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- PDB-3sc6: 2.65 Angstrom resolution crystal structure of dTDP-4-dehydrorhamn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sc6
タイトル2.65 Angstrom resolution crystal structure of dTDP-4-dehydrorhamnose reductase (rfbD) from Bacillus anthracis str. Ames in complex with NADP
要素dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / rfbD / structural genomics / infectious diseases / Bacillus anthracis str. Ames / rhamnose biosynthetic pathway / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Rossmann fold / Catalyzes formation of dTDP-4-dehydro-6-deoxy-L-mannose / NADPH and H+ from dTDP-6-deoxy-L-mannose and NADP+
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose reductase family / RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Kuhn, M. / Shuvalova, L. / Minasov, G. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Structure of the Bacillus anthracis dTDP-L-rhamnose-biosynthetic enzyme dTDP-4-dehydrorhamnose reductase (RfbD).
著者: Law, A. / Stergioulis, A. / Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Anderson, W.F. / Kuhn, M.L.
履歴
登録2011年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
B: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
C: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
D: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
E: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
F: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,42029
ポリマ－196,3276
非ポリマー6,09423
水4,324240
1
A: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6574
ポリマ－32,7211
非ポリマー9363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8496
ポリマ－32,7211
非ポリマー1,1285
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6574
ポリマ－32,7211
非ポリマー9363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6574
ポリマ－32,7211
非ポリマー9363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8496
ポリマ－32,7211
非ポリマー1,1285
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7535
ポリマ－32,7211
非ポリマー1,0324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.449, 113.337, 144.949
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
dTDP-4-dehydrorhamnose reductase


分子量: 32721.137 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS1138, BA_1231, GBAA_1231, rfbD / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/Magic
参照: UniProt: Q81TN9, UniProt: A0A6L7H7R4*PLUS, dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.99 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 7.5 mg/mL in buffer containing 10 mM Tris HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, and 5 mM BME, 5 mM MgCl2, 1 mM NADP+, and 10% glycerol.Crystallization conditions: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M ...詳細: Protein: 7.5 mg/mL in buffer containing 10 mM Tris HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, and 5 mM BME, 5 mM MgCl2, 1 mM NADP+, and 10% glycerol.Crystallization conditions: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, and 25% w/v PEG 5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月3日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si(111) Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. all: 75200 / Num. obs: 75200 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 67.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.49
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique all: 3724 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VL0

1vl0


解像度: 2.65→29.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 26.342 / SU ML: 0.252 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25785 3745 5 %RANDOM
Rwork0.21531 ---
obs0.21747 70861 99.94 %-
all-70861 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.691 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.94 Å2-0 Å20.53 Å2
2---0.35 Å2-0 Å2
3----4.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13571 0 373 240 14184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02214435
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.97619635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.791323341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg0.6851697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.93724.448697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg4.01152403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.5421568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6061.58431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1031.53430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.172213646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82236004
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0114.55989
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 277 -
Rwork0.338 5134 -
obs-5134 99.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7931-0.12180.50591.88730.22921.9821-0.0469-0.1661-0.05010.20110.0669-0.23240.2746-0.0467-0.02010.1311-0.0226-0.03540.15090.02270.178544.5678-49.6462101.2317
21.19410.0994-0.51340.7214-0.74294.1366-0.0531-0.2034-0.03660.25070.1290.066-0.1558-0.4758-0.07590.2403-0.0016-0.01310.25960.05750.031230.5036-47.0668114.9856
30.5173-0.00880.13951.41780.55673.1064-0.0022-0.04420.0556-0.15090.0277-0.02420.0241-0.2046-0.02550.0653-0.01360.00360.1972-0.01950.19333.5225-29.052880.5188
41.5-1.6335-0.25363.40320.8610.30340.03920.09380.1831-0.2315-0.0659-0.161-0.0628-0.0040.02670.15850.01780.00610.1636-0.00660.170334.6099-10.230277.1856
51.6705-0.14510.13882.40951.18522.25390.04920.08720.0015-0.09740.145-0.17770.02840.1117-0.19420.0118-0.01170.01480.1692-0.0670.252864.2233-32.692883.9165
62.79061.10990.72830.6596-0.02440.71450.2046-0.0967-0.19970.0446-0.0751-0.13920.12430.0995-0.12950.03490.0443-0.01380.2275-0.11940.379377.0328-29.97397.3556
70.8083-0.4296-0.52212.0480.42493.2951-0.052-0.1436-0.03860.15750.15320.1336-0.0252-0.1312-0.10120.06120.0397-0.01040.2190.01510.15927.88980.7278135.7855
82.32591.8769-0.13812.1177-0.26870.9191-0.034-0.2339-0.286-0.04590.1361-0.18470.1821-0.0842-0.10220.1779-0.0042-0.04630.24740.12120.148828.0449-18.9579137.3248
91.90040.75620.29592.61330.76542.0102-0.0974-0.1088-0.06740.05870.1231-0.19510.03940.0214-0.02570.02720.0481-0.04560.2204-0.12210.180558.49283.8569132.4388
103.1635-2.4068-1.07443.3610.55780.47260.09750.08960.22480.02560.0286-0.471-0.0776-0.0108-0.12620.04090.0207-0.02110.2233-0.17010.315971.47911.8974118.9778
112.3468-0.00540.05991.60540.91862.7529-0.1178-0.00080.1432-0.1360.1559-0.0777-0.31460.1307-0.0380.16350.03150.01730.0653-0.0030.143738.418423.2175115.7892
120.7259-0.16980.32190.8206-0.36692.80290.07760.0101-0.0364-0.07590.0250.0161-0.2552-0.2677-0.10270.15170.05580.03020.1643-0.01250.136927.768417.5995103.8771
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2A145 - 282
3X-RAY DIFFRACTION3B-2 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4B143 - 281
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6C143 - 281
7X-RAY DIFFRACTION7D-1 - 145
8X-RAY DIFFRACTION8D146 - 281
9X-RAY DIFFRACTION9E2 - 142
10X-RAY DIFFRACTION10E143 - 282
11X-RAY DIFFRACTION11F1 - 121
12X-RAY DIFFRACTION12F122 - 281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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