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- PDB-3s8f: 1.8 A structure of ba3 cytochrome c oxidase from Thermus thermoph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s8f
タイトル1.8 A structure of ba3 cytochrome c oxidase from Thermus thermophilus in lipid environment
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
  • Cytochrome c oxidase polypeptide 2A
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex IV / Respiratory chain / Lipid cubic phase / monoolein / peroxide / Electron transport / proton pump / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase / cytochrome-c oxidase activity / : / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain ...Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-AS / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PEROXIDE ION / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tiefenbrunn, T. / Liu, W. / Chen, Y. / Katritch, V. / Stout, C.D. / Fee, J.A. / Cherezov, V.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: High resolution structure of the ba3 cytochrome c oxidase from Thermus thermophilus in a lipidic environment.
著者: Tiefenbrunn, T. / Liu, W. / Chen, Y. / Katritch, V. / Stout, C.D. / Fee, J.A. / Cherezov, V.
履歴
登録2011年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase polypeptide 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,35624
ポリマ－85,8913
非ポリマー7,46521
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area25300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.585, 97.816, 94.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c ba(3) subunit I / Cytochrome c oxidase polypeptide I / Cytochrome cba3 subunit 1


分子量: 63540.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: cbaA, TTHA1135 / プラスミド: PMK18 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ79, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c ba(3) subunit II / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome cba3 subunit 2


分子量: 18581.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: cbaB, cbac, ctaC, TTHA1134 / プラスミド: PMK18 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ80, cytochrome-c oxidase

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c ba(3) subunit IIA / Cytochrome c oxidase polypeptide IIA / Cytochrome cba3 subunit 2A


分子量: 3769.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: cbaD, TTHA1133 / プラスミド: PMK18 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: P82543, cytochrome-c oxidase

-
非ポリマー , 7種, 214分子

#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-HAS / HEME-AS


分子量: 920.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H64FeN4O6
#7: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#8: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#9: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 40-45% PEG 400, 1.0-1.6M NaCl, 100mM sodium cacodylate trihydrate pH 5.5-6.5, lipidic cubic phase with monolein, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 92466 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.771 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.863.40.6885191.276190.2
1.86-1.944.20.56892621.32197.6
1.94-2.034.80.41892651.373198.3
2.03-2.134.90.32193191.493198.1
2.13-2.2750.23493131.725198.1
2.27-2.4450.18193351.924198.3
2.44-2.6950.13593252.012198.5
2.69-3.0850.10694002.193198.6
3.08-3.8850.08393852.249198.3
3.88-504.90.0693431.791196.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MiFit位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→37.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.1996 / WRfactor Rwork: 0.1659 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8813 / SU B: 4.875 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.0997 / SU Rfree: 0.0995 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2147 4656 5 %RANDOM
Rwork0.1842 ---
obs0.1858 92450 97.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.61 Å2 / Biso mean: 33.0516 Å2 / Biso min: 3.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5890 0 456 193 6539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0217319
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1691.97811223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1027.51500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.35322.271229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.84915894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4931526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2090.2978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0227977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4351.53751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96826057
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.01532818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1964.52865
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 318 -
Rwork0.331 5797 -
all-6115 -
obs--87.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8634-2.00462.57721.1815-0.9431.6186-0.0026-0.388-0.26090.31620.0172-0.30610.20870.2639-0.01460.42660.0785-0.12880.46860.08690.427233.78611.51336.6268
26.49032.0132-2.54971.2667-1.41841.71640.0124-0.1281-0.03380.0682-0.0436-0.1282-0.04430.11470.03120.14360.0087-0.00990.1331-0.01010.140420.14656.679438.6923
30.98740.43220.04320.92050.12660.32580.0794-0.17350.03390.0942-0.0889-0.0105-0.07420.10060.00940.1190.0144-0.02010.1160.00120.0978.8253.006138.3099
40.8250.5661-0.03360.51680.02730.12650.0425-0.10420.13080.068-0.02240.007-0.0980.0384-0.02020.14450.0095-0.01110.12350.00070.13130.811113.365637.8336
51.3392-0.3749-0.44950.93390.30641.14620.11550.11880.1677-0.101-0.0318-0.1169-0.11690.0706-0.08370.1543-0.0049-0.02020.11230.01120.118414.737515.400420.9885
60.95440.09690.49830.5719-0.34120.71810.0498-0.03440.12950.0087-0.02270.0734-0.1013-0.0903-0.02710.1565-0.01050.00680.12460.01740.10963.26478.028924.5575
71.2967-0.159-0.40830.5977-0.05590.5040.04470.16920.1388-0.0357-0.0361-0.0774-0.00120.0183-0.00860.1624-0.0128-0.00820.13-0.01620.12099.44131.84315.0181
83.23130.3459-0.71490.12090.06491.68110.03250.20480.1342-0.0961-0.02790.047-0.1242-0.0538-0.00460.15810.0081-0.00930.1323-0.00670.128-5.61053.91569.6529
94.3692-2.29871.07923.2109-0.66071.920.110.20920.0563-0.1196-0.1184-0.10690.06980.10910.00850.1539-0.02380.01010.1387-0.00190.130816.6149-8.416512.9252
100.72320.58290.49660.95140.6210.8231-0.01970.1836-0.1884-0.14730.02230.20310.2085-0.2037-0.00270.3548-0.0705-0.03980.3691-0.04110.370527.2569-23.016515.8778
111.5858-0.02690.23240.6411-0.01920.79880.05040.1313-0.0863-0.0494-0.0435-0.05560.09470.1092-0.0070.1141-0.01150.00830.07750.00260.08267.5847-9.544924.0742
120.88181.2014-0.32794.3630.04080.33740.0401-0.24610.03010.2718-0.0315-0.07260.01050.0362-0.00860.14090.01310.00380.2012-0.01050.146427.5448-2.191636.3324
138.35762.80272.48492.06590.06434.74720.039-0.0811-0.13050.1343-0.0025-0.32720.12470.4018-0.03640.17090.00730.00720.15420.00310.157925.6909-13.80840.0256
141.5523-0.39010.07380.638-0.0020.37880.00990.0543-0.1022-0.0069-0.005700.06190.029-0.00410.1125-0.00520.00290.09740.0050.0928-0.5572-12.576332.3918
156.781-3.0654-2.1035.7420.54992.4739-0.00050.0654-0.10240.0437-0.04230.23140.0973-0.12970.04290.1168-0.016-0.00860.11610.02230.1133-14.2655-16.138736.8421
165.72441.96150.69323.06310.06512.07970.1476-0.2169-0.10210.2528-0.0564-0.3161-0.0670.1866-0.09120.1490.03320.02410.11660.00410.10758.9595-12.339742.0232
170.75320.1539-0.84390.3078-0.16613.54820.0472-0.5057-0.07620.3512-0.0607-0.05750.0150.32430.01350.4310.0112-0.02150.37410.01480.291532.9387-0.536537.8688
180.4522-0.27670.07960.5023-0.03711.07930.13310.44290.1302-0.4544-0.225-0.09440.12560.32180.09190.46550.10950.04590.51510.07460.297128.27240.2325.0782
193.2952-1.209-0.4740.47160.1840.09460.05640.11210.1114-0.0667-0.0289-0.0906-0.02070.0493-0.02750.1769-0.0051-0.00060.1719-0.00320.16568.189313.85798.9038
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328.00484.35595.31986.4947.211315.2226-0.16020.3189-0.3470.10550.02370.30410.7164-0.1950.13650.16140.01250.00140.14020.0330.17-34.1961-8.378221.6923
333.92454.42440.980910.69611.59862.4837-0.11690.4561-0.0743-0.53340.14770.12770.01490.0526-0.03080.14370.01540.00840.17020.00050.1693-29.6186-3.447516.0079
341.38240.23080.17372.12891.09151.91430.00340.0378-0.0158-0.0318-0.01960.0674-0.005-0.05290.01620.0904-0.00480.00530.1070.01420.0917-20.5625-0.149826.1528
352.2702-1.289-0.20663.88471.99391.7342-0.00110.11040.2189-0.1242-0.026-0.0845-0.16710.02880.0270.1358-0.00740.00630.14150.0070.1344-19.41127.421224.1432
361.59433.94210.333614.58143.13761.3137-0.03470.25190.1767-0.3730.02480.388-0.1205-0.14130.010.13710.01140.01460.18990.00480.1439-24.9062-2.814215.3569
370.44340.59210.93927.02731.70685.9211-0.00880.2034-0.2845-0.4722-0.0335-0.47730.64970.41260.04230.1948-0.02480.0740.2084-0.06030.3453-28.3549-14.345518.7203
385.56051.65534.4926.43193.87347.17860.0646-0.0683-0.25520-0.04350.32450.333-0.3273-0.0210.10760.01520.01860.11360.00950.0996-23.3951-9.418628.8741
392.00650.52951.59561.39950.80492.95890.0544-0.194-0.01020.1073-0.0667-0.01290.031-0.03370.01220.10030.01330.00580.0934-0.00030.1062-17.188-1.991536.1386
409.14983.27114.645811.69917.511912.51250.05460.2386-0.4935-0.1978-0.1640.78470.718-0.90180.10940.2061-0.0060.00660.20430.02750.1697-33.9142-12.375823.1881
418.8751.2924-4.46032.4257-1.59697.5649-0.04610.4988-0.5129-0.5232-0.0258-0.42330.51390.3830.07190.205-0.0005-0.01180.1968-0.00080.202819.2724-19.20918.6184
428.0187-1.62162.35180.9582-1.45442.45340.01190.238-0.3687-0.19950.0029-0.07070.34980.1133-0.01470.1708-0.00350.00620.1696-0.01540.17869.9473-16.78312.5466
433.7714-0.69882.01722.3268-1.86162.12510.06330.1597-0.2094-0.1651-0.0522-0.01680.15790.0682-0.01120.1524-0.00460.00370.1482-0.00540.14970.0185-15.246613.8088
445.7051-0.4794-0.04723.76621.53951.6412-0.00420.25850.0227-0.2377-0.01510.00980.0691-0.05490.01930.1473-0.0008-0.00260.14060.0010.1475-9.2699-14.739613.3006
453.5982.1742-2.42994.5957-0.0953.788-0.03820.2351-0.0211-0.18420.04540.24920.1357-0.3778-0.00730.14260.0081-0.00320.1454-0.00040.1528-16.4717-12.746114.5387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3A32 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4A112 - 158
5X-RAY DIFFRACTION5A159 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6A213 - 251
7X-RAY DIFFRACTION7A252 - 291
8X-RAY DIFFRACTION8A292 - 303
9X-RAY DIFFRACTION9A304 - 324
10X-RAY DIFFRACTION10A325 - 333
11X-RAY DIFFRACTION11A334 - 399
12X-RAY DIFFRACTION12A400 - 412
13X-RAY DIFFRACTION13A413 - 423
14X-RAY DIFFRACTION14A424 - 454
15X-RAY DIFFRACTION15A455 - 466
16X-RAY DIFFRACTION16A467 - 490
17X-RAY DIFFRACTION17A491 - 509
18X-RAY DIFFRACTION18A510 - 521
19X-RAY DIFFRACTION19A522 - 546
20X-RAY DIFFRACTION20A547 - 562
21X-RAY DIFFRACTION21B3 - 12
22X-RAY DIFFRACTION22B13 - 20
23X-RAY DIFFRACTION23B21 - 29
24X-RAY DIFFRACTION24B30 - 36
25X-RAY DIFFRACTION25B37 - 43
26X-RAY DIFFRACTION26B44 - 49
27X-RAY DIFFRACTION27B50 - 59
28X-RAY DIFFRACTION28B60 - 68
29X-RAY DIFFRACTION29B69 - 75
30X-RAY DIFFRACTION30B76 - 89
31X-RAY DIFFRACTION31B90 - 94
32X-RAY DIFFRACTION32B95 - 99
33X-RAY DIFFRACTION33B100 - 105
34X-RAY DIFFRACTION34B106 - 124
35X-RAY DIFFRACTION35B125 - 133
36X-RAY DIFFRACTION36B134 - 138
37X-RAY DIFFRACTION37B139 - 143
38X-RAY DIFFRACTION38B144 - 149
39X-RAY DIFFRACTION39B150 - 163
40X-RAY DIFFRACTION40B164 - 168
41X-RAY DIFFRACTION41C4 - 10
42X-RAY DIFFRACTION42C11 - 16
43X-RAY DIFFRACTION43C17 - 23
44X-RAY DIFFRACTION44C24 - 29
45X-RAY DIFFRACTION45C30 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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