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- PDB-3sc2: REFINED ATOMIC MODEL OF WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE II AT 2.2-A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sc2
タイトルREFINED ATOMIC MODEL OF WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE II AT 2.2-ANGSTROMS RESOLUTION
要素(SERINE CARBOXYPEPTIDASE II (CPDW-II)) x 2
キーワードHYDROLASE(CARBOXYPEPTIDASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase D / serine-type carboxypeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11320 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #940 / Serine carboxypeptidase, serine active site / Serine carboxypeptidases, serine active site. / Peptidase S10, serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site / Serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular ...Rossmann fold - #11320 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #940 / Serine carboxypeptidase, serine active site / Serine carboxypeptidases, serine active site. / Peptidase S10, serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site / Serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine carboxypeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liao, D.-I. / Remington, S.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Refined atomic model of wheat serine carboxypeptidase II at 2.2-A resolution.
著者: Liao, D.I. / Breddam, K. / Sweet, R.M. / Bullock, T. / Remington, S.J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Structure of Wheat Serine Carboxypeptidase II at 3.5 Angstroms Resolution
著者: Liao, D.-I. / Remington, S.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallization of Serine Carboxypeptidases
著者: Wilson, K.P. / Liao, D.-I. / Bullock, T. / Remington, S.J. / Breddam, K.
#3: ジャーナル: Carlsberg Res.Commun. / 年: 1987
タイトル: Primary Structure and Enzymatic Properties of Carboxypeptidase II from Wheat Bran
著者: Breddam, K. / Sorensen, S.B. / Svendsen, I.
履歴
登録1992年7月1日処理サイト: BNL
置き換え1993年10月15日ID: 2SC2
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.PDB_ins_code / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 700SHEET THE SECONDARY STRUCTURE ASSIGNMENT IS ACCORDING TO KABSCH AND SANDER (BIOPOLYMERS 22, 2577- ...SHEET THE SECONDARY STRUCTURE ASSIGNMENT IS ACCORDING TO KABSCH AND SANDER (BIOPOLYMERS 22, 2577-2637, 1983) DSSP PROGRAM EXCEPT FOR RESIDUES -1 TO 1 AND 102 TO 105. BOTH STRANDS ARE INVOLVED IN THE HYDROGEN BONDING OF A BETA SHEET, BUT NEITHER OF THEM IS ASSIGNED AS A BETA STRAND BY DSSP.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE CARBOXYPEPTIDASE II (CPDW-II)
B: SERINE CARBOXYPEPTIDASE II (CPDW-II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7885
ポリマ－45,8982
非ポリマー1,8903
水3,549197
1
A: SERINE CARBOXYPEPTIDASE II (CPDW-II)
B: SERINE CARBOXYPEPTIDASE II (CPDW-II)
ヘテロ分子

A: SERINE CARBOXYPEPTIDASE II (CPDW-II)
B: SERINE CARBOXYPEPTIDASE II (CPDW-II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,57610
ポリマ－91,7964
非ポリマー3,7806
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)98.400, 98.400, 209.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Atom site foot note1: THERE IS NO APPARENT ELECTRON DENSITY FOR THE SIDE CHAINS OF RESIDUES GLU A 24, LYS A 163, ARG B 282, THR B 293, AND GLN B 375A. THE SIDE CHAINS ARE MODELLED WITH ZERO OCCUPANCY.
2: RESIDUES PRO A 43, PRO A 54, AND PRO A 96 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 SERINE CARBOXYPEPTIDASE II (CPDW-II)


分子量: 28705.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P08819, EC: 3.4.16.1
#2: タンパク質 SERINE CARBOXYPEPTIDASE II (CPDW-II)


分子量: 17192.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P08819, EC: 3.4.16.1
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-ManpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.74 %
結晶化
*PLUS
pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12-3 mg/mlprotein1drop
20.25 Msodium chloride1drop
31-4 %PEG15501drop
440 mMsodium acetate1drop
51.5 2.01reservoirMNaCl
640 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 38081 / % possible obs: 72.9 % / Num. measured all: 103780

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.169 / 最高解像度: 2.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3210 0 126 197 3533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 35941 / Rfactor obs: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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