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- PDB-3s7n: Crystal Structure of the alternate His 207 conformation of the In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s7n
タイトルCrystal Structure of the alternate His 207 conformation of the Infrared Fluorescent D207H variant of Deinococcus Bacteriophytochrome chromophore binding domain at 2.45 angstrom resolution
要素Bacteriophytochrome
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / BILIVERDIN / PAS / GAF / Phytochrome / bacteriophytochrome / Photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal ...: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.451 Å
データ登録者Auldridge, M.E. / Satyshur, K.A. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure-guided engineering enhances a phytochrome-based infrared fluorescent protein.
著者: Auldridge, M.E. / Satyshur, K.A. / Anstrom, D.M. / Forest, K.T.
履歴
登録2011年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7622
ポリマ－37,1761
非ポリマー5861
水2,936163
1
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子

A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5244
ポリマ－74,3532
非ポリマー1,1712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area25650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.413, 52.808, 74.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 37176.418 Da / 分子数: 1 / 断片: Chromophore binding domain (UNP Residues 1-321) / 変異: D207H Y307S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: bphP, DR_A0050 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15% v/v PEG 4000, 20% v/v isopropanol, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Montel 200 Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 12893 / Num. obs: 11526 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 56.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique all: 246 / % possible all: 37.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O9C

2o9c


解像度: 2.451→30.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 19.147 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.978 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23644 623 5.4 %RANDOM
Rwork0.17423 ---
all0.17772 11553 --
obs0.17772 10904 89.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.085 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å21.9 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---1.52 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.294 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.451→30.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2380 0 43 163 2586
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.24523409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8533.0024009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0855311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.11723.1100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70715368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9011519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8761.51568
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0781.5623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61622524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2843920
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3484.5885
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.451→2.583 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 47 -
Rwork0.248 367 -
obs--49.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4438-2.6932-2.06515.92341.92719.6953-0.0116-0.1831-0.84290.9038-0.3430.40421.05850.09560.35450.2934-0.063-0.00130.12920.04720.152717.137-31.18632.35
22.1837-0.72740.04692.20230.02732.66250.1091-0.44760.02310.2342-0.23580.2021-0.0708-0.28730.12670.1254-0.07230.04120.1981-0.0770.05045.91-15.99327.119
3-1.0371-4.4854-5.73668.8347-0.68350.16161.10990.41750.71640.9049-0.75580.753-1.636-0.2788-0.35410.48040.17520.01060.2125-0.3460.4595-2.816-5.01125.208
45.62651.5567-0.5018.0123-1.47236.12760.26310.11360.2441-0.8058-0.38490.88930.4957-1.20450.12180.0844-0.0264-0.0680.3355-0.18250.1812-4.789-15.62216.575
50.910.66361.45022.49913.24542.9996-0.0864-0.10720.5165-0.4892-0.25090.2165-0.4783-0.24030.33730.10050.06050.00090.14590.01710.2892.317-13.86311.596
62.30031.0524-0.26873.13080.51352.8289-0.00450.3510.1228-0.15320.04450.3259-0.0272-0.094-0.03990.06570.0154-0.04340.08630.00740.080112.6-29.273-4.452
70.54810.2366-0.02471.59030.62081.36740.0169-0.1103-0.06210.1191-0.0333-0.05850.08660.10690.01640.0664-0.0008-0.00640.07160.00380.072119.039-29.14911.199
83.3326-0.7736-1.79220.97611.01544.8831-0.0048-0.1999-0.10120.3-0.09050.01270.2525-0.13670.09530.1284-0.05440.00710.076-0.03040.057113.722-21.37424.719
91.52421.47120.46564.4715-0.48121.01450.0099-0.09880.02210.122-0.01770.20360.0001-0.04420.00780.07930.00570.01650.0538-0.01780.069815.158-26.4738.976
103.87346.77873.989925.36495.44433.7589-0.05170.1626-0.20130.24550.43430.5065-0.0260.068-0.38260.0190.0033-0.01180.13650.01110.16065.577-29.4342.876
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 60
3X-RAY DIFFRACTION2A330
4X-RAY DIFFRACTION3A61 - 84
5X-RAY DIFFRACTION4A85 - 105
6X-RAY DIFFRACTION5A106 - 143
7X-RAY DIFFRACTION6A144 - 170
8X-RAY DIFFRACTION7A171 - 234
9X-RAY DIFFRACTION8A235 - 267
10X-RAY DIFFRACTION9A268 - 296
11X-RAY DIFFRACTION10A297 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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