PDB-3s7p: Crystal Structure of the Infrared Fluorescent D207H variant of De...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s7p

タイトル

Crystal Structure of the Infrared Fluorescent D207H variant of Deinococcus Bacteriophytochrome chromophore binding domain at 1.72 angstrom resolution

要素

Bacteriophytochrome

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / BILIVERDIN / PAS / GAF / Phytochrome / bacteriophytochrome / Photoreceptor

機能・相同性

機能・相同性情報

osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / photoreceptor activity / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.722 Å

データ登録者

Forest, K.T. / Auldridge, M.E. / Satyshur, K.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure-guided engineering enhances a phytochrome-based infrared fluorescent protein.
著者: Auldridge, M.E. / Satyshur, K.A. / Anstrom, D.M. / Forest, K.T.

履歴

登録	2011年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s7p.cif.gz	256 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s7p.ent.gz	211 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s7p_validation.pdf.gz	762.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s7p_full_validation.pdf.gz	766.6 KB	表示
XML形式データ	3s7p_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	3s7p_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/3s7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/3s7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s7nC 3s7oC 3s7qC 2o9cS 1ztu 2o9b S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s7o-1 1lc7-1 3b1d-2 5bj3-1 3dzz-d 3b1c-1 3efj-d 3b1d-1 2o9b-1 2o1b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (16) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Bacteriophytochrome

ヘテロ分子

37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacteriophytochrome

ヘテロ分子

A: Bacteriophytochrome

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.072, 51.666, 80.228
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.33, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein 分子量: 37176.418 Da / 分子数: 1 / 断片: chromophore binidng domain (UNP Residues 1-321) / 変異: D207H Y307S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 遺伝子: bphP, DR_A0050 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN 分子量: 585.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₇N₄O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 14% v/v PEG 4000, 20% v/v isopropanol, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→50 Å / Num. all: 34268 / Num. obs: 33621 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 31.12
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 5.53 / Num. unique all: 1642 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O9C

2o9c

解像度: 1.722→43.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 4.267 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19623	1701	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16753	-	-	-
all	0.16901	33564	-	-
obs	0.16901	31863	97.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.053 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.722→43.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2395	0	43	298	2736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.479	2	3496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3.002	4119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.383	5	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.795	22.941	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.693	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.031	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2839
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.742	1.5	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.154	1.5	633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.343	2	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.013	3	948
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.243	4.5	909

LS精密化シェル

解像度: 1.722→1.767 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	111	-
R_work	0.181	2167	-
obs	-	-	90.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8748	-0.2525	-0.9129	0.178	0.606	5.7365	0.0069	-0.2749	-0.2779	0.2152	-0.1495	-0.1086	0.3695	-0.0095	0.1426	0.2218	-0.1232	-0.0745	0.1795	0.1072	0.1431	17.137	-31.186	32.35
2	1.3462	-0.1614	0.0632	0.4692	0.3063	1.0612	0.09	-0.2688	0.1386	0.0396	-0.1282	-0.0154	0.0365	-0.1446	0.0381	0.1088	-0.0388	0.0142	0.1677	-0.0468	0.0883	8.164	-18.097	25.772
3	9.2181	-4.9924	-3.7686	5.4525	3.8149	2.0308	0.7908	-0.3645	0.9942	-0.7201	-0.5447	-0.1306	-0.5716	-0.3619	-0.2461	0.2119	0.0809	-0.0072	0.2605	-0.1717	0.2005	-2.816	-5.011	25.208
4	2.1493	1.2183	-1.0115	3.6001	1.2341	5.7111	0.1146	0.1801	0.1479	-0.9844	-0.5113	0.1913	0.1827	-0.7763	0.3968	0.4009	0.123	0.0117	0.1909	-0.0357	0.0898	-4.789	-15.622	16.575
5	0.8888	0.4117	0.6145	0.4278	0.9716	2.1572	-0.0085	-0.0042	0.3397	-0.0987	-0.085	0.1218	-0.1748	-0.1502	0.0936	0.1219	0.037	0.0053	0.0973	0.0094	0.217	2.317	-13.863	11.596
6	0.8942	0.4196	-0.1186	1.6918	0.7377	1.1739	-0.0258	0.1208	0.0089	-0.0943	-0.014	0.1479	-0.0904	-0.0059	0.0398	0.1018	0.0143	-0.0157	0.1051	0.0002	0.1162	12.6	-29.273	-4.452
7	0.4073	0.3111	0.232	0.8553	0.6169	0.9648	0.0524	-0.0354	-0.0444	0.0733	0.0069	-0.065	0.0616	0.0808	-0.0594	0.0971	0.0069	-0.008	0.0927	0.0073	0.1054	19.039	-29.149	11.199
8	2.9208	-0.4962	-1.6012	0.5329	0.446	2.121	-0.0048	-0.1555	-0.0564	0.1322	-0.0469	-0.0317	0.1071	0.0011	0.0518	0.1252	-0.0284	-0.0028	0.1155	-0.0099	0.0845	13.722	-21.374	24.719
9	0.6233	0.6724	0.1139	2.0465	-0.2376	0.5421	0.0166	0.0125	0.002	0.0321	0.0266	0.0564	0.0289	0.0134	-0.0431	0.1046	0.0004	0.0042	0.0941	0.0001	0.105	15.158	-26.473	8.976
10	2.2535	2.6858	1.8862	13.685	3.6003	1.5961	-0.1255	0.17	-0.1838	0.0469	0.2363	0.2219	-0.0756	0.149	-0.1108	0.0868	-0.0041	0.0015	0.1233	0.0035	0.1364	5.577	-29.434	2.876

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	330
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	61 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	85 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	106 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	144 - 170
8	X-RAY DIFFRACTION	7	A	171 - 234
9	X-RAY DIFFRACTION	8	A	235 - 267
10	X-RAY DIFFRACTION	9	A	268 - 296
11	X-RAY DIFFRACTION	10	A	297 - 323

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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