PDB-3sd3: The structure of the tetrahydrofolate riboswitch containing a U25...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sd3

タイトル

The structure of the tetrahydrofolate riboswitch containing a U25C mutation

要素

Tetrahydrofolate riboswitch

キーワード

RNA / tetrahydrofolate rna riboswitch

機能・相同性

Chem-FFO / IRIDIUM HEXAMMINE ION / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Reyes, F.E. / Trausch, J.J. / Ceres, P. / Batey, R.T.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The structure of a tetrahydrofolate-sensing riboswitch reveals two ligand binding sites in a single aptamer.
著者: Trausch, J.J. / Ceres, P. / Reyes, F.E. / Batey, R.T.

履歴

登録	2011年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月28日	Group: Database references
改定 1.2	2011年11月2日	Group: Database references
改定 2.0	2019年11月20日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
改定 2.1	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sd3.cif.gz	112.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sd3.ent.gz	85.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sd3_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sd3_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	3sd3_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	3sd3_validation.cif.gz	8.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sd3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lvv
類似構造データ	4lw0-d 4lvw-d 4lvy-d 4lvv-d 4lvx-d 4lvz-d 7kd1-d 6q57-d 6o2v-d 3r62-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (2) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (2)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tetrahydrofolate riboswitch

ヘテロ分子

30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.520, 68.590, 158.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: RNA鎖	Tetrahydrofolate riboswitch 分子量: 28848.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Synthesized from T7 RNA polymerase using a recombinant PCR template
#2: 化合物	ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION 分子量: 294.400 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₁₈IrN₆
#3: 化合物	ChemComp-FFO / N-[4-({[(6S)-2-amino-5-formyl-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-glutamic acid / [6S]-5-FORMYL-TETRAHYDROFOLATE / 6S-FOLINIC ACID / l-ロイコボリン分子量: 473.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₇O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2,4-methyl-pentanediol, spermine, sodium cacodylate, sodium chloride, dithiothreitol, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 303K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1051 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1051 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.5 % / Av σ(I) over netI: 16.9 / 数: 77168 / R_sym value: 0.027 / D res high: 1.955 Å / D res low: 62.895 Å / Num. obs: 22136 / % possible obs: 98.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.74	62.9	86.9	1	0.015	0.015	2.9
6.18	8.74	99.4	1	0.014	0.014	3.3
5.05	6.18	99.1	1	0.017	0.017	3.3
4.37	5.05	99.3	1	0.02	0.02	3.2
3.91	4.37	98.7	1	0.019	0.019	3.3
3.57	3.91	97.9	1	0.019	0.019	3.2
3.3	3.57	97.5	1	0.02	0.02	3.3
3.09	3.3	97.3	1	0.021	0.021	3.5
2.91	3.09	98	1	0.026	0.026	3.5
2.76	2.91	99.2	1	0.033	0.033	3.5
2.64	2.76	98.3	1	0.047	0.047	3.5
2.52	2.64	99.9	1	0.058	0.058	3.5
2.42	2.52	97.6	1	0.081	0.081	3.5
2.34	2.42	99.5	1	0.101	0.101	3.6
2.26	2.34	97	1	0.136	0.136	3.6
2.19	2.26	98.7	1	0.171	0.171	3.5
2.12	2.19	99.7	1	0.228	0.228	3.6
2.06	2.12	94.6	1	0.269	0.269	3.6
2.01	2.06	99.2	1	0.341	0.341	3.6
1.95	2.01	98	1	0.456	0.456	3.7

反射

解像度: 1.95→62.922 Å / Num. all: 22136 / Num. obs: 22136 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.027 / Net I/σ(I): 20.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.95-2.01	3.7	0.456	1.7	5747	1572	0.456	98
2.01-2.06	3.6	0.341	2.3	5641	1569	0.341	99.2
2.06-2.12	3.6	0.269	2.9	5362	1492	0.269	94.6
2.12-2.19	3.6	0.228	3.4	5329	1474	0.228	99.7
2.19-2.26	3.5	0.171	4.6	5137	1458	0.171	98.7
2.26-2.34	3.6	0.136	5.7	4878	1354	0.136	97
2.34-2.42	3.6	0.101	7.7	4900	1372	0.101	99.5
2.42-2.52	3.5	0.081	9.6	4661	1313	0.081	97.6
2.52-2.64	3.5	0.058	13.2	4457	1258	0.058	99.9
2.64-2.76	3.5	0.047	15.8	4270	1226	0.047	98.3
2.76-2.91	3.5	0.033	21.2	3977	1128	0.033	99.2
2.91-3.09	3.5	0.026	19.9	3824	1106	0.026	98
3.09-3.3	3.5	0.021	27.9	3441	989	0.021	97.3
3.3-3.57	3.3	0.02	28.2	3136	960	0.02	97.5
3.57-3.91	3.2	0.019	25.8	2872	910	0.019	97.9
3.91-4.37	3.3	0.019	30.9	2673	803	0.019	98.7
4.37-5.05	3.2	0.02	29.9	2303	723	0.02	99.3
5.05-6.18	3.3	0.017	35.3	2130	650	0.017	99.1
6.18-8.74	3.3	0.014	42.9	1663	511	0.014	99.4
8.74-62.895	2.9	0.015	39.5	767	268	0.015	86.9

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.95 Å / D res low: 79.04 Å / FOM : 0.365 / FOM acentric: 0.414 / FOM centric: 0.142 / 反射: 22339 / Reflection acentric: 18232 / Reflection centric: 3252

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
9.09-12.77	0.42	0.655	0.126	159	87	67
7.44-9.09	0.477	0.655	0.167	212	135	74
6.45-7.44	0.456	0.624	0.114	245	164	78
5.77-6.45	0.522	0.652	0.2	256	183	70
5.27-5.77	0.475	0.619	0.131	294	208	80
4.88-5.27	0.44	0.561	0.152	312	221	75
4.57-4.88	0.44	0.577	0.12	320	225	71
4.31-4.57	0.435	0.547	0.128	364	268	77
4.09-4.31	0.457	0.576	0.117	369	274	79
3.9-4.09	0.453	0.57	0.117	369	273	69
3.73-3.9	0.415	0.555	0.108	414	285	81
3.58-3.73	0.416	0.578	0.114	407	265	74
3.45-3.58	0.379	0.486	0.092	416	300	68
3.34-3.45	0.384	0.508	0.073	455	324	84
3.23-3.34	0.4	0.501	0.091	458	346	73
3.14-3.23	0.436	0.51	0.108	457	373	68
3.05-3.14	0.468	0.548	0.11	477	391	75
2.97-3.05	0.425	0.503	0.098	515	416	83
2.89-2.97	0.426	0.497	0.12	534	433	78
2.82-2.89	0.439	0.512	0.13	507	410	77
2.76-2.82	0.438	0.497	0.127	511	428	66
2.7-2.76	0.419	0.484	0.122	565	459	81
2.64-2.7	0.414	0.463	0.197	554	456	71
2.59-2.64	0.423	0.483	0.144	580	475	82
2.54-2.59	0.402	0.451	0.123	566	479	70
2.49-2.54	0.414	0.462	0.162	583	485	79
2.44-2.49	0.375	0.416	0.122	595	503	70
2.4-2.44	0.361	0.393	0.156	643	552	78
2.36-2.4	0.372	0.407	0.144	607	517	67
2.32-2.36	0.35	0.381	0.171	620	525	80
2.29-2.32	0.328	0.346	0.199	616	540	68
2.25-2.29	0.3	0.324	0.148	652	545	78
2.22-2.25	0.291	0.305	0.187	653	557	70
2.19-2.22	0.302	0.322	0.159	673	580	78
2.16-2.19	0.316	0.332	0.195	675	592	73
2.13-2.16	0.288	0.3	0.22	681	590	81
2.1-2.13	0.293	0.307	0.174	654	579	64
2.07-2.1	0.272	0.287	0.169	710	610	78
2.05-2.07	0.266	0.278	0.163	706	604	74
2.02-2.05	0.289	0.302	0.19	727	639	77
2-2.02	0.263	0.276	0.149	709	623	75
1.97-2	0.283	0.295	0.178	729	648	74
1.95-1.97	0.26	0.274	0.135	720	639	75

Phasing dm

FOM : 0.6 / FOM acentric: 0.61 / FOM centric: 0.55 / 反射: 22342 / Reflection acentric: 19090 / Reflection centric: 3252

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
3.5-5.6	0.92	0.94	0.87	3073	2440	633
2.8-3.5	0.83	0.85	0.71	3788	3196	592
2.4-2.8	0.63	0.66	0.42	3760	3268	492
2.1-2.4	0.42	0.44	0.29	6619	5868	751
2-2.1	0.32	0.34	0.2	4061	3635	426

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.15	データスケーリング
PHASER		位相決定
RESOLVE	2.15	位相決定
PHENIX	dev_572	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
BOS		データ収集
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→62.895 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7699 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2431	1962	8.9 %	From phenix.refine
R_work	0.2294	-	-	-
obs	0.2307	22038	96.16 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.258 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 324.69 Å² / B_iso mean: 40.1859 Å² / B_iso min: 16.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	17.9289 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.9843 Å²	-0 Å²
3-	-	-	10.3856 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→62.895 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1913	57	103	2073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2196
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.502	3448
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	92
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.272	1076

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.95-1.9947	0.3751	129	0.346	1294	1423	90
1.9947-2.0486	0.3351	136	0.3231	1368	1504	94
2.0486-2.1089	0.3266	129	0.3155	1354	1483	91
2.1089-2.177	0.3372	136	0.3108	1377	1513	96
2.177-2.2548	0.3194	140	0.3083	1438	1578	97
2.2548-2.3451	0.3919	133	0.3031	1378	1511	95
2.3451-2.4518	0.2365	143	0.2838	1466	1609	98
2.4518-2.5811	0.327	137	0.2806	1413	1550	97
2.5811-2.7428	0.3083	148	0.2952	1498	1646	99
2.7428-2.9545	0.3052	141	0.2772	1442	1583	98
2.9545-3.2519	0.2263	143	0.23	1466	1609	98
3.2519-3.7224	0.2445	144	0.2138	1476	1620	98
3.7224-4.6896	0.1774	150	0.1734	1526	1676	98
4.6896-62.9551	0.1872	153	0.1815	1580	1733	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4674	-0.009	0.0911	0.8952	-0.1448	0.1934	0.0217	0.0466	0.1102	-0.0114	-0.0504	-0.1216	0.0466	-0.0159	-0.0339	0.5477	0.3889	-0.0878	0.3848	0.1061	0.3606	10.344	-16.9718	15.3993
2	0.0183	0.0147	-0.0414	0.5624	-0.2874	0.2209	0.0364	0.0959	0.0436	0.0583	-0.0355	-0.0026	-0.0987	-0.0669	-0.0613	0.1661	0.1012	0.0083	0.2392	0.0744	0.1135	6.5979	-1.668	28.7864
3	0.315	-0.0262	0.2115	0.2918	-0.3101	0.5082	0.0009	0.2221	0.1773	0.1746	-0.0265	-0.007	-0.1278	0.1289	-0.1134	0.3103	0.0852	0.026	0.343	0.0531	0.2366	10.1873	-10.5908	31.2087
4	0.016	0.0034	0.0083	0.0237	-0.0077	0.0127	-0.0019	-0.0066	-0.0354	0.0539	-0.0046	-0.0027	0.0989	0.1005	-0.0113	0.0521	0.1873	-0.0596	0.3438	0.2725	0.2286	2.3964	9.1789	7.5665
5	0.0984	0.0402	0.0728	0.1119	-0.0304	0.1029	-0.0016	0.1236	0.0742	-0.148	-0.106	0.0306	0.1393	0.0649	-0.0871	0.6521	0.3776	-0.0321	0.3141	0.0047	0.2361	13.4808	-30.0767	18.0629

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 1:18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 19:35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESID 36:55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND RESID 56:71
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND RESID 72:89

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)