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万見
- PDB-3sio: Ac-AChBP ligand binding domain (not including beta 9-10 linker) m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sio
タイトルAc-AChBP ligand binding domain (not including beta 9-10 linker) mutated to human alpha-7 nAChR
要素Soluble acetylcholine receptor
キーワードRECEPTOR / Mutated Acetylcholine Binding Protein / Aplysia californica / alpha-7 human nicotinic acetylcholine receptor / AChBP / nAChR / Binding Protein / Acetylcholine / Glycosylation / Methyllycaconitine
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYLLYCACONITINE / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia californica (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Nemecz, A. / Taylor, P.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Creating an alpha-7 nicotinic acetylcholine recognition domain from the acetylcholine binding protein: crystallographic and ligand selectivity analyses
著者: Nemecz, A. / Taylor, P.
履歴
登録2011年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble acetylcholine receptor
B: Soluble acetylcholine receptor
C: Soluble acetylcholine receptor
D: Soluble acetylcholine receptor
E: Soluble acetylcholine receptor
F: Soluble acetylcholine receptor
G: Soluble acetylcholine receptor
H: Soluble acetylcholine receptor
I: Soluble acetylcholine receptor
J: Soluble acetylcholine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,70943
ポリマ－262,38010
非ポリマー15,32933
水14,988832
1
A: Soluble acetylcholine receptor
B: Soluble acetylcholine receptor
C: Soluble acetylcholine receptor
D: Soluble acetylcholine receptor
E: Soluble acetylcholine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,01522
ポリマ－131,1905
非ポリマー7,82517
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25070 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area47740 Å2
手法PISA
2
F: Soluble acetylcholine receptor
G: Soluble acetylcholine receptor
H: Soluble acetylcholine receptor
I: Soluble acetylcholine receptor
J: Soluble acetylcholine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,69421
ポリマ－131,1905
非ポリマー7,50416
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24350 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area47840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.218, 142.366, 144.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Biological assembly is a homopentamer. Two pentamers can be seen in the assymetric subunit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Soluble acetylcholine receptor


分子量: 26237.971 Da / 分子数: 10 / 断片: unp entry 18-236 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物)
遺伝子: AChBP / プラスミド: pFlag-CMV3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S Gnt1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WSF8

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糖 , 4種, 14分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 851分子

#6: 化合物
ChemComp-MLK / METHYLLYCACONITINE / メチルリカコニチン


分子量: 682.800 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H50N2O10 / コメント: alkaloid*YM
#7: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化温度: 298 K / pH: 4.6
詳細: 0.1M Sodium Acetate, 0.02M Calcium Chloride, 30% 2-Methyl-2,4-Pentanediol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月8日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 126320 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 34.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 25.048
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / Rsym value: 0.552 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4Program Suite 6.1.3モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4PROGRAM SUITE 6.1.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODIFIED 2-BYR

解像度: 2.32→48.16 Å / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.63 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 6075 5.07 %
Rwork0.182 --
obs0.184 119855 95.9 %
all-119855 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0095 Å20 Å2-2.9511 Å2
2--7.1713 Å20 Å2
3----4.5254 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→48.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17296 0 1054 832 19182
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00919531
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38326945
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0427606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1013068
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.34640.28281810.22093450X-RAY DIFFRACTION87
2.3464-2.3740.29281980.2223510X-RAY DIFFRACTION90
2.374-2.40290.25642040.20743516X-RAY DIFFRACTION89
2.4029-2.43330.26522160.21033516X-RAY DIFFRACTION90
2.4333-2.46540.28821860.22173578X-RAY DIFFRACTION91
2.4654-2.49910.30361700.23853567X-RAY DIFFRACTION91
2.4991-2.53480.32141760.22773674X-RAY DIFFRACTION91
2.5348-2.57270.30022070.22233641X-RAY DIFFRACTION93
2.5727-2.61290.28182090.2253600X-RAY DIFFRACTION92
2.6129-2.65570.28592150.20963722X-RAY DIFFRACTION94
2.6557-2.70150.25352060.20493724X-RAY DIFFRACTION95
2.7015-2.75060.26221690.21263825X-RAY DIFFRACTION96
2.7506-2.80350.24652150.20693782X-RAY DIFFRACTION96
2.8035-2.86070.29541760.20313821X-RAY DIFFRACTION97
2.8607-2.92290.27261990.20053833X-RAY DIFFRACTION98
2.9229-2.99090.27492020.20323917X-RAY DIFFRACTION98
2.9909-3.06570.25651920.19963854X-RAY DIFFRACTION98
3.0657-3.14860.25822300.19733903X-RAY DIFFRACTION98
3.1486-3.24120.2362070.19473871X-RAY DIFFRACTION99
3.2412-3.34580.24532040.1853914X-RAY DIFFRACTION99
3.3458-3.46530.22332020.18183952X-RAY DIFFRACTION99
3.4653-3.6040.20722020.17263948X-RAY DIFFRACTION100
3.604-3.7680.20662030.17153957X-RAY DIFFRACTION100
3.768-3.96660.20942210.16023911X-RAY DIFFRACTION100
3.9666-4.2150.19252210.1483967X-RAY DIFFRACTION100
4.215-4.54020.18552270.14323933X-RAY DIFFRACTION100
4.5402-4.99660.18752060.12983973X-RAY DIFFRACTION100
4.9966-5.71870.20052050.15893963X-RAY DIFFRACTION100
5.7187-7.20110.22572080.19753981X-RAY DIFFRACTION99
7.2011-48.16940.20542180.18893977X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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