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- PDB-3sho: Crystal structure of RpiR transcription factor from Sphaerobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sho
タイトルCrystal structure of RpiR transcription factor from Sphaerobacter thermophilus (sugar isomerase domain)
要素Transcriptional regulator, RpiR family
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / transcription factor / sugar isomerase / oxidized cysteine
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix protein RpiR / : / Helix-turn-helix domain, rpiR family / RpiR-type HTH domain profile. / RpiR-like, SIS domain / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 ...Helix-turn-helix protein RpiR / : / Helix-turn-helix domain, rpiR family / RpiR-type HTH domain profile. / RpiR-like, SIS domain / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Homeobox-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, RpiR family
類似検索 - 構成要素
生物種Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Michalska, K. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of RpiR transcription factor from Sphaerobacter thermophilus (sugar isomerase domain)
著者: Michalska, K. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2011年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, RpiR family
B: Transcriptional regulator, RpiR family
C: Transcriptional regulator, RpiR family
D: Transcriptional regulator, RpiR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4814
ポリマ－80,4814
非ポリマー00
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12530 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area28270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.194, 77.816, 71.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator, RpiR family


分子量: 20120.373 Da / 分子数: 4 / 断片: sugar isomerase domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)
株: DSM 20745 / 遺伝子: Sthe_3042 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: D1C9F1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M sodium malonate, 20% PEG3350, in situ proteolysis with chymotrypsin, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 68746 / Num. obs: 68642 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3358 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
BUSTER2.8.0精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→35.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9387 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The crystals were obtain by in situ proteolysis with chymotrypsin, which apparently cut the N-terminal DNA-binding domain (residues ~ 1-90) prior to crystal formation. The precise location of ...詳細: The crystals were obtain by in situ proteolysis with chymotrypsin, which apparently cut the N-terminal DNA-binding domain (residues ~ 1-90) prior to crystal formation. The precise location of the cleavage site has not been determined. The region near residues 191-193 contains unknown density that has not been modeled.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2092 1198 1.75 %thin resolution shells
Rwork0.1729 ---
all0.1735 68604 --
obs0.1735 68604 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.0909 Å20 Å2-0.7281 Å2
2--0.3685 Å20 Å2
3---7.7224 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.216 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5443 0 0 304 5747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0155557HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.177609HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2571SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes129HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes828HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5537HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion774SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6822SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 64 1.27 %
Rwork0.2183 4957 -
all0.2182 5021 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4755-1.7109-0.77212.3448-0.06583.1038-0.0360.1406-0.1985-0.0519-0.0607-0.06050.14170.1340.09670.16220.03530.0288-0.1025-0.0047-0.139354.568315.4882-19.2329
21.68770.17920.11761.5696-0.13581.13310.03870.07020.01150.0343-0.02170.0358-0.1068-0.1451-0.0170.04030.02660.0056-0.0754-0.006-0.073138.327423.7179-1.2132
31.51380.6195-2.260.08241.07917.74960.0049-0.28690.17450.5327-0.11820.05840.4170.01710.11330.1983-0.0473-0.0273-0.07-0.0413-0.094534.970716.780411.2441
41.44210.6884-0.3792.0071-0.5542.15530.03690.0836-0.0959-0.0144-0.0647-0.0510.2666-0.12790.02780.0604-0.0277-0.0059-0.09-0.0201-0.054237.404410.6501-2.6752
50.98010.0253-0.60850.81930.80281.4588-0.06510.1217-0.08150.1017-0.13150.09340.0365-0.11660.19670.07960.02920.0009-0.06790.0137-0.084443.269527.1866-6.7123
60.8886-1.34960.31780.97251.89050.7580.0150.18830.10410.0373-0.0421-0.017-0.04480.08470.02710.2588-0.0337-0.0265-0.16810.0732-0.066548.123445.66379.1655
73.1157-1.57271.1650.009-0.78620.2349-0.00320.22780.1003-0.24240.0490.0991-0.0781-0.2275-0.04580.150.0733-0.0182-0.00240.0271-0.086142.628428.3422-19.0655
82.7065-0.3310.09261.318-0.09811.90680.05440.13090.0503-0.1421-0.0005-0.02660.04940.0338-0.05390.07450.00160.0371-0.16070.0069-0.072963.947422.3917-6.8423
90.18871.63330.89754.64371.43673.66130.1247-0.0687-0.1570.4275-0.06610.2141-0.2027-0.1286-0.05870.16280.01750.067-0.04590.026-0.063362.546820.5767.8469
101.6553-0.06360.78582.33460.34212.9092-0.0491-0.03350.01130.19420.0432-0.0293-0.33910.21070.00590.0938-0.04260.0299-0.1150.0142-0.053167.073330.80130.2615
111.2614-0.80080.18163.3029-0.21851.34220.01670.0810.2028-0.1115-0.1371-0.0327-0.10720.0320.12030.07750.00670.0062-0.0931-0.0001-0.076256.914423.8481-10.2514
123.48610.6933-2.64781.82281.62951.23530.01240.1894-0.06520.2095-0.21830.04920.10930.02220.20580.16560.05390.041-0.1271-0.0034-0.035262.62631.2495-0.1948
133.5109-1.24742.13861.5567-0.39090.7566-0.01870.01350.0863-0.0654-0.14350.11910.055-0.12280.16210.1128-0.01630.03320.0227-0.0151-0.144136.864322.000842.3061
140.9991-0.8943-0.43080.87950.68513.2633-0.0698-0.1713-0.07260.0290.02330.05670.09750.11390.04650.1639-0.00130.0153-0.11740.0313-0.124959.405811.736831.212
150.49540.62330.16180.32050.03363.77850.0274-0.00810.0242-0.12490.02290.0727-0.1525-0.1315-0.05020.17010.0189-0.004-0.09250.0359-0.111361.520412.34115.8728
163.0084-0.0494-1.5632.71031.45874.5047-0.11580.1892-0.30490.1964-0.14330.32890.368-0.30950.25910.2126-0.00720.0446-0.15550.0229-0.101854.09632.265323.5302
171.6278-1.3601-0.80990.90030.39622.2229-0.07-0.1119-0.24490.046-0.09730.18890.023-0.01930.16730.16120.01530.0383-0.11750.0149-0.153455.125513.417433.0639
182.04062.2102-1.2110.0226-1.48220.76820.0432-0.07720.25970.03110.1322-0.1589-0.17750.1372-0.17540.2909-0.15390.0329-0.13340.0161-0.190270.781730.544222.3119
192.2855-2.86081.23631.23760.0282.35690.0022-0.0228-0.08260.10120.0232-0.08750.08230.1261-0.02540.16760.00070.005-0.00820.0303-0.116562.928218.636742.2267
202.9911-1.13240.22191.4587-0.39652.1187-0.1078-0.29890.03090.23020.12390.0710.0388-0.2139-0.01610.14760.00020.0214-0.117-0.0125-0.15342.197129.513530.6476
210.62170.5006-0.59960.923-0.50213.1045-0.0180.0531-0.0275-0.1027-0.02180.02440.2746-0.20870.03980.12820.01170.0206-0.0575-0.0263-0.113440.879929.355716.251
223.8433-0.7070.56971.446-0.31532.94590.05280.0220.17710.0788-0.0603-0.0678-0.32860.10320.00750.1849-0.00520.0021-0.1054-0.0263-0.108547.815839.244124.5562
233.8073-0.81240.37160.9930.01461.2992-0.0564-0.27340.16760.0569-0.0261-0.11460.0507-0.11870.08260.16650.01270.0174-0.0760.0113-0.174347.532726.81233.5803
242.1327-0.76322.7690.08610.12441.157-0.0273-0.1612-0.09060.01860.08140.04490.1188-0.1263-0.05410.2169-0.15870.1137-0.15450.0726-0.040930.354112.871623.7535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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