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- PDB-3s6i: Schizosaccaromyces pombe 3-methyladenine DNA glycosylase (Mag1) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s6i
タイトルSchizosaccaromyces pombe 3-methyladenine DNA glycosylase (Mag1) in complex with abasic-DNA.
要素
  • (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
  • (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')
  • DNA-3-methyladenine glycosylase 1
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA Glycosylase / DNA repair / Helix-hairpin-Helix (HhH) / abasic site / tetrahydrofuran (THF) / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-1,N6-ethenoadenine N-glycosylase activity / alkylated DNA binding / alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA alkylation repair ...DNA-1,N6-ethenoadenine N-glycosylase activity / alkylated DNA binding / alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA alkylation repair / protein-DNA complex / damaged DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Endonuclease Iii, domain 2 - #40 / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase / Endonuclease III; domain 1 ...Endonuclease Iii, domain 2 - #40 / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase / Endonuclease III; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-3-methyladenine glycosylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Adhikary, S. / Eichman, B.F.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2011
タイトル: Analysis of substrate specificity of Schizosaccharomyces pombe Mag1 alkylpurine DNA glycosylase.
著者: Adhikary, S. / Eichman, B.F.
履歴
登録2011年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-3-methyladenine glycosylase 1
B: (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')
C: (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
D: DNA-3-methyladenine glycosylase 1
E: (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')
F: (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0408
ポリマ－65,9946
非ポリマー462
水2,018112
1
A: DNA-3-methyladenine glycosylase 1
B: (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')
C: (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0204
ポリマ－32,9973
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
2
D: DNA-3-methyladenine glycosylase 1
E: (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')
F: (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0204
ポリマ－32,9973
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.317, 112.298, 61.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 DNA-3-methyladenine glycosylase 1 / 3-methyladenine DNA glycosidase 1 / 3MEA DNA glycosylase 1


分子量: 26423.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: ATCC 38366 / 972 / 遺伝子: mag1, SPAPB24D3.04c / プラスミド: pBG100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q92383, DNA-3-methyladenine glycosylase II
#2: DNA鎖 (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')


分子量: 3191.073 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct
#3: DNA鎖 (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3382.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 8K and 2.4% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-BM10.9792
シンクロトロンAPS 21-ID-D20.97872
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2009年2月16日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2009年2月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.978721
反射解像度: 2.28→29.1 Å / Num. all: 32231 / Num. obs: 32231 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.28→2.38 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3176 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→29.1 Å / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2254 1631 5.07 %random
Rwork0.1849 ---
all0.2362 32199 --
obs0.1869 32188 97.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.382 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.1752 Å2-0 Å21.0957 Å2
2---2.3552 Å2-0 Å2
3---9.5304 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→29.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3184 845 2 112 4143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1855864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.871577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.277-2.34390.2383860.21761871X-RAY DIFFRACTION71
2.3439-2.41960.26251480.20392544X-RAY DIFFRACTION99
2.4196-2.5060.27541470.19792601X-RAY DIFFRACTION100
2.506-2.60630.23461410.2062602X-RAY DIFFRACTION100
2.6063-2.72480.26231450.20842604X-RAY DIFFRACTION100
2.7248-2.86830.24561480.21022610X-RAY DIFFRACTION100
2.8683-3.04790.26991360.19812616X-RAY DIFFRACTION100
3.0479-3.28290.20851270.19112625X-RAY DIFFRACTION100
3.2829-3.61270.24291310.16712623X-RAY DIFFRACTION100
3.6127-4.13420.18241390.15372626X-RAY DIFFRACTION100
4.1342-5.20380.17641320.1462628X-RAY DIFFRACTION100
5.2038-29.10560.20091510.16812607X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8103-1.09220.47042.3258-0.61990.68310.08570.3957-0.05810.006-0.0918-0.28020.09540.02270.0080.14730.02720.00310.20130.03970.2239-23.092-10.509-6.6375
20.8415-0.91990.33553.166-0.9570.976-0.08870.1582-0.2275-0.04090.30960.5915-0.0383-0.2743-0.19560.08440.01830.0330.19160.08720.2006-40.3994-8.782-4.9127
30.9105-0.5468-0.22040.9315-0.38160.5959-0.0695-0.05080.81830.1427-0.1053-0.8629-0.21740.39860.17890.10320.0098-0.10160.23620.03180.4654-16.0715-2.3271-1.2033
41.2008-1.13871.74062.93760.11962.21530.24820.11610.4417-0.5739-0.42010.2555-0.3077-0.55370.2010.23440.0438-0.07350.2977-0.01430.3117-40.6524-34.063314.6793
51.09750.1053-0.51021.73190.75981.3108-0.0811-0.03790.0728-0.06040.1157-0.178-0.03330.2315-0.06660.0635-0.0026-0.02240.176-0.04220.1046-15.4127-36.362329.3272
60.823-0.40290.63420.360.19440.8646-0.0324-0.1564-0.1139-0.0471-0.05490.4424-0.0183-0.39170.09510.1147-0.0018-0.03420.229-0.00930.2903-39.18-38.441225.9458
70.7236-0.08770.85674.8545-2.71433.1794-0.06830.15730.02951.3938-0.4766-0.5662-1.12120.27860.31730.38190.1099-0.08160.13620.04220.1137-28.526-11.65114.5949
83.073-0.86270.71683.3019-3.24110.4207-0.656-1.47750.03012.06310.2566-0.2862-0.82430.39930.35670.77230.1658-0.23220.587-0.01320.3744-29.3632-12.246914.7463
91.4719-2.1411-1.56375.61792.05611.1332-0.21930.1119-0.17851.2822-0.14670.99150.2697-0.11430.29070.37140.05310.16310.1294-0.04010.218-30.1511-32.194744.5575
100.1050.8552-0.30191.5792-0.71871.7698-0.1492-0.36220.15240.59050.12880.86750.0306-0.38840.10410.31410.17830.21850.3623-0.11730.4431-28.7828-29.866644.7184
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 17:74)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 75:163)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 164:220)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 17:42)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain D and resid 43:164)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain D and resid 165:219)
7X-RAY DIFFRACTION7chain B
8X-RAY DIFFRACTION8chain C
9X-RAY DIFFRACTION9chain E
10X-RAY DIFFRACTION10chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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