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- PDB-3sco: Crystal Structure of Rice BGlu1 E386G Mutant Complexed with alpha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sco
タイトルCrystal Structure of Rice BGlu1 E386G Mutant Complexed with alpha-Glucosyl Fluoride
要素Beta-glucosidase 7
キーワードHYDROLASE / BETA-ALPHA-BARRELS / GLYCOSYNTHASE / OLIGOSACCHARIDE SYNTHESIS / TRANSGLUCOSYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


amygdalin beta-glucosidase activity / prunasin beta-glucosidase activity / beta-L-arabinosidase activity / cellobiose glucosidase activity / beta-gentiobiose beta-glucosidase activity / beta-D-fucosidase activity / beta-mannosidase activity / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-galactosidase activity ...amygdalin beta-glucosidase activity / prunasin beta-glucosidase activity / beta-L-arabinosidase activity / cellobiose glucosidase activity / beta-gentiobiose beta-glucosidase activity / beta-D-fucosidase activity / beta-mannosidase activity / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-galactosidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranosyl fluoride / Beta-glucosidase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pengthaisong, S. / Withers, S.G. / Kuaprasert, B. / Ketudat Cairns, J.R.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
著者: Pengthaisong, S. / Withers, S.G. / Kuaprasert, B. / Ketudat Cairns, J.R.
履歴
登録2011年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase 7
B: Beta-glucosidase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,50911
ポリマ－109,3132
非ポリマー1,1969
水15,006833
1
A: Beta-glucosidase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2876
ポリマ－54,6561
非ポリマー6315
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-glucosidase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2225
ポリマ－54,6561
非ポリマー5664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.852, 100.806, 127.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 5 - 476 / Label seq-ID: 10 - 481

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Beta-glucosidase 7 / Os3bglu7


分子量: 54656.402 Da / 分子数: 2 / 変異: E386G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 株: ORION
遺伝子: BGLU1, BGLU7, LOC_Os03g49600, Os03g0703000, os3bglu7, OSJNBa0004L11.16
プラスミド: pET32a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3) / 参照: UniProt: Q75I93, beta-glucosidase
#6: 糖 ChemComp-GLF / alpha-D-glucopyranosyl fluoride / 1-FLUORO-ALPHA-1-DEOXY-D-GLUCOSE / alpha-D-glucosyl fluoride / D-glucosyl fluoride / glucosyl fluoride / α-D-グルコピラノシルフルオリド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H11FO5
識別子タイププログラム
a-D-Glcp1fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 840分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 833 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONFLICT IS IN GENBANK DATABASE AAA84906.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 18% PEG MME 5000, 0.12M ammonium sulfate, 0.1M MES, 0.010M alpha-glucosyl fluoride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 73721 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 6887 / Rsym value: 0.395 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0110位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RGL

2rgl


解像度: 1.95→26.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.018 / SU ML: 0.088 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 3619 4.9 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 70016 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å20 Å2
2--1.54 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→26.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7608 0 71 833 8512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227908
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3871.93110744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9135942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16423.65400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.745151202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8431544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.21090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5971.54682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1427492
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9733226
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1944.53252
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3804 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.030.05
tight thermal0.110.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 247 -
Rwork0.227 4791 -
obs-4791 92.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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