PDB-3sjr: Crystal structure of conserved unkown function protein CV_1783 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sjr

タイトル

Crystal structure of conserved unkown function protein CV_1783 from Chromobacterium violaceum ATCC 12472

要素

Uncharacterized protein

キーワード

structural genomics / unknown function / PSI-Biology / MCSG / Midwest center for structural genomics

機能・相同性

Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #90 / Domain of unknown function DUF5610 / Domain of unknown function (DUF5610) / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DUF5610 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Chromobacterium violaceum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.94 Å

データ登録者

Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of conserved unkown function protein CV_1783 from Chromobacterium violaceum ATCC 12472
著者: Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sjr.cif.gz	196.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sjr.ent.gz	161 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sjr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sjr_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sjr_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	3sjr_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	3sjr_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/3sjr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/3sjr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4gjy-d 1q74-1 5q18-2 3d0k-1 3oki-1 5q18-1 5q19-2 5q0u-1 1pzl-d 5q1b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100074

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

77.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.366, 109.471, 151.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 19424.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア) 遺伝子: CV_1783 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q7NX46
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10mM tri-Sodium Citrate, 33%(w/v) PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915, 0.97929

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月23日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97915	1
2	0.97929	1

反射

解像度: 2.95→50 Å / Num. all: 17117 / Num. obs: 17091 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 35

反射シェル

解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique all: 842 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SHELXDE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
CNS		精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.94→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 36.977 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.381 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2674	867	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2259	-	-	-
all	0.228	17059	-	-
obs	0.228	17059	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 151.66 Å² / B_iso mean: 90.6137 Å² / B_iso min: 55.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.94→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3648	0	0	4	3652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.206	1.975	5013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.693	5	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.327	24.111	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.308	15	633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.891	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	574
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.499	1.5	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.957	2	3684
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.297	3	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.307	4.5	1329

LS精密化シェル

解像度: 2.944→3.02 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	70	-
R_work	0.279	1103	-
all	-	1173	-
obs	-	1173	99.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9039	-0.8461	-1.1332	19.9474	1.5172	0.5169	-0.2848	-0.691	0.5114	-0.1633	0.4928	-0.6533	0.1317	0.2685	-0.2081	0.2915	-0.0934	-0.1172	0.2727	-0.088	0.19	4.4208	-11.4208	130.759
2	3.6612	-2.7241	-2.003	3.0233	-0.0074	4.315	-0.0145	0.0186	-0.4565	-0.0295	-0.0363	0.2341	0.7438	0.0518	0.0508	0.5179	-0.0803	-0.1035	0.1172	-0.0999	0.4616	15.7684	-14.5714	143.1344
3	4.913	-1.5124	-0.6488	4.9318	-0.1848	4.2921	-0.0316	-0.5854	0.3233	0.2445	0.0418	-0.4411	-0.1492	0.1219	-0.0102	0.2056	-0.1153	-0.0369	0.1393	-0.0128	0.2218	15.5545	-2.8256	141.7635
4	9.8413	-0.3573	0.663	2.4899	-1.7502	2.338	0.4221	0.4309	-1.189	-0.2644	-0.5455	0.1912	-0.0146	0.2699	0.1234	0.3131	-0.0337	-0.0777	0.2208	-0.1548	0.3802	10.6449	-4.8524	134.3595
5	1.6852	-2.1014	1.632	16.6079	-2.4398	2.1637	0.1868	0.6243	0.2946	-0.9954	-0.5859	-1.0862	0.2618	0.6283	0.3991	0.3962	0.0026	-0.0221	0.656	0.0348	0.5549	14.2781	-16.1211	125.1332
6	2.7647	-1.6795	-0.6862	8.7865	1.6877	3.7956	-0.1187	-0.1173	-0.084	-0.31	0.2661	0.1776	-0.0464	0.0674	-0.1474	0.1089	-0.0757	-0.0669	0.1067	-0.0034	0.1743	2.9783	-15.6585	123.0096
7	24.1315	-2.2847	3.2316	2.1668	0.1637	3.1109	0.8139	0.2749	0.7207	-0.35	-0.7118	-0.4011	0.6509	0.393	-0.1021	0.4123	0.098	0.0554	0.4194	0.1096	0.4022	38.4359	3.3709	133.4058
8	1.6684	-0.3101	-2.5719	11.4271	6.3736	7.4457	-0.0454	0.2018	0.0819	-0.2968	-0.1273	1.0548	-0.2454	-0.2378	0.1727	0.1187	0.0178	0.0354	0.1979	-0.0002	0.3307	36.5893	19.8451	125.2927
9	4.4696	-2.0761	0.2533	9.5169	-0.1908	3.7048	0.2009	-0.1418	0.1725	-0.4082	-0.1082	-0.1977	0.0126	0.2315	-0.0926	0.0249	-0.0144	0.0119	0.1001	0.0432	0.1073	46.5094	18.3542	123.46
10	2.221	4.807	1.4465	26.5121	5.0808	5.406	-0.2848	-0.2513	-0.3858	0.8845	0.2219	0.653	0.3716	0.1217	0.0629	0.3863	0.0061	0.0878	0.3031	0.0879	0.3492	45.6008	14.9011	131.9007
11	18.4516	-0.4516	4.6912	5.6639	0.0436	8.4738	-0.4962	-0.4219	0.9087	0.0877	0.4077	-0.0002	-0.3568	-0.11	0.0885	0.3212	-0.0887	0.0309	0.0923	0.0165	0.2309	31.9005	12.8846	133.2226
12	11.6122	-2.9105	-0.195	5.6245	1.0387	6.0861	-0.102	-1.514	-0.5155	0.2601	0.33	0.2286	0.3299	-0.2083	-0.228	0.2247	-0.1345	-0.0015	0.2983	0.084	0.1318	32.9624	4.6436	140.5011

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	48 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	75 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	110 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	48 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	75 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	110 - 172
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	48 - 74
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	75 - 109
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	110 - 172
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	48 - 74
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	75 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	110 - 172

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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