PDB-3sj5: I5F Mutant Structure of T. Tengcongensis H-NOX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sj5

タイトル

I5F Mutant Structure of T. Tengcongensis H-NOX

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / NO or O2-sensing protein

機能・相同性

機能・相同性情報

heme binding / signal transduction / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldanaerobacter subterraneus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.673 Å

データ登録者

Weinert, E.E. / Phillips-Piro, C.M. / Tran, R. / Mathies, R.A. / Marletta, M.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Controlling Conformational Flexibility of an O2-Binding H-NOX Domain.
著者: Weinert, E.E. / Phillips-Piro, C.M. / Tran, R. / Mathies, R.A. / Marletta, M.A.

履歴

登録	2011年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月24日	Group: Database references
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sj5.cif.gz	173.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sj5.ent.gz	139.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sj5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/3sj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/3sj5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u4h 1u55 1u56 3eee 3iqb 3lah 3lai
類似構造データ	1u55-2 3lai-3 6cww-1 6cww-2 3m0b-d 4u9g-1 4it2-2 4u9k-1 4aly-2 5wha-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

45.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.585, 67.116, 66.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Authors state that the quaternary structure for the H-NOX domain is monomeric in solution as tested through gel filtration.

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein 分子量: 22081.520 Da / 分子数: 2 / 変異: I5F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus (バクテリア) 株: subsp. tengcongensis / 遺伝子: Tar4, TTE0680 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP523 / 参照: UniProt: Q8RBX6
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 20 % PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
放射	モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→50 Å / Num. all: 45085 / Num. obs: 45085 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 31.1
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.355 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.673→47.198 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2471	2202	5.06 %
R_work	0.1974	-	-
obs	0.1999	43519	96.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.208 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4742 Å²	0 Å²	0.2541 Å²
2-	-	5.6616 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.1874 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.673→47.198 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3033	0	86	264	3383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3308
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.992	4480
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.883	1254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	455
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	564

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.673-1.709	0.3347	135	0.2669	2175	X-RAY DIFFRACTION	81
1.709-1.7488	0.3099	132	0.2671	2378	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7488-1.7925	0.2972	123	0.2421	2444	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7925-1.841	0.2443	131	0.2251	2478	X-RAY DIFFRACTION	93
1.841-1.8952	0.2892	131	0.2081	2505	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8952-1.9563	0.2404	158	0.2014	2577	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9563-2.0263	0.233	154	0.1947	2612	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0263-2.1074	0.2766	140	0.1897	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1074-2.2033	0.2338	130	0.1947	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2033-2.3195	0.2618	130	0.1993	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3195-2.4648	0.2472	133	0.2017	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4648-2.6551	0.2387	155	0.2	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6551-2.9222	0.2672	127	0.207	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9222-3.345	0.2353	143	0.204	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.345-4.2139	0.2472	123	0.1827	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2139-47.2171	0.2243	157	0.1813	2742	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5789	-0.287	0.0449	0.6177	0.0093	1.3222	0.1735	-0.5386	0.1628	0.1109	-0.1819	-0.2048	-0.2913	0.1013	0.0643	0.1133	-0.0219	-0.0325	0.3351	0.0157	0.2091	28.4598	13.4087	13.5072
2	0.1911	-0.0078	0.1483	0.6378	-0.1315	1.1065	-0.0024	-0.0466	-0.0289	0.0188	0.0063	-0.0012	-0.0004	-0.2794	0.0143	0.0957	0.0181	0.0015	0.1585	-0.0088	0.1181	8.3261	10.4474	4.5469
3	0.2276	0.0535	0.0568	0.3376	0.4001	0.4685	-0.0029	0.3136	-0.0037	-0.3502	0.1906	-0.0451	-0.1936	0.0484	0.487	0.6351	-0.338	0.0079	0.2877	-0.2304	0.1806	11.5938	1.2204	-32.4435
4	0.885	-0.2297	0.4531	0.0993	-0.0843	0.2758	0.1538	0.3006	-0.2043	0.0627	-0.0389	-0.1182	0.3221	0.0799	0.039	0.3412	-0.0375	0.0219	0.1512	-0.0913	0.1991	18.2439	7.0886	-24.6698
5	0.1924	-0.1168	-0.1681	0.262	0.1253	0.1988	-0.0104	0.2135	0.0536	-0.0547	-0.0349	-0.0642	-0.1482	-0.0252	0.0008	0.1667	-0.0037	0.0073	0.1652	-0.0016	0.1354	21.1108	23.0471	-24.1684
6	0.1414	0.0358	-0.0829	0.1122	-0.0036	0.4899	0.1244	0.0974	0.074	0.058	-0.0532	-0.0505	0.0845	-0.0258	0.0067	0.1726	0.0153	-0.0024	0.1153	-0.0191	0.1516	23.2972	17.8675	-14.9986

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:62)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 63:185)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESSEQ 1:44)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 45:90)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 91:137)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 138:183)

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