PDB-3skv: Salicylyl-Acyltransferase SsfX3 from a Tetracycline Biosynthetic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3skv

タイトル

Salicylyl-Acyltransferase SsfX3 from a Tetracycline Biosynthetic Pathway

要素

SsfX3

キーワード

TRANSFERASE / jelly roll / GDSL/SGNH fold / alpha/beta hydrolase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

: / SsfX3, N-terminal domain / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Galactose-binding domain-like / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Streptomyces sp. SF2575 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Pickens, L.B. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Tang, Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Salicylyl-acyltranferase SsfX3 from a Tetracycline Biosynthetic Pathway.
著者: Pickens, L.B. / Sawaya, M.R. / Rasool, H. / Pashkov, I. / Yeates, T.O. / Tang, Y.

履歴

登録	2011年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月19日	Group: Database references
改定 1.2	2011年12月21日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3skv.cif.gz	280.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3skv.ent.gz	226.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3skv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3skv_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3skv_full_validation.pdf.gz	461 KB	表示
XML形式データ	3skv_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	3skv_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skv	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6ydb-1 4w8l-2 1k4l-1 5dov-2 1lq1-2 1k4i-1 6azv-3 6c5q-d 6wrk-d 4pbt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SsfX3

B: SsfX3

ヘテロ分子

85.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: SsfX3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SsfX3

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.211, 84.394, 127.943
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SsfX3 分子量: 42528.984 Da / 分子数: 2 / 変異: C68H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. SF2575 (バクテリア) 遺伝子: ssfX3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: D6MSV6, 転移酵素; アシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.3 M sodium formate, pH 7.0, 0.01 M L-glutathione reduced, 0.01 M L-glutathione oxidized, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9791, 0.9794, 0.9715

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月9日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9794	1
3	0.9715	1

反射

解像度: 2.49→28.801 Å / Num. all: 25713 / Num. obs: 25713 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Χ²: 1.15 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.59	4.8	0.549	2488	1.142	1	100
2.59-2.69	4.8	0.419	2553	1.121	1	99.9
2.69-2.82	4.8	0.313	2533	1.196	1	100
2.82-2.96	4.8	0.232	2529	1.196	1	100
2.96-3.15	4.8	0.166	2573	1.159	1	99.9
3.15-3.39	4.7	0.114	2548	1.175	1	99.9
3.39-3.73	4.6	0.081	2564	1.106	1	99.9
3.73-4.27	4.4	0.063	2570	1.075	1	99.1
4.27-5.39	4.2	0.048	2598	1.156	1	98.9
5.39-150	4.3	0.03	2757	1.165	1	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.5 Å / D res low: 19.98 Å / FOM : 0.317 / FOM acentric: 0.31 / FOM centric: 0.365 / 反射: 15264 / Reflection acentric: 13187 / Reflection centric: 2077

Phasing MAD set

最低解像度: 90 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	0.97	0.93	3	12.2	16	0.4	0.34	12282	1645
2	0.94	0.91	2.5	46.2	61.2	0.68	0.5	13098	1906
3	1.95	1	3	0	0	0	0	12454	1999

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	10.66-19.98	0.95	0.85	14.5	15.6	0.75	0.64	193	78
1	7.27-10.66	0.85	0.72	8.9	11.8	1.04	0.84	543	141
1	5.52-7.27	0.89	0.8	8.7	11.1	0.9	0.72	1065	199
1	4.44-5.52	0.97	0.94	12.2	14.8	0.53	0.41	1770	273
1	3.72-4.44	0.98	0.97	13.4	20	0.37	0.24	2706	341
1	3.2-3.72	0.99	0.98	12.7	16.7	0.29	0.2	3774	402
1	2.81-3.2	0.99	1	12.4	17	0.23	0.15	2231	211
1	2.5-2.81	0	0	0	0	0	0	0	0
2	10.66-19.98	0.97	0.98	54.8	68.9	0.73	0.54	188	89
2	7.27-10.66	0.93	0.91	52.2	65.5	0.71	0.58	539	154
2	5.52-7.27	0.93	0.95	43.8	57.8	0.81	0.61	1089	232
2	4.44-5.52	0.95	0.9	56.5	69.7	0.6	0.47	1785	303
2	3.72-4.44	0.95	0.92	55.6	73.8	0.56	0.41	2715	372
2	3.2-3.72	0.94	0.9	44.8	53.9	0.66	0.51	3805	449
2	2.81-3.2	0.93	0.89	32.4	46.4	0.87	0.54	2977	307
2	2.5-2.81	0	0	0	0	0	0	0	0
3	10.66-19.98	1.22	1	0	0	0	0	197	107
3	7.27-10.66	1.43	1	0	0	0	0	554	182
3	5.52-7.27	2.55	1	0	0	0	0	1089	249
3	4.44-5.52	1.48	1	0	0	0	0	1812	333
3	3.72-4.44	1.44	1	0	0	0	0	2746	406
3	3.2-3.72	3.63	1	0	0	0	0	3810	479
3	2.81-3.2	11.74	1	0	0	0	0	2246	243
3	2.5-2.81	0	0	0	0	0	0	0	0

Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se

ID	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy	Occupancy iso
1	51.03	0.193	0.786	0.235	1.067	0.092
2	49.067	0.174	0.632	0.162	1.074	0.089
3	31.151	0.43	0.554	0.285	0.811	0.079
4	46.915	-0.088	0.849	0.127	0.866	0.074
5	49.436	-0.24	0.799	0.233	0.656	0.066
6	71.908	-0.477	0.723	0.173	0.532	0.055
7	134.072	-0.246	0.941	0.159	0.685	0.044
8	82.314	0.632	0.94	0.114	0.668	0.034
9	171.755	0.123	0.107	0.419	0.256	0.021
10	35.831	0.503	0.526	0.466	0.185	0.015
11	0.023	0.195	0.791	0.235	0.738	0.279
12	10.786	0.173	0.636	0.163	0.916	0.216
13	-3.902	0.432	0.556	0.286	0.589	0.303
14	15.731	-0.088	0.853	0.126	0.772	0.274
15	1.573	-0.239	0.803	0.234	0.47	0.261
16	20.578	-0.478	0.724	0.172	0.39	0.203
17	31.737	-0.245	0.939	0.159	0.408	0.193
18	35.407	0.629	0.942	0.114	0.649	0.145
19	37.875	0.117	0.094	0.441	0.271	0.087
20	63.639	0.503	0.525	0.47	0.313	0.122
21	57.958	0.192	0.785	0.235	1.128	0
22	50.665	0.174	0.631	0.162	1.336	0
23	56.458	0.428	0.553	0.285	0.986	0
24	53.786	-0.085	0.849	0.126	0.975	0
25	94.024	-0.245	0.801	0.235	1.035	0
26	82.519	-0.478	0.722	0.173	0.556	0
27	75.805	-0.25	0.942	0.154	0.438	0
28	111.981	0.628	0.942	0.118	0.72	0
29	83.244	0.129	0.105	0.433	0.257	0
30	101.857	0.503	0.528	0.469	0.247	0

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
10.66-19.98	0.434	0.485	0.341	304	197	107
7.27-10.66	0.487	0.486	0.492	736	554	182
5.52-7.27	0.469	0.471	0.461	1338	1089	249
4.44-5.52	0.344	0.346	0.335	2145	1812	333
3.72-4.44	0.291	0.285	0.33	3152	2746	406
3.2-3.72	0.275	0.268	0.327	4289	3810	479
2.81-3.2	0.27	0.261	0.36	3300	2979	321
2.5-2.81	0	0	0		0	0

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 24545

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.89-100	63.8	0.713	508
7.18-8.89	61.7	0.838	507
6.33-7.18	63.4	0.797	504
5.73-6.33	63.5	0.775	545
5.28-5.73	65	0.805	574
4.92-5.28	67.7	0.814	632
4.62-4.92	68.4	0.815	647
4.38-4.62	69.5	0.823	689
4.16-4.38	73.2	0.804	742
3.98-4.16	70.4	0.816	762
3.82-3.98	70.1	0.809	803
3.68-3.82	71.3	0.809	844
3.55-3.68	73.4	0.761	870
3.43-3.55	72	0.614	908
3.33-3.43	71.5	0.673	924
3.23-3.33	75.9	0.699	958
3.14-3.23	76.4	0.704	987
3.06-3.14	77.1	0.7	1014
2.99-3.06	79.1	0.685	1020
2.92-2.99	84.7	0.651	1072
2.85-2.92	91.4	0.652	1072
2.79-2.85	87.5	0.694	1104
2.73-2.79	89.1	0.709	1116
2.68-2.73	90.7	0.685	1163
2.63-2.68	92.2	0.651	1161
2.58-2.63	90.5	0.586	1229
2.5-2.58	88.6	0.417	2190

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6	位相決定
BUSTER-TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
BOS		データ収集
DENZO		データ削減
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.49→28.801 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9408 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9149 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2271	1291	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1773	-	-	-
all	0.1798	-	-	-
obs	0.1798	25411	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 151.31 Å² / B_iso mean: 43.8182 Å² / B_iso min: 9.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.0641 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.6295 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.6935 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.295 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→28.801 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5355	0	12	182	5549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1888	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	121	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	811	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	5502	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	675	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	6159	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	5502	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	7488	HARMONIC	2	1.18
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.04
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				21.05

LS精密化シェル

解像度: 2.49→2.59 Å / Total num. of bins used: 13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3016	125	4.87 %
R_work	0.2151	2441	-
all	0.2188	2566	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0268	0.1459	0.7019	0.9537	-0.2297	2.4458	0.0123	0.0806	-0.1296	-0.0366	0.0281	-0.0446	0.1563	0.1821	-0.0404	-0.0508	-0.0039	0.013	-0.0905	0.0046	-0.0813	4.2489	9.4873	64.5555
2	4.836	0.3084	1.5778	3.1596	-0.2013	4.7453	-0.0103	0.3774	0.3865	-0.0894	-0.0805	0.2605	-0.4876	-0.008	0.0909	-0.072	0.0481	-0.0337	-0.2175	0.041	-0.1031	-32.4826	28.0711	16.533
3	1.9008	0.2695	0.4053	0.5089	0.0235	1.6733	-0.0552	0.3084	-0.0488	-0.0761	0.078	-0.0284	-0.0697	0.196	-0.0228	-0.085	-0.0558	-0.0089	-0.0142	-0.0059	-0.066	6.2892	22.192	42.1267
4	0.7935	0.1402	0.8008	0.6234	0.6547	1.9079	-0.0215	0.101	-0.1152	-0.0232	0.0258	0.0197	0.0075	0.2137	-0.0043	-0.058	-0.0076	-0.0096	-0.0574	-0.0287	-0.0126	-20.2404	7.1139	25.4335

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|12 - A\|163 }	A	12 - 163
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|12 - B\|163 }	B	12 - 163
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|164 - A\|361 }	A	164 - 361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|164 - B\|361 }	B	164 - 361

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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