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3slb_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	3slb_validation.cif.gz	69.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3kzlS 3e4f 3ijw 3n0m 3n0s 3slf S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3slf-d 3kzl-1 3ijw-d 3n0m-d 3kzl-2 3n0s-1 6qgb-1 6jtu-3 6jtt-2 1rkm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00044

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminoglycoside N3-acetyltransferase

D: Aminoglycoside N3-acetyltransferase

C: Aminoglycoside N3-acetyltransferase

B: Aminoglycoside N3-acetyltransferase

ヘテロ分子

126 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Aminoglycoside N3-acetyltransferase

B: Aminoglycoside N3-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.4 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Aminoglycoside N3-acetyltransferase

C: Aminoglycoside N3-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.473, 110.630, 73.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ADCB

#1: タンパク質	Aminoglycoside N3-acetyltransferase 分子量: 30256.074 Da / 分子数: 4 / 変異: H183G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: aacC7, BA_2930, GBAA2930, GBAA_2930 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3) 参照: UniProt: Q81P86, UniProt: A0A3P1UCA6*PLUS, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase

#1: タンパク質

Aminoglycoside N3-acetyltransferase

分子量: 30256.074 Da / 分子数: 4 / 変異: H183G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: aacC7, BA_2930, GBAA2930, GBAA_2930 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)
参照: UniProt: Q81P86, UniProt: A0A3P1UCA6*PLUS, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 684分子

#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-CYT / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / CYTOSINE / シトシン分子量: 111.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅N₃O
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS 分子量: 614.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₅₈N₂O₇S / コメント: 可溶化剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES-Na, 0.18M MgCl2, 15% w/v PEG3350, 2% w/v CHAPS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 70634 / Num. obs: 70634 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.094 / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3593 / R_sym value: 0.418 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MD2		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3KZL

3kzl

解像度: 2→23.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 7.968 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22957	3546	5 %	RANDOM
R_work	0.17431	-	-	-
all	0.17712	66906	-	-
obs	0.17712	66906	96.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.617 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0 Å²	-0.15 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→23.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8242	0	297	670	9209

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	8746
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	5879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	1.991	11905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.962	3	14375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.149	5	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.465	24.23	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.979	15	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.888	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9506
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.685	1.5	5291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.177	1.5	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.273	2	8592
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.369	3	3455
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.581	4.5	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	280	-
R_work	0.197	5036	-
obs	-	-	98.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8919	-0.24	0.113	1.4905	-0.1554	0.9355	-0.1169	0.0061	0.1103	0.2475	0.073	0.0022	-0.1407	0.0463	0.0438	0.1274	-0.0108	-0.0002	0.1007	0.0031	0.0677	7.953	19.936	44.3
2	1.9976	-1.2806	-0.6315	4.4839	0.1274	4.3822	0.2291	0.3533	-0.1727	-0.2669	-0.0953	0.2107	-0.0558	-0.2266	-0.1338	0.0389	0.002	-0.0381	0.2386	-0.0266	0.1542	-1.621	-4.446	21.854
3	1.2168	0.3811	0.3183	2.5111	0.5142	1.2648	-0.109	0.0223	-0.0397	0.0372	0.0997	0.4751	-0.0545	-0.1708	0.0093	0.019	-0.0022	0.0233	0.1465	0.0328	0.1641	-7.951	7.918	37.356
4	2.6842	0.7364	0.9108	3.6282	-0.146	0.5031	-0.2438	0.4829	0.4273	-0.2852	0.1764	0.7075	-0.2249	0.0758	0.0674	0.2425	0.007	-0.0881	0.2722	0.082	0.2698	-7.157	25.495	31.265
5	1.2817	-0.3447	0.5434	0.4465	-0.2429	1.3971	0.0599	0.1345	-0.1702	-0.0364	0.0016	0.1586	0.0775	-0.0072	-0.0615	0.0501	0.0072	0.0036	0.1186	-0.0081	0.0926	11.432	-12.756	33.591
6	3.1696	-0.4678	-0.9285	6.7524	-3.1187	5.2616	-0.0281	0.2218	0.349	0.1872	-0.3334	-0.6707	-0.184	0.3805	0.3615	0.0698	-0.057	-0.0574	0.1564	0.0467	0.141	26.6	15.351	46.294
7	1.0624	-0.2162	0.2462	1.6563	0.1242	1.2585	-0.0359	-0.0643	0.0221	0.1832	0.0316	-0.0363	-0.0743	0.0432	0.0043	0.041	-0.0046	0.0027	0.0734	0.008	0.0154	21.677	-4.484	50.295
8	3.7952	-0.1186	1.182	0.7417	0.5784	2.2427	-0.0245	0.3633	0.1679	-0.0657	-0.1134	-0.1462	0.0668	0.4188	0.138	0.055	0.0381	0.0149	0.1882	0.0545	0.137	32.151	-14.421	38.313
9	1.318	0.2744	0.0939	1.0006	-0.4565	0.6559	-0.0619	-0.0016	0.0421	0.1277	0.0346	-0.0055	-0.0445	0.0619	0.0273	0.0789	-0.0062	0.0073	0.0953	0.0019	0.0572	21.196	20.848	8.678
10	3.5083	-0.1037	-2.9695	6.0658	-2.0718	8.4804	0.1248	0.247	0.0713	-0.2771	-0.0532	0.2326	-0.0991	-0.2613	-0.0716	0.027	-0.0164	-0.0168	0.1639	-0.0318	0.0839	12.694	-6.264	-11.841
11	1.1352	0.3061	-0.0169	1.8868	0.3102	0.6487	-0.0695	0.0154	-0.0267	-0.0169	0.0494	0.2645	0.0453	-0.0977	0.0202	0.0313	-0.0121	0.0095	0.1201	0.0041	0.0848	6.199	7.876	2.794
12	2.8682	0.7116	2.3808	2.9234	-0.0653	2.2133	-0.248	0.3773	0.3489	-0.2344	0.1249	0.5226	-0.1421	0.2178	0.1231	0.1528	-0.026	-0.0733	0.2158	0.0636	0.1907	6.368	24.903	-5.276
13	0.894	-0.1904	0.3703	0.5364	-0.1394	1.4383	-0.0617	0.0707	-0.1211	0.0144	0.0386	0.0854	0.0933	-0.0315	0.023	0.0471	-0.0025	0.0202	0.099	-0.0072	0.0626	26.031	-12.666	0.902
14	3.9126	1.3307	-1.9005	4.3138	-1.78	4.1969	-0.0727	0.0467	0.1447	-0.0505	-0.0309	-0.321	-0.0541	0.3945	0.1037	0.0243	-0.023	-0.0324	0.1497	0.0179	0.0897	39.681	16.238	11.729
15	0.5831	-0.4758	-0.0394	1.6267	0.7422	0.7841	-0.0632	-0.1235	0.0051	0.1757	0.1256	-0.0867	0.04	0.0512	-0.0624	0.0562	0.0165	-0.0109	0.1051	0.009	0.0331	36.342	-2.517	16.525
16	3.2775	-0.3726	1.3981	1.4703	-0.3077	2.1819	0.0131	0.2312	0.1449	0.0024	-0.0424	-0.1915	-0.0159	0.4077	0.0293	0.0237	0.004	0.0206	0.1106	-0.0089	0.0811	46.765	-13.442	5.318

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	100 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	214 - 263
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-2 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	71 - 99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	100 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	215 - 263
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	0 - 72
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	73 - 99
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	100 - 214
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	215 - 263
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	-2 - 70
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	71 - 101
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	102 - 214
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	215 - 263

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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