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- PDB-3sbr: Pseudomonas stutzeri nitrous oxide reductase, P1 crystal form wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sbr
タイトルPseudomonas stutzeri nitrous oxide reductase, P1 crystal form with substrate
要素Nitrous-oxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta-propeller / cupredoxin domain / reductase / copper-containing / periplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrous-oxide reductase / nitrous-oxide reductase activity / copper ion import / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / periplasmic space / copper ion binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nitrous-oxide reductase / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / : / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Copper centre Cu(A) ...Nitrous-oxide reductase / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / : / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Cupredoxin / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DINUCLEAR COPPER ION / [4Cu:2S] cluster / IMIDAZOLE / : / NITROUS OXIDE / Nitrous-oxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Pomowski, A. / Zumft, W.G. / Kroneck, P.M.H. / Einsle, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: N2O binding at a [4Cu:2S] copper-sulphur cluster in nitrous oxide reductase.
著者: Pomowski, A. / Zumft, W.G. / Kroneck, P.M. / Einsle, O.
履歴
登録2011年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月31日Group: Database references
改定 1.22011年9月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nitrous-oxide reductase
B: Nitrous-oxide reductase
C: Nitrous-oxide reductase
D: Nitrous-oxide reductase
E: Nitrous-oxide reductase
F: Nitrous-oxide reductase
G: Nitrous-oxide reductase
H: Nitrous-oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)572,31456
ポリマ－567,3318
非ポリマー4,98348
水47,3432628
1
A: Nitrous-oxide reductase
B: Nitrous-oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,95312
ポリマ－141,8332
非ポリマー1,12010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12410 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area35450 Å2
手法PISA
2
C: Nitrous-oxide reductase
D: Nitrous-oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,06614
ポリマ－141,8332
非ポリマー1,23312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12880 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area36040 Å2
手法PISA
3
E: Nitrous-oxide reductase
F: Nitrous-oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,16015
ポリマ－141,8332
非ポリマー1,32713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12770 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area35220 Å2
手法PISA
4
G: Nitrous-oxide reductase
H: Nitrous-oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,13515
ポリマ－141,8332
非ポリマー1,30213
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13080 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area35630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.577, 106.453, 130.876
Angle α, β, γ (deg.)111.45, 107.22, 90.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Nitrous-oxide reductase / N(2)OR / N2O reductase


分子量: 70916.406 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 参照: UniProt: P19573, EC: 1.7.99.6

-
非ポリマー , 8種, 2676分子

#2: 化合物
ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#3: 化合物
ChemComp-CUK / [4Cu:2S] cluster


分子量: 318.314 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu4S2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#8: 化合物 ChemComp-N2O / NITROUS OXIDE / NITROGEN OXIDE / 1,2-ジアザエチン1-オキシド


分子量: 44.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N2O
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16 % PEG 6000, 0.2 M imidazole/malate buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→95.05 Å / Num. all: 205995 / Num. obs: 194872 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FWX

1fwx


解像度: 2.24→95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 13.963 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22655 10299 5 %RANDOM
Rwork0.17317 ---
obs0.17584 194872 93.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.219 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å2-0.09 Å2-0.03 Å2
2---0.13 Å2-0.03 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36623 0 124 2628 39375
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02237767
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3171.94251151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.04554685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77124.5421790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.055156368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.96915184
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.25485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02129020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4741.523253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.909237611
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.556314514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5394.513516
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.301 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 616 -
Rwork0.377 10888 -
obs--70.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0435-0.0362-0.10590.90860.16920.3012-0.03910.02010.0733-0.18970.25910.0250.0146-0.0388-0.220.0663-0.0709-0.04060.11590.07740.158824.1206-9.5015-62.2193
20.06270.0568-0.10190.82170.00410.2261-0.069-0.01190.0471-0.10220.2303-0.0620.04790.0524-0.16130.0593-0.0248-0.00120.1229-0.05050.104438.1401-38.3301-57.599
30.07070.10290.07230.19270.13760.28580.036-0.01610.02380.0147-0.02860.00850.0084-0.0472-0.00750.06360.00150.00780.0781-0.00570.0608-22.513445.9978-53.6173
40.04330.02260.04990.2105-0.09680.25870.0548-0.00060.0006-0.0210.0032-0.0170.11940.0096-0.05790.1368-0.0031-0.04310.04340.00230.0618-13.284414.9641-55.9276
50.05990.0670.04340.2853-0.00480.06630.00110.00970.03060.01720.00320.03360.01320.0078-0.00430.04420.00750.00870.08540.0020.07334.163321.3889-0.443
60.1004-0.00430.04790.2058-0.10770.08120.03470.0187-0.0121-0.0009-0.0292-0.00440.02290.0408-0.00550.06540.0258-0.00740.0814-0.00840.057915.2296-9.19420.4321
70.0838-0.094-0.08150.45030.25990.21950.08690.00570.0169-0.09330.0049-0.108-0.1052-0.0579-0.09180.11170.01830.0620.06130.01590.0973-44.861470.8045-3.3921
80.10220.0579-0.11650.21110.0360.23610.0294-0.0122-0.00020.03740.0523-0.0454-0.00180.0334-0.08170.03080.0124-0.01640.0751-0.00870.106-34.963840.44942.0959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A58 - 638
2X-RAY DIFFRACTION2B58 - 638
3X-RAY DIFFRACTION3C58 - 638
4X-RAY DIFFRACTION4D51 - 638
5X-RAY DIFFRACTION5E58 - 638
6X-RAY DIFFRACTION6F58 - 638
7X-RAY DIFFRACTION7G54 - 638
8X-RAY DIFFRACTION8H58 - 638

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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