- PDB-3sh6: Frog M-ferritin, D122R mutant, with magnesium -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3sh6
タイトル
Frog M-ferritin, D122R mutant, with magnesium
要素
Ferritin, middle subunit
キーワード
OXIDOREDUCTASE / IRON STORAGE / DIIRON / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報
ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm 類似検索 - 分子機能
解像度: 1.4→1.52 Å / 冗長度: 17.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.074
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
Blu-Ice
データ収集
PHASER
位相決定
REFMAC
5.4.0077
精密化
MOSFLM
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→52.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.409 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.1923
2667
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.16585
-
-
-
obs
0.16721
49589
99.98 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK