[日本語] English
万見
- PDB-1pzl: Crystal structure of HNF4a LBD in complex with the ligand and the... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pzl
タイトルCrystal structure of HNF4a LBD in complex with the ligand and the coactivator SRC-1 peptide
要素
  • Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
  • steroid receptor coactivator-1
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of growth hormone receptor signaling pathway / regulation of ornithine metabolic process / regulation of gastrulation / Nephron development / sex differentiation / phospholipid homeostasis / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity ...regulation of growth hormone receptor signaling pathway / regulation of ornithine metabolic process / regulation of gastrulation / Nephron development / sex differentiation / phospholipid homeostasis / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / signal transduction involved in regulation of gene expression / triglyceride homeostasis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / male mating behavior / hypothalamus development / lipid homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / regulation of lipid metabolic process / progesterone receptor signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / response to glucose / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding / histone acetyltransferase activity / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / lactation / : / positive regulation of adipose tissue development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / xenobiotic metabolic process / regulation of insulin secretion / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / response to progesterone / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / cerebellum development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hippocampus development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of cell growth / regulation of circadian rhythm / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / blood coagulation / : / response to estradiol / rhythmic process / glucose homeostasis / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...: / : / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / : / Hepatocyte nuclear factor 4-alpha / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Duda, K. / Chi, Y.-I. / Dhe-paganon, S. / Shoelson, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural Basis for HNF-4alpha Activation by Ligand and Coactivator Binding
著者: Duda, K. / Chi, Y.-I. / Shoelson, S.
履歴
登録2003年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
B: steroid receptor coactivator-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5783
ポリマ－28,3502
非ポリマー2281
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.491, 81.491, 104.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Hepatocyte nuclear factor 4-alpha / HNF-4-alpha / Transcription factor HNF-4 / Transcription factor 14


分子量: 26731.016 Da / 分子数: 1 / 断片: HNF4A-LDB / 変異: D137L, S138A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNF4A / プラスミド: pet28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P41235
#2: タンパク質・ペプチド steroid receptor coactivator-1 / SRC-1


分子量: 1618.878 Da / 分子数: 1 / 断片: NRbox2 peptide of SRC-1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: GenBank: 1906028, UniProt: Q15788*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.87 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Sodium, Potassium Tartrate, Hepes, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月11日
放射モノクロメーター: Si-double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.9 Å / Num. all: 20187 / Num. obs: 20180 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 32.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.59 / Num. unique all: 798 / Rsym value: 0.225 / % possible all: 76.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 966 -5% data
Rwork0.226 ---
all0.23 20155 --
obs0.229 19984 94.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.568 Å20 Å20 Å2
2--3.568 Å20 Å2
3----7.136 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1920 0 16 138 2074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.078
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.746
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.916
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
2.1-2.140.3249300.2882X-RAY DIFFRACTION7596
2.38-2.450.2425420.2486X-RAY DIFFRACTION10136
2.69-2.80.254630.2372X-RAY DIFFRACTION10206
3.08-3.270.2708420.2451X-RAY DIFFRACTION10556
3.88-4.430.2231520.1929X-RAY DIFFRACTION10736
5.57-200.2584760.2112X-RAY DIFFRACTION11566

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る