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万見
- PDB-3s5d: Crystal structure of human frataxin variant W155A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s5d
タイトルCrystal structure of human frataxin variant W155A
要素Frataxin, mitochondrial
キーワードUNKNOWN FUNCTION / allosteric activator / mitochondrion / alpha beta 2-layer sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


proprioception / positive regulation of lyase activity / [4Fe-4S] cluster assembly / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Complex III assembly / iron chaperone activity / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / negative regulation of organ growth / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Mitochondrial protein import ...proprioception / positive regulation of lyase activity / [4Fe-4S] cluster assembly / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Complex III assembly / iron chaperone activity / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / negative regulation of organ growth / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Mitochondrial protein import / embryo development ending in birth or egg hatching / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / iron-sulfur cluster assembly complex / oxidative phosphorylation / response to iron ion / [2Fe-2S] cluster assembly / adult walking behavior / heme biosynthetic process / organ growth / negative regulation of multicellular organism growth / muscle cell cellular homeostasis / iron-sulfur cluster assembly / ferroxidase / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / ferroxidase activity / protein autoprocessing / ferric iron binding / protein maturation / enzyme activator activity / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cellular response to hydrogen peroxide / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Frataxin/CyaY / Frataxin / Metal Transport, Frataxin; Chain A / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Frataxin/CyaY superfamily ...Frataxin/CyaY / Frataxin / Metal Transport, Frataxin; Chain A / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Frataxin/CyaY superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Frataxin, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Tsai, C.-L. / Bridwell-Rabb, J. / Barondeau, D.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Friedreich's Ataxia Variants I154F and W155R Diminish Frataxin-Based Activation of the Iron-Sulfur Cluster Assembly Complex.
著者: Tsai, C.L. / Bridwell-Rabb, J. / Barondeau, D.P.
履歴
登録2011年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frataxin, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1772
ポリマ－14,0811
非ポリマー961
水1,838102
1
A: Frataxin, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Frataxin, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3534
ポリマ－28,1612
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.490, 32.260, 44.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Frataxin, mitochondrial / Friedreich ataxia protein / Fxn


分子量: 14080.516 Da / 分子数: 1 / 断片: mature form (UNP residues 82-210) / 変異: W155A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FRDA, FXN, X25 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16595, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03315
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月23日
放射モノクロメーター: Si(111), Double crystal cryo-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44.8 Å / Num. obs: 20101 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EKG

1ekg


解像度: 1.5→44.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 0.939 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1921 1022 5.1 %RANDOM
Rwork0.1686 ---
obs0.1698 20074 98.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.33 Å2 / Biso mean: 10.0966 Å2 / Biso min: 2.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20.03 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数944 0 5 102 1051
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.022987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6331.9851342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1275120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.14725.68244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.82315171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1.936152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6951.5605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5072977
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3663382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2414.5365
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 65 -
Rwork0.174 1396 -
all-1461 -
obs--97.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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