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万見
- PDB-3s9z: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s9z
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase in complex with 4-(2-bromophenyl)-2,4-dioxobutanoic acid inhibitor
要素Malate synthase G
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / inhibitor complex / Structural Genomics / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project / XMTB / malate synthase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / glyoxylate catabolic process / fibronectin binding ...host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / glyoxylate catabolic process / fibronectin binding / laminin binding / tricarboxylic acid cycle / peptidoglycan-based cell wall / manganese ion binding / cell surface / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malate synthase G - maily-beta sub-domain / Malate synthase G - maily-beta sub-domain / : / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / : / : / Malate synthase, N-terminal domain / Malate synthase, C-terminal / Malate synthase G / Malate synthase, domain III ...Malate synthase G - maily-beta sub-domain / Malate synthase G - maily-beta sub-domain / : / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / : / : / Malate synthase, N-terminal domain / Malate synthase, C-terminal / Malate synthase G / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate synthase, N-terminal and TIM-barrel domains / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase, C-terminal superfamily / Malate synthase / Malate synthase superfamily / Malate synthase, TIM barrel domain / Beta Complex / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(2-bromophenyl)-2,4-dioxobutanoic acid / Malate synthase G / Malate synthase G
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.793 Å
データ登録者Krieger, I.V. / Sun, Q. / Sacchettini, J.C. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB)
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure-guided discovery of phenyl-diketo acids as potent inhibitors of M. tuberculosis malate synthase.
著者: Krieger, I.V. / Freundlich, J.S. / Gawandi, V.B. / Roberts, J.P. / Gawandi, V.B. / Sun, Q. / Owen, J.L. / Fraile, M.T. / Huss, S.I. / Lavandera, J.L. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2011年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Other
改定 1.22013年2月20日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate synthase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8015
ポリマ－80,4571
非ポリマー3444
水15,475859
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.452, 79.452, 226.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Malate synthase G


分子量: 80456.734 Da / 分子数: 1 / 変異: c619A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: glcB, GlcB (Rv1837c), MT1885, MTCY1A11.06, Rv1837c
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A5J4, UniProt: P9WK17*PLUS, malate synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-I92 / 4-(2-bromophenyl)-2,4-dioxobutanoic acid


分子量: 271.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H7BrO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細LIGAND I92 WAS BUILD TO MAXIMIZE AGREEMENT WITH THE DENSITY. DEVIATIONS FROM SP2 GEOMETRY ...LIGAND I92 WAS BUILD TO MAXIMIZE AGREEMENT WITH THE DENSITY. DEVIATIONS FROM SP2 GEOMETRY POTENTIALLY ARE DUE TO CHARGE INFLUENCING INTERACTIONS WITH THE PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS-HCl , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月19日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→45.05 Å / Num. all: 73112 / Num. obs: 72929 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rsym value: 0.196 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.951 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.728 / % possible all: 79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
REFMAC精密化
PHENIXモデル構築
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
PHENIX位相決定
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 1N8I

1n8i


解像度: 1.793→45.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9613 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9474 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 3363 5.05 %
Rwork0.1753 --
obs0.1776 66563 96.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.231 Å2 / ksol: 0.293 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8759 Å20 Å2-0 Å2
2--2.8759 Å2-0 Å2
3----5.7518 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.203 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.793→45.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5469 0 18 859 6346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0247902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1422192
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067900
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7928-1.81840.3307950.26591691X-RAY DIFFRACTION63
1.8184-1.84560.241200.26162180X-RAY DIFFRACTION81
1.8456-1.87440.29711180.24662399X-RAY DIFFRACTION89
1.8744-1.90520.27161530.22872482X-RAY DIFFRACTION93
1.9052-1.9380.27711330.22542621X-RAY DIFFRACTION97
1.938-1.97330.28581340.22242657X-RAY DIFFRACTION99
1.9733-2.01120.29981340.21062695X-RAY DIFFRACTION100
2.0112-2.05230.26511590.20892660X-RAY DIFFRACTION100
2.0523-2.09690.22971480.19562700X-RAY DIFFRACTION100
2.0969-2.14570.28611300.19132688X-RAY DIFFRACTION100
2.1457-2.19930.21871440.17572707X-RAY DIFFRACTION100
2.1993-2.25880.22291370.18112670X-RAY DIFFRACTION100
2.2588-2.32520.26451500.17842701X-RAY DIFFRACTION100
2.3252-2.40030.23241680.18372702X-RAY DIFFRACTION100
2.4003-2.48610.25251380.18282705X-RAY DIFFRACTION100
2.4861-2.58560.22691300.182715X-RAY DIFFRACTION100
2.5856-2.70330.261500.1822711X-RAY DIFFRACTION100
2.7033-2.84580.25371480.18222724X-RAY DIFFRACTION100
2.8458-3.0240.19041230.1792736X-RAY DIFFRACTION100
3.024-3.25750.21441440.17382749X-RAY DIFFRACTION100
3.2575-3.58510.20921510.16682755X-RAY DIFFRACTION99
3.5851-4.10360.17991750.15492731X-RAY DIFFRACTION99
4.1036-5.16890.17371490.13772817X-RAY DIFFRACTION99
5.1689-45.06910.19181320.16353004X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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