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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sg1 | ||||||
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タイトル | 2.6 Angstrom Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1 (MurA1) from Bacillus anthracis | ||||||
要素 | UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Cell wall formation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: 2.6 Angstrom Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1 (MurA1) from Bacillus anthracis. 著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sg1.cif.gz | 642.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sg1.ent.gz | 531.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sg1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3sg1_validation.pdf.gz | 484.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3sg1_full_validation.pdf.gz | 511.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3sg1_validation.xml.gz | 64.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3sg1_validation.cif.gz | 90.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ejdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 419 / Label seq-ID: 25 - 443
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49573.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS5137, BA_5529, GBAA_5529, murA1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-pLysS 参照: UniProt: Q81K13, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.26 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein solution: 7.7 mg/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl (pH 8.3), Screen solution: PEG's II, condition D10, 0.2M Sodium acetate, 0.1M Tris (pH 8.5), 30% (w/v) PEG 4000, VAPOR ...詳細: Protein solution: 7.7 mg/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl (pH 8.3), Screen solution: PEG's II, condition D10, 0.2M Sodium acetate, 0.1M Tris (pH 8.5), 30% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月7日 / 詳細: Beryllium lenses |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 45804 / Num. obs: 45804 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 45.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2277 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EJD 解像度: 2.6→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 27.754 / SU ML: 0.268 / Isotropic thermal model: Individually Refined / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.778 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.88 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 5103 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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