PDB-3s7g: Aglycosylated human igg1 fc fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s7g

タイトル

Aglycosylated human igg1 fc fragment

要素

Ig gamma-1 chain C region

キーワード

IMMUNE SYSTEM / AGLYCOSYLATED / FC FRAGMENT / ANTIBODY / immunoglobulin

機能・相同性

機能・相同性情報

Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.13 Å

データ登録者

Borrok, M.J. / Georgiou, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Analysis of an Aglycosylated Fc
著者: Borrok, M.J. / Georgiou, G.

履歴

登録	2011年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s7g.cif.gz	173.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s7g.ent.gz	138.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s7g_validation.pdf.gz	457.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s7g_full_validation.pdf.gz	488.2 KB	表示
XML形式データ	3s7g_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	3s7g_validation.cif.gz	44.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/3s7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/3s7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dnkS 1fc1 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4acp-d 4wi5-d 5vme-d 2vuo-d 4wi3-d 1r15-2 4wi9-d 4q6y-1 4wi2-d 5iw6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (7) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (5) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (3) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (7)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (5)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (3)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ig gamma-1 chain C region

B: Ig gamma-1 chain C region

C: Ig gamma-1 chain C region

D: Ig gamma-1 chain C region

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ig gamma-1 chain C region

B: Ig gamma-1 chain C region

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ig gamma-1 chain C region

D: Ig gamma-1 chain C region

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.689, 65.773, 77.811
Angle α, β, γ (deg.)	98.18, 100.50, 116.92
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	C	238 - 294
2	1	1	2	B	238 - 294
3	1	1	2	A	238 - 294
4	1	1	2	D	238 - 294
1	1	2	2	C	343 - 443
2	1	2	2	B	343 - 443
3	1	2	2	A	343 - 443
4	1	2	2	D	343 - 443
1	1	3	2	C	300 - 337
2	1	3	2	A	300 - 337
3	1	3	2	B	300 - 337
4	1	3	2	D	300 - 337
1	1	4	3	A	295 - 299
2	1	4	3	C	295 - 299
1	1	5	3	B	295 - 299
2	1	5	3	D	295 - 299

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	Ig gamma-1 chain C region 分子量: 25580.955 Da / 分子数: 4 / 断片: CH2 and CH3 regions, UNP RESIDUES 104-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FC PORTION OF IGG1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1, IGHM / プラスミド: PTRC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P01857
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.82 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG 1000, 20% PEG 6000, 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.2M TRIS, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月25日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.13→50 Å / Num. all: 19499 / Num. obs: 18883 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 87.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 3.13→3.26 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DNK (CH2 AND CH3 DOMAINS USED SEPARATELY)

3dnk

解像度: 3.13→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 35.961 / SU ML: 0.623 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.632 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.323	925	4.9 %	RANDOM
R_work	0.259	-	-	-
obs	0.262	17958	96.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	1.08 Å²	3.87 Å²
2-	-	-1.77 Å²	0.74 Å²
3-	-	-	3.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.13→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6640	0	0	22	6662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	6832
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.633	1.957	9313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.938	5	826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.339	25	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.808	15	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.758	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.022	5184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.715	1.5	4181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.366	2	6872
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.547	3	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.848	4.5	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	C	228	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	228	tight positional	0.05	0.05
1	3	A	228	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	228	tight positional	0.04	0.05
2	1	C	400	tight positional	0.05	0.05
2	2	B	400	tight positional	0.05	0.05
2	3	A	400	tight positional	0.05	0.05
2	4	D	400	tight positional	0.05	0.05
3	1	C	152	tight positional	0.06	0.05
3	3	B	152	tight positional	0.05	0.05
3	2	A	152	tight positional	0.05	0.05
3	4	D	152	tight positional	0.05	0.05
4	1	A	20	tight positional	0.03	0.05
5	1	B	20	tight positional	0.04	0.05
1	1	C	232	medium positional	0.05	0.5
1	2	B	232	medium positional	0.05	0.5
1	3	A	232	medium positional	0.05	0.5
1	4	D	232	medium positional	0.05	0.5
2	1	C	404	medium positional	0.06	0.5
2	2	B	404	medium positional	0.06	0.5
2	3	A	404	medium positional	0.06	0.5
2	4	D	404	medium positional	0.06	0.5
3	1	C	152	medium positional	0.06	0.5
3	3	B	152	medium positional	0.06	0.5
3	2	A	152	medium positional	0.06	0.5
3	4	D	152	medium positional	0.06	0.5
4	2	C	22	loose positional	0.05	5
5	2	D	22	loose positional	0.05	5
1	1	C	228	tight thermal	0.1	0.5
1	2	B	228	tight thermal	0.1	0.5
1	3	A	228	tight thermal	0.09	0.5
1	4	D	228	tight thermal	0.11	0.5
2	1	C	400	tight thermal	0.1	0.5
2	2	B	400	tight thermal	0.1	0.5
2	3	A	400	tight thermal	0.1	0.5
2	4	D	400	tight thermal	0.11	0.5
3	1	C	152	tight thermal	0.1	0.5
3	3	B	152	tight thermal	0.09	0.5
3	2	A	152	tight thermal	0.08	0.5
3	4	D	152	tight thermal	0.11	0.5
4	1	A	20	tight thermal	0.03	0.5
5	1	B	20	tight thermal	0.04	0.5
1	1	C	232	medium thermal	0.09	2
1	2	B	232	medium thermal	0.09	2
1	3	A	232	medium thermal	0.09	2
1	4	D	232	medium thermal	0.09	2
2	1	C	404	medium thermal	0.11	2
2	2	B	404	medium thermal	0.1	2
2	3	A	404	medium thermal	0.1	2
2	4	D	404	medium thermal	0.11	2
3	1	C	152	medium thermal	0.11	2
3	3	B	152	medium thermal	0.1	2
3	2	A	152	medium thermal	0.1	2
3	4	D	152	medium thermal	0.12	2
4	2	C	22	loose thermal	0.05	10
5	2	D	22	loose thermal	0.05	10

LS精密化シェル

解像度: 3.13→3.21 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	51	-
R_work	0.351	1091	-
obs	-	-	80.65 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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