PDB-3sac: Crystal structure of wild-type HIV-1 protease in complex with AF80

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sac

タイトル

Crystal structure of wild-type HIV-1 protease in complex with AF80

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / protease inhibitors / AIDS / aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
著者: Altman, M.D. / Nalam, M.N.L. / Ali, A. / Cao, H. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A. / Tidor, B.

履歴

登録	2011年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/3sac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/3sac	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3sa3C 3sa4C 3sa5C 3sa6C 3sa7C 3sa8C 3sa9C 3saaC 3sabC 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o9c-d 3o9h-d 3sa6-d 4mc2-d 3qrm-d 3o9e-d 2qnp-d 2r38-d 3nu9-d 4rvx-1 3d1y-d 3i7e-d 3qrs-d 1ajx-d 3gga-1 3bgc-d 4cpt-d 2pwr-d 1wbk-d 1npa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.880, 58.001, 61.567
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: O38732
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-AF8 / 3-hydroxy-N-{(2S,3R)-3-hydroxy-4-[(2-methylpropyl){[5-(1,2-oxazol-5-yl)thiophen-2-yl]sulfonyl}amino]-1-phenylbutan-2-yl}benzamide タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 569.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₁N₃O₆S₂ 参照: 3-HYDROXY-N-{(2S,3R)-3-HYDROXY-4-[(2-METHYLPROPYL){[5-(1,2-OXAZOL-5-YL)THIOPHEN-2-YL]SULFONYL}AMINO]-1-PHENYLBUTAN-2-YL}BENZAMIDE
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 24-29% ammonium sulfate, 63 mM sodium citrate, 126 mM phosphate buffer, pH 6.2, HANGING DROP, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 29473 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Χ²: 1.009 / Net I/σ(I): 14.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.55	5.3	0.352	2879	1.038	1	99.3
1.55-1.62	5.6	0.271	2948	1.021	1	100
1.62-1.69	5.6	0.196	2928	1.089	1	100
1.69-1.78	5.6	0.142	2920	1.009	1	100
1.78-1.89	5.6	0.098	2950	1.019	1	100
1.89-2.04	5.6	0.069	2944	0.938	1	99.9
2.04-2.24	5.6	0.052	2965	1	1	99.7
2.24-2.56	5.6	0.048	2973	1.007	1	99.3
2.56-3.23	5.5	0.047	2970	1.035	1	98.6
3.23-50	5.3	0.028	2996	0.937	1	94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F7A

1f7a

解像度: 1.5→39.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.2262 / WR_factor R_work: 0.1961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.874 / SU B: 2.785 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.0804 / SU R_free: 0.0784 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2038	1483	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1808	-	-	-
obs	0.1819	29319	98.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.48 Å² / B_iso mean: 21.501 Å² / B_iso min: 10.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1502	0	49	148	1699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	2.019	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.756	3	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.758	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.176	25.088	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.617	15	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.326	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	295
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.471	1.5	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.111	1.5	424
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.857	2	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.319	3	621
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.175	4.5	579

LS精密化シェル

解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	117	-
R_work	0.207	2020	-
all	-	2137	-
obs	-	-	97.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2668	-0.2021	-0.4813	2.6334	-0.0689	1.7873	-0.1434	-0.4426	0.0305	0.3196	0.1101	0.0256	-0.0481	0.0087	0.0333	0.132	0.0407	0.0123	0.1298	-0.0039	0.0065	20.6974	26.1643	29.5635
2	2.7175	-1.7572	0.4477	3.0101	-0.0124	2.0463	-0.0868	-0.1243	-0.3779	0.1777	0.1003	0.3267	0.1316	-0.1333	-0.0135	0.0798	-0.0031	0.0278	0.065	0.0216	0.0885	19.6626	17.1169	22.6382
3	3.4313	0.502	0.3266	2.1587	-0.8279	0.4029	-0.0129	0.0804	-0.0342	-0.0061	-0.0316	-0.0634	-0.0042	0.0317	0.0445	0.0631	0.0036	-0.0035	0.0573	0.0026	0.0397	26.377	27.31	18.0586
4	4.6946	0.7183	1.1755	1.0666	-1.1675	2.212	0.0182	0.0328	-0.1208	0.0384	0.0834	0.0695	-0.0476	-0.0508	-0.1016	0.0766	0.0206	0.0073	0.0673	0.017	0.1114	13.7812	27.5049	19.0284
5	7.3939	-1.8547	-0.6158	2.2381	-0.0521	4.6936	-0.1292	-0.1667	0.0909	0.1442	0.0452	-0.3724	0.0076	0.248	0.084	0.065	-0.0195	-0.048	0.0413	0.0181	0.098	39.2215	31.3589	23.6028
6	19.894	-7.4401	-3.1713	2.8639	1.1858	0.5059	0.1044	0.6215	-0.7499	-0.0572	-0.2177	0.15	-0.0163	-0.1034	0.1134	0.0073	-0.014	0.0159	0.0787	-0.0284	0.2494	1.0165	21.8133	17.2544
7	5.3996	-0.8479	-0.2452	4.2003	2.7852	6.0723	0.0024	0.3068	0.0722	-0.0411	0.0194	-0.346	-0.0484	0.282	-0.0218	0.0399	-0.0166	0.0045	0.0774	0.0401	0.0622	39.2699	30.8731	9.4515
8	7.0024	0.7203	0.4056	4.3742	1.6143	3.4323	0.2174	0.3154	0.3239	-0.145	-0.0712	0.2528	0.026	-0.5373	-0.1462	0.0282	0.0137	0.009	0.1451	0.0793	0.0681	0.2569	34.3521	12.9788
9	10.0341	-1.9393	-2.2492	1.2975	0.637	2.2873	0.009	0.2861	-0.2027	-0.1	-0.0572	0.1009	-0.0355	-0.0346	0.0482	0.0991	0.0201	0.0014	0.0886	0.0018	0.0268	27.5853	30.5613	4.4145
10	5.1133	-1.4181	-1.1163	2.9326	-1.0558	1.8834	0.1143	0.1219	0.0291	-0.0313	-0.0293	0.3164	-0.0143	-0.0177	-0.085	0.08	0.0093	-0.0068	0.0602	0.0072	0.0874	12.6264	39.8059	11.4127
11	1.7476	0.7487	-1.2922	3.8597	-0.8157	4.5115	0.0095	0.104	0.1671	-0.0415	-0.0481	0.1497	-0.3027	-0.0334	0.0386	0.0795	-0.0002	-0.0196	0.0585	0.013	0.0332	29.0684	33.4364	14.4055
12	4.4795	-4.5524	6.0053	6.9251	-6.7017	8.2218	0.3321	0.3252	-0.0968	-0.512	-0.1409	0.2635	0.5339	0.3854	-0.1911	0.1276	0.0203	-0.0387	0.0958	-0.0008	0.084	10.5138	29.3694	11.9029
13	2.8946	0.1125	-0.6889	2.9473	-0.4492	1.4379	-0.0181	-0.0276	-0.2087	0.0358	-0.023	-0.0648	0.0649	0.0569	0.041	0.0611	0.0083	0	0.0373	-0.0082	0.0441	28.5969	19.3402	19.3126
14	5.5896	-0.2739	-2.3973	6.0514	-2.3392	4.2978	-0.207	-0.5977	-0.0453	0.1866	0.2769	0.333	-0.0404	-0.0654	-0.0699	0.0967	0.0593	0.0323	0.1418	0.0137	0.0562	11.7266	28.9626	27.0028
15	3.7723	-0.9864	4.9308	11.4532	-15.2884	24.3525	0.1665	0.3155	-0.2994	-0.4962	-0.4645	-0.4126	0.5606	0.833	0.298	0.1634	0.0732	0.0294	0.1487	0.0148	0.1667	39.0159	23.188	10.3891
16	13.7779	9.643	-11.8438	13.09	-13.9073	16.9542	0.7688	-0.2358	0.8304	0.825	0.0509	0.7492	-1.0143	0.0069	-0.8197	0.0973	0.0427	0.0827	0.07	0.0273	0.2041	1.7933	36.7567	21.1308
17	11.167	0.5353	-4.7512	8.6851	0.728	16.2868	0.0264	-0.235	0.5882	0.4878	0.0172	-0.2602	-0.18	0.3902	-0.0437	0.0622	-0.0219	-0.0618	0.0221	0.0175	0.1051	37.4767	24.2948	24.4695
18	32.5561	-18.7902	-1.2786	26.5549	-1.8041	13.183	-0.3837	0.0931	-0.7927	0.0235	0.1109	0.2834	0.7801	0.4714	0.2728	0.0508	0.0342	0.027	0.0816	0.0443	0.0666	2.5205	22.9963	24.2181
19	1.7758	-2.226	2.6475	3.0302	-2.6004	7.4321	0.0287	0.0465	0.048	0.0183	-0.0559	-0.1829	0.1255	-0.0142	0.0272	0.0878	0.0024	0.0006	0.0769	0.0106	0.159	35.7836	21.6776	18.684
20	4.4486	4.0963	-5.376	5.5756	-3.9407	7.067	-0.0692	-0.1169	-0.023	-0.0893	-0.0115	0.0267	0.1076	0.1768	0.0807	0.0645	0.0429	0.008	0.1235	0.0275	0.1606	4.0134	28.5608	25.2996

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	21 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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