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万見
- PDB-3s8y: Bromide soaked structure of an esterase from the oil-degrading ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s8y
タイトルBromide soaked structure of an esterase from the oil-degrading bacterium Oleispira antarctica
要素Esterase APC40077
キーワードHYDROLASE / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


S-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase activity / formaldehyde catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
S-formylglutathione hydrolase / Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / S-formylglutathione hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Oleispira antarctica (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Petit, P. / Dong, A. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Structure and activity of the cold-active and anion-activated carboxyl esterase OLEI01171 from the oil-degrading marine bacterium Oleispira antarctica.
著者: Lemak, S. / Tchigvintsev, A. / Petit, P. / Flick, R. / Singer, A.U. / Brown, G. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Gonzalez, C.F. / Chernikova, T.N. / Yakimov, M.M. / Kube, M. / Reinhardt, R. / ...著者: Lemak, S. / Tchigvintsev, A. / Petit, P. / Flick, R. / Singer, A.U. / Brown, G. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Gonzalez, C.F. / Chernikova, T.N. / Yakimov, M.M. / Kube, M. / Reinhardt, R. / Golyshin, P.N. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2011年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年7月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase APC40077
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1452
ポリマ－31,0661
非ポリマー801
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.532, 84.451, 88.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Esterase APC40077


分子量: 31065.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Thrombin Cleavage
由来: (組換発現) Oleispira antarctica (バクテリア)
遺伝子: olei01171 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0VWZ4, arylesterase
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.4M Di-Ammonium citrate, 22% PEG3350, Soaking step: KBr 0.8M, 30s. , pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→19.73 Å / Num. obs: 19720 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 2775 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3I6Y

3i6y


解像度: 2.1→19.69 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1847 959 5.02 %RANDOM
Rwork0.1542 ---
obs0.1557 19117 95.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.681 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4264 Å20 Å2-0 Å2
2--2.5964 Å20 Å2
3----7.0228 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2161 0 1 181 2343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0433026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.684787
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.21060.23021270.16812451X-RAY DIFFRACTION92
2.2106-2.34890.20411260.16232445X-RAY DIFFRACTION91
2.3489-2.52990.20081320.15122537X-RAY DIFFRACTION95
2.5299-2.78380.20941510.14072583X-RAY DIFFRACTION96
2.7838-3.18520.16171470.14052631X-RAY DIFFRACTION97
3.1852-4.00750.1621350.13692715X-RAY DIFFRACTION99
4.0075-19.69640.181410.17752796X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.8407 Å / Origin y: 15.6966 Å / Origin z: -7.7503 Å
111213212223313233
T0.0532 Å20.0008 Å20.002 Å2-0.055 Å2-0.0063 Å2--0.0594 Å2
L0.2087 °2-0.0883 °20.0117 °2-0.2956 °2-0.1561 °2--0.4278 °2
S-0.0023 Å °0.0109 Å °0.0095 Å °-0.001 Å °-0.0015 Å °0.0218 Å °0.0073 Å °-0.0326 Å °0.0012 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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