PDB-3sab: Crystal structure of wild-type HIV-1 protease in complex with AF78

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sab

タイトル

Crystal structure of wild-type HIV-1 protease in complex with AF78

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / protease inhibitors / AIDS / aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
著者: Altman, M.D. / Nalam, M.N.L. / Ali, A. / Cao, H. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A. / Tidor, B.

履歴

登録	2011年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/3sab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/3sab	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3sa3C 3sa4C 3sa5C 3sa6C 3sa7C 3sa8C 3sa9C 3saaC 3sacC 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zga-1 3saa-d 3th9-d 1lzq-d 6oxz-d 4f76-d 2q54-d 4djr-d 4mc1-d 1mrx-d 3o9d-d 1f7a-d 3sa4-d 6b3h-d 2nxl-d 5ah9-d 3hdk-d 6uwc-d 1mt9-d 6dh7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.883, 58.096, 61.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: O38732
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-F78 / 3-hydroxy-N-[(2S,3R)-3-hydroxy-4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl](3-phenylpropyl)amino}-1-phenylbutan-2-yl]benzamide タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 588.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₆N₂O₆S 参照: 3-HYDROXY-N-[(2S,3R)-3-HYDROXY-4-{[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](3-PHENYLPROPYL)AMINO}-1-PHENYLBUTAN-2-YL]BENZAMIDE
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.55 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 24-29% ammonium sulfate, 63 mM sodium citrate, 126 mM phosphate buffer, pH 6.2, HANGING DROP, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.979

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 29303 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Χ²: 1.182 / Net I/σ(I): 15.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.55	7	0.325	2910	1.188	1	100
1.55-1.62	7	0.253	2948	1.225	1	100
1.62-1.69	7	0.197	2931	1.265	1	100
1.69-1.78	7	0.142	2954	1.293	1	100
1.78-1.89	6.9	0.104	2976	1.322	1	100
1.89-2.04	6.8	0.074	2958	1.251	1	100
2.04-2.24	6.7	0.062	2983	1.17	1	99.9
2.24-2.56	6.5	0.056	2998	1.101	1	99.9
2.56-3.23	6.5	0.045	3026	0.902	1	99.8
3.23-50	5.8	0.028	2619	1.043	1	82.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
BioCARS-developed	GUI	データ収集
HKL-2000		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F7A

1f7a

解像度: 1.5→39.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.2393 / WR_factor R_work: 0.2081 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.856 / SU B: 3.237 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.088 / SU R_free: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2223	1477	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1937	-	-	-
obs	0.1952	29148	97.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.96 Å² / B_iso mean: 24.0073 Å² / B_iso min: 10.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1494	0	47	149	1690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.479	2.041	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.827	3	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.121	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.514	25	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.58	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.133	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.695	1.5	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.189	1.5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.216	2	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.863	3	657
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.933	4.5	628

LS精密化シェル

解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	109	-
R_work	0.222	2050	-
all	-	2159	-
obs	-	-	98.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6354	-0.6806	0.2218	2.3968	-0.5692	1.2872	-0.1508	-0.3554	0.0055	0.2657	0.129	-0.0279	-0.1396	-0.0176	0.0219	0.1508	0.0468	0.0086	0.1081	0.0004	0.0094	20.984	26.1057	29.4448
2	2.2065	-1.8851	0.6208	2.5898	-0.6987	2.0976	-0.0848	-0.0817	-0.3844	0.1556	0.1464	0.2772	0.164	-0.073	-0.0616	0.0872	-0.0008	0.0318	0.0569	0.022	0.0915	19.8072	17.6172	23.3258
3	2.853	0.4735	1.0842	3.0862	-0.8701	0.78	-0.0459	0.0276	0.052	0.0579	-0.0362	-0.0993	-0.0485	0.0271	0.082	0.0936	0.0005	-0.0007	0.1005	-0.0075	0.0663	26.4937	27.3892	18.4394
4	3.0654	-0.0851	1.6662	2.4598	-0.3315	0.9499	-0.0567	0.0146	-0.2085	0.1345	0.1811	0.1161	-0.0754	0.0014	-0.1245	0.1032	0.0121	0.0156	0.0713	0.0061	0.1064	13.9153	27.7132	19.1911
5	4.4914	-0.0663	-2.3307	3.3177	1.341	4.346	-0.0781	-0.2419	-0.0305	0.1959	-0.0159	-0.6525	-0.1269	0.1916	0.094	0.093	-0.0261	-0.0995	0.0762	0.0505	0.2214	39.2116	31.0179	23.5647
6	13.0069	-2.5317	-2.6654	0.5544	0.3011	1.3175	0.1467	0.3734	-0.7299	-0.0166	-0.018	0.2147	-0.0747	-0.2884	-0.1287	0.0286	-0.0003	0.0028	0.1066	-0.0062	0.2991	1.2074	21.7894	17.6892
7	5.5979	-0.5479	-0.3824	4.6514	3.0221	7.5885	0.0319	0.0734	0.0894	-0.0873	0.0514	-0.2938	-0.1444	0.5114	-0.0834	0.0203	-0.0061	0.0128	0.1032	0.069	0.0877	39.2481	30.8095	9.6646
8	6.5311	-0.4467	-0.58	8.2885	2.2848	4.4092	0.0887	0.2518	0.0101	-0.0968	-0.007	0.3222	0.1702	-0.5922	-0.0817	0.0435	0.0076	0.0123	0.1549	0.0716	0.0567	0.3552	34.4622	13.185
9	9.1478	-2.1496	-1.8997	1.5528	-0.256	1.8299	-0.0397	0.146	-0.1797	-0.1231	-0.0248	0.0804	-0.0459	0.0303	0.0645	0.102	0.0151	0.0042	0.0876	-0.0122	0.0455	27.5062	30.5626	4.6126
10	8.3285	-2.3092	-1.8515	2.5888	-0.9043	1.4468	0.0656	0.1153	0.0178	0.0171	0.0369	0.1472	-0.0259	-0.053	-0.1025	0.0913	0.0228	-0.005	0.0873	0.0067	0.0825	12.4652	39.6135	11.3093
11	0.2444	0.6853	0.1667	2.105	-0.093	7.305	0.0121	-0.0174	0.0999	0.0082	-0.0426	0.2001	-0.3627	0.0137	0.0305	0.0957	-0.001	-0.0008	0.0749	0.0147	0.1168	29.363	33.4825	14.3667
12	5.9503	-4.9803	5.6942	6.026	-4.9295	7.0536	0.3862	0.3001	-0.1178	-0.3911	-0.2052	0.2232	0.4575	0.2905	-0.181	0.0909	0.0271	-0.0289	0.0626	0.0051	0.0774	10.5216	29.366	11.9528
13	1.9622	-0.5455	0.2304	2.9032	-0.6195	0.1524	-0.0612	0.0515	-0.0697	0.0248	-0.0126	-0.1404	0.001	0.0152	0.0739	0.0928	0.0071	0.0135	0.0842	0.0041	0.1315	28.7188	19.1998	19.5403
14	6.3247	-3.1547	-2.142	5.392	-2.0423	3.2612	-0.5228	-0.7547	-0.1833	0.3468	0.5516	0.2087	0.0983	0.1077	-0.0288	0.1473	0.1095	0.0427	0.1676	0.0346	0.0716	11.8904	29.1815	27.133
15	1.0567	0.6141	2.9273	11.9412	-8.8472	17.7185	-0.0622	0.0936	-0.0238	-0.6773	-0.4977	-0.6655	0.3879	0.7683	0.5599	0.0771	0.0788	0.1053	0.2	0.0855	0.1824	39.0982	22.7526	10.727
16	6.1604	4.9553	-6.4792	6.0497	-3.1884	8.8334	0.3406	-0.0271	0.2551	0.31	-0.0312	0.2074	-0.4225	-0.018	-0.3094	0.1273	0.0987	0.0588	0.0952	0.0447	0.1662	1.7595	36.8811	21.0938
17	16.2798	-2.9781	-9.2338	5.1212	1.403	18.215	0.1151	-0.0178	0.5796	0.5021	-0.1469	-0.6669	-0.2166	0.4685	0.0318	0.1197	-0.0419	-0.0853	0.0822	0.041	0.1899	37.6722	24.0497	24.4866
18	27.4499	-15.9926	-6.0065	18.1902	4.7224	3.3433	-0.3642	-0.0585	-0.8155	0.3227	0.0015	0.4283	0.3482	0.1169	0.3627	0.119	0.0963	0.098	0.1029	0.0723	0.1163	2.8066	23.1375	24.5762
19	1.2383	-0.69	0.1405	2.8002	-1.2975	3.3494	-0.0528	0.1175	-0.0711	0.0642	-0.1948	-0.3786	0.0173	0.158	0.2476	0.0502	0.002	0.0203	0.0726	0.041	0.1174	35.8171	21.5793	18.7727
20	1.8511	0.3411	-2.8877	4.8125	-1.5636	4.7346	-0.1155	-0.1713	-0.0651	0.151	0.0749	0.3986	0.1524	0.2406	0.0406	0.0675	0.0741	0.0459	0.1207	0.0504	0.1441	4.162	28.7147	25.5879

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	21 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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