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万見
- PDB-3sib: Crystal structure of URE3-binding protein, wild-type -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sib
タイトルCrystal structure of URE3-binding protein, wild-type
要素URE3-BP sequence specific DNA binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / EF-hand / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


COPII vesicle coating / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
URE3-BP sequence specific DNA binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of URE3-binding protein
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Gardberg, A. / Edwards, T. / Staker, B. / Skubak, P. / Gilchrist, C. / Stewart, L.
履歴
登録2011年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URE3-BP sequence specific DNA binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8704
ポリマ－25,7671
非ポリマー1033
水3,009167
1
A: URE3-BP sequence specific DNA binding protein
ヘテロ分子

A: URE3-BP sequence specific DNA binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7408
ポリマ－51,5342
非ポリマー2066
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area3010 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
2
A: URE3-BP sequence specific DNA binding protein
ヘテロ分子

A: URE3-BP sequence specific DNA binding protein
ヘテロ分子

A: URE3-BP sequence specific DNA binding protein
ヘテロ分子

A: URE3-BP sequence specific DNA binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,48116
ポリマ－103,0684
非ポリマー41312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation15_455y-1/2,x+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area8530 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area33830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.699, 99.699, 107.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 URE3-BP sequence specific DNA binding protein


分子量: 25767.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: URE3-BP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9GSV7
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Internal tracking number 202501h3. EnhiA.01648.a.D11 PD00049 (VCID2443) at 12 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 21570 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.967.20.51317811.04199.8
1.96-2.027.70.43217571.0961100
2.02-2.0980.36617601.0861100
2.09-2.178.10.27917741.0851100
2.17-2.278.10.23317961.0761100
2.27-2.398.20.17717751.0851100
2.39-2.548.10.15217771.0621100
2.54-2.748.20.11417911.0591100
2.74-3.028.10.08618021.0581100
3.02-3.458.10.05718111.0211100
3.45-4.3580.03218371.051100
4.35-507.60.02519091.035198.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3sia

3sia


解像度: 1.9→41.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.565 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 1099 5.1 %RANDOM
Rwork0.159 ---
obs0.161 21472 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.001 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1663 0 3 167 1833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221783
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4191.9412433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95732964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1725219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.50723.07791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.37715291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1521513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8241.51043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2561.5412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48321691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6573740
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9384.5733
LS精密化 シェル解像度: 1.899→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 83 -
Rwork0.256 1469 -
all-1552 -
obs--98.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7894-2.55540.50392.50740.21113.6460.20470.0261-0.5831-0.0803-0.00220.43130.54210.1627-0.20250.09950.0132-0.07160.01750.01310.30582.05414.48226.638
24.51020.03211.77231.4388-1.20162.9640.26290.3299-0.505-0.2143-0.0796-0.06810.64640.1025-0.18340.18550.0254-0.01980.0844-0.07070.14020.71316.75512.775
31.31110.0111-0.29151.01850.13732.75860.01690.152-0.0094-0.04420.00120.1271-0.0617-0.1507-0.01810.06420.01220.0020.0918-0.00270.0821-6.67332.22312.391
41.75960.0246-0.78530.1078-0.40284.76050.0240.2233-0.0892-0.0825-0.02420.04450.15470.12510.00020.09530.0163-0.00180.1119-0.01390.09651.12525.58213.316
52.4836-0.0981-0.48180.37810.07330.242-0.0137-0.1365-0.07780.04070.0041-0.0440.0287-0.00540.00950.06850.00470.0010.07570.00890.08734.80728.37331.299
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A29 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3A55 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4A93 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5A119 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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