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- PDB-3s5x: Structure of the cyanobacterial Oscillatoria Agardhii Agglutinin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s5x
タイトルStructure of the cyanobacterial Oscillatoria Agardhii Agglutinin (OAA) in complex with a3,a6 mannopentaose
要素Lectinレクチン
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / BETA BARREL LIKE PROTEIN / ANTI-HIV LECTIN / CARBOHYDRATE (炭水化物)
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #450 / OAA-family lectin sugar binding domain / OAA-family lectin sugar binding domain / Lipocalin / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / レクチン / Lectin OAA
類似検索 - 構成要素
生物種Planktothrix agardhii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Koharudin, L.M.I. / Gronenborn, A.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural basis of the anti-HIV activity of the cyanobacterial Oscillatoria Agardhii agglutinin.
著者: Koharudin, L.M. / Gronenborn, A.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Novel fold and carbohydrate specificity of the potent anti-HIV cyanobacterial lectin from Oscillatoria agardhii.
著者: Koharudin, L.M. / Furey, W. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録2011年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32014年10月29日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7555
ポリマ－14,0621
非ポリマー1,6934
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.192, 49.070, 69.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lectin / レクチン


分子量: 14061.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planktothrix agardhii (バクテリア)
遺伝子: OAA / プラスミド: PET26B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 DE3 / 参照: UniProt: C0STD7, UniProt: P84330*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a3-b1_a6-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.0 M (NH4)SO4 and 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5) with protein and 3,6-mannopentaose at molar ratios of 1:2, 1:3, or 1:4 (the protein concentration kept at 40 mg/ml), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月1日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→35.19 Å / Num. all: 13024 / Num. obs: 13024 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.02 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 8.91 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Mean I/σ(I) obs: 13.2 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3S5V

3s5v


解像度: 1.65→35.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.847 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21874 1460 10.1 %RANDOM
Rwork0.17765 ---
obs0.18156 13024 96.51 %-
all-13024 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.374 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å2-0 Å2
2--1 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→35.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数983 0 112 126 1221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5322.0191566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2075141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.01626.48154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.91115145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.753153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7951.5655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34521039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8953486
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6154.5522
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 82 -
Rwork0.231 847 -
obs--85.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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