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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s60 | ||||||
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タイトル | Structure of the cyanobacterial Oscillatoria Agardhii Agglutinin (OAA) in free state obtained at 25 degree Celsius | ||||||
要素 | Lectinレクチン | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / BETA BARREL LIKE FOLD / ANTI-HIV LECTIN / CARBOHYDRATE (炭水化物) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Planktothrix agardhii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Koharudin, L.M.I. / Gronenborn, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2011 タイトル: Structural basis of the anti-HIV activity of the cyanobacterial Oscillatoria Agardhii agglutinin. 著者: Koharudin, L.M. / Gronenborn, A.M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Novel fold and carbohydrate specificity of the potent anti-HIV cyanobacterial lectin from Oscillatoria agardhii. 著者: Koharudin, L.M. / Furey, W. / Gronenborn, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s60.cif.gz | 39.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s60.ent.gz | 27.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s60.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s60 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14061.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Planktothrix agardhii (バクテリア) 遺伝子: OAA / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 DE3 / 参照: UniProt: C0STD7, UniProt: P84330*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.73 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.0 M (NH4)SO4 and 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→26.61 Å / Num. all: 13272 / Num. obs: 13272 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.48 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 91.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3S5V 解像度: 1.6→26.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.972 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.666 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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