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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sc4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Short chain dehydrogenase (A0QTM2 homolog) Mycobacterium thermoresistibile | ||||||
要素 | Short chain dehydrogenase (A0QTM2 homolog) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / Emerald BioStructures / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Unknown ligand / Short chain dehydrogenase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a Short chain dehydrogenase (A0QTM2 homolog) Mycobacterium thermoresistibile 著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Gardberg, A. / Clifton, M.C. / Staker, B. / Stewart, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sc4.cif.gz | 220 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sc4.ent.gz | 177.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sc4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/3sc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/3sc4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3kvoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 400 / Label seq-ID: 1 - 400
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29947.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア) プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G7CNA1*PLUS |
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-非ポリマー , 6種, 168分子
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Internal tracking number 220646H3. Focus screen based on JCSG E2. 2 M ammonium sulfate, 0.1 M cacodylate, pH 6.54, 200 mM sodium chloride. MythA.01365.a.A1 PW28688 at 27.8 mg/mL, VAPOR ...詳細: Internal tracking number 220646H3. Focus screen based on JCSG E2. 2 M ammonium sulfate, 0.1 M cacodylate, pH 6.54, 200 mM sodium chloride. MythA.01365.a.A1 PW28688 at 27.8 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Asymmetric curved crystal, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→48.28 Å / Num. all: 30482 / Num. obs: 30423 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 37.017 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 21.89 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3KVO 解像度: 2.5→48.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 13.29 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.608 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.28 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3357 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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