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- PDB-3s8r: Crystal Structures of Glutaryl 7-Aminocephalosporanic Acid Acylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s8r
タイトルCrystal Structures of Glutaryl 7-Aminocephalosporanic Acid Acylase: Insight into Autoproteolytic Activation
要素Glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase
キーワードHYDROLASE / motif / Acylase
機能・相同性
機能・相同性情報


glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase / glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase activity / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob ...Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, J.K. / Yang, I.S. / Park, S.S. / Kim, K.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of glutaryl 7-aminocephalosporanic acid acylase: insight into autoproteolytic activation.
著者: Kim, J.K. / Yang, I.S. / Rhee, S. / Dauter, Z. / Lee, Y.S. / Park, S.S. / Kim, K.H.
履歴
登録2011年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2011年7月6日ID: 1OQZ
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase
B: Glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,3464
ポリマ－155,1622
非ポリマー1842
水15,817878
1
A: Glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6732
ポリマ－77,5811
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6732
ポリマ－77,5811
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.386, 68.806, 112.756
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.510, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase / Glutaryl-7-ACA acylase / 7-beta-(4-carboxybutanamido)cephalosporanic acid acylase / GL-7-ACA ...Glutaryl-7-ACA acylase / 7-beta-(4-carboxybutanamido)cephalosporanic acid acylase / GL-7-ACA acylase / GCA / Glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase subunit alpha / Glutaryl-7-ACA acylase subunit alpha / Glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase subunit beta / Glutaryl-7-ACA acylase subunit beta


分子量: 77580.984 Da / 分子数: 2 / 変異: S170A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 株: SY-77-1 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3
参照: UniProt: P07662, glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 878 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE THE EXPERIMENTAL INFO OF UNIPROT P07662 SHOWS CONFLICT AT THIS POSITION: E -> D (IN REF. 2: AAA25826).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), and 12% glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.0629 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0629 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→28.83 Å / Num. all: 59679 / Num. obs: 59274 / % possible obs: 94.6 %
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→26.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 13.665 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1999 2994 5.1 %RANDOM
Rwork0.1535 ---
obs0.1558 56456 99.42 %-
all-59620 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.53 Å2 / Biso mean: 19.4728 Å2 / Biso min: 4.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.06 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→26.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10768 0 12 878 11658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02211095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.94115163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85751368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.69223.357566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.116151584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2851598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028930
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.26247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.27749
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.21174
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.591.56950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.025211013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.44534731
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.384.54150
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.926311681
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.3743878
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.104310780
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 208 -
Rwork0.177 4065 -
all-4273 -
obs--98.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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