PDB-3s8j: Crystal structure of a papaya latex serine protease inhibitor (PP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s8j

タイトル

Crystal structure of a papaya latex serine protease inhibitor (PPI) at 2.6A resolution

要素

Latex serine proteinase inhibitor

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / Kunitz-STI fold / serine protease inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Carica papaya (パパイア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Garcia-Pino, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The plasticity of the beta-Trefoil fold constitutes an evolutionary platform for protease inhibition
著者: Azarkan, M. / Martinez-Rodriguez, S. / Buts, L. / Baeyens-Volant, D. / Garcia-Pino, A.

履歴

登録	2011年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s8j.cif.gz	155.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s8j.ent.gz	123.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s8j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3s8j_validation.pdf.gz	488.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s8j_full_validation.pdf.gz	497.5 KB	表示
XML形式データ	3s8j_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	3s8j_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/3s8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/3s8j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s8kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3on3-3 6bt0-3 5b5s-d 2d37-d 4nqg-1 5gmb-d 1bla-d 6fez-1 2ywd-d 4zqw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Latex serine proteinase inhibitor

B: Latex serine proteinase inhibitor

ヘテロ分子

42.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Latex serine proteinase inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Latex serine proteinase inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.699, 74.699, 78.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

Latex serine proteinase inhibitor

分子量: 20682.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PPI was extracted from C. papaya latex / 由来: (天然)

Carica papaya (パパイア) / 参照: UniProt: P80691

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 99分子

#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.5 M sodium formate, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M ammonium sulphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.915 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月4日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→15 Å / Num. all: 15065 / Num. obs: 15065 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.88 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 24.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→14.966 Å / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.23 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2131	1251	8.3 %
R_work	0.1503	-	-
obs	0.1532	15065	100 %
all	-	15065	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.944 Å² / k_sol: 0.374 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7594 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.7594 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.5188 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→14.966 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2754	0	60	91	2905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2901
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.236	3957
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.386	994
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	438
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	510

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6236-2.726	0.3364	202	0.2419	1433	X-RAY DIFFRACTION	88
2.726-2.8466	0.3318	128	0.218	1459	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8466-2.9919	0.2488	130	0.1895	1485	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9919-3.1722	0.2185	128	0.1748	1460	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1722-3.4057	0.2334	126	0.1607	1488	X-RAY DIFFRACTION	92
3.4057-3.7278	0.1977	128	0.1484	1491	X-RAY DIFFRACTION	92
3.7278-4.2215	0.202	130	0.127	1455	X-RAY DIFFRACTION	92
4.2215-5.1596	0.1899	114	0.1153	1483	X-RAY DIFFRACTION	93
5.1596-9.2379	0.1874	165	0.1344	1444	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7866	-0.1208	0.474	1.1946	-0.152	2.339	0.2911	0.1498	-0.2756	0.0011	-0.0748	-0.0728	0.3542	0.074	-0.1117	0.3958	0.0235	0.0143	0.1652	0.0031	0.4095	-7.7992	-16.9252	-1.2804
2	3.1108	-1.6531	-1.4378	1.2171	-0.2872	7.2274	-0.164	-1.3754	0.1964	1.5504	0.2669	0.1329	0.3773	-0.6837	-0.298	0.6644	-0.0071	0.0224	0.577	-0.0317	0.3742	-22.9944	-10.3274	17.8529
3	2.643	-1.2514	-0.0206	1.9759	0.1889	2.4854	-0.01	0.169	-0.0448	0.0096	-0.1507	0.0677	-0.0971	-0.3742	0.1459	0.2614	0.0576	0.0097	0.2279	0.0018	0.3259	-15.1881	-7.6334	-0.3601
4	1.0404	-0.4148	-0.2248	1.9732	-1.0311	1.884	0.061	-0.0857	-0.0508	0.0704	-0.1441	-0.3498	-0.1416	-0.0359	0.0911	0.4157	0.0048	-0.0107	0.2433	-0.0209	0.4647	-8.635	-6.3137	7.0869
5	2.2991	-0.5353	-0.3908	1.7889	-0.1033	2.2473	0.2046	-0.1307	0.5243	0.2439	-0.2715	0.0588	-0.3269	0.12	-0.0173	0.432	-0.0644	-0.0251	0.226	0.0012	0.4361	-11.3982	-24.0267	31.0023
6	1.7485	0.2762	-0.0489	3.8115	-0.3618	1.7033	-0.232	0.0057	0.1815	-0.8943	-0.0665	0.0365	-0.0369	-0.4353	0.2646	0.6127	0.0407	-0.0983	0.3302	0.0666	0.3928	-21.4541	-23.8237	18.2492
7	2.9797	-0.0239	-0.0292	3.4468	0.2417	3.974	0.141	-0.3809	0.2339	0.0088	-0.2957	0.2003	-0.2285	-0.4028	0.1881	0.3784	-0.0526	-0.0076	0.3021	0.0327	0.3894	-19.8599	-28.7082	34.4176
8	0.6843	0.1888	-0.7344	3.161	-1.2856	1.6599	-0.0282	-0.0587	-0.1052	-0.3107	-0.0678	0.0257	0.0595	-0.1243	0.0335	0.3511	-0.1183	-0.0093	0.2781	0.0068	0.367	-16.1586	-35.4506	25.9604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:39)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 40:47)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 48:147)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 148:183)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 3:41)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 42:54)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 55:98)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 99:183)

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