PDB-3s52: Crystal structure of a putative fumarylacetoacetate hydrolase fam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s52

タイトル

Crystal structure of a putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein from Yersinia pestis CO92

要素

Putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein

キーワード

HYDROLASE / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.012 Å

データ登録者

Nocek, B. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein from Yersinia pestis CO92
著者: Nocek, B. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3s52.ent.gz	284.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3s52_full_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示
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CIF形式データ	3s52_validation.cif.gz	59.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/3s52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/3s52	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5tue-2 6kih-4 3vxi-d 4lqy-d 4w7j-1 5tui-2 4rsq-2 1x8r-d 3ot5-2 2gsu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp04037

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein

B: Putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein

C: Putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein

D: Putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein

ヘテロ分子

98 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein

D: Putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein

C: Putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.169, 92.143, 157.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein / Putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein 分子量: 24379.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: y2229 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21DE3 / 参照: UniProt: Q8D0F9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.5M Ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→37 Å / Num. all: 59586 / Num. obs: 55688 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELX		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.012→36.801 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2108	2646	5.07 %
R_work	0.1602	-	-
obs	0.1629	52175	86.86 %
all	-	54821	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.67 Å² / k_sol: 0.388 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.0891 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.0805 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.0086 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.012→36.801 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6485	0	26	622	7133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6653
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.251	9028
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.514	2452
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	1026
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1175

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0123-2.0489	0.2903	120	0.2173	1994	X-RAY DIFFRACTION	67
2.0489-2.0883	0.3216	117	0.1993	2390	X-RAY DIFFRACTION	81
2.0883-2.1309	0.2848	127	0.1981	2446	X-RAY DIFFRACTION	83
2.1309-2.1773	0.2546	133	0.1765	2499	X-RAY DIFFRACTION	84
2.1773-2.2279	0.2396	153	0.174	2465	X-RAY DIFFRACTION	84
2.2279-2.2836	0.2118	130	0.1647	2533	X-RAY DIFFRACTION	85
2.2836-2.3453	0.2425	140	0.1633	2554	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3453-2.4143	0.2342	132	0.1628	2573	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4143-2.4923	0.2347	123	0.1636	2642	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4923-2.5813	0.2357	142	0.1729	2630	X-RAY DIFFRACTION	88
2.5813-2.6846	0.2283	134	0.1648	2700	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6846-2.8068	0.2234	138	0.1632	2701	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8068-2.9547	0.2145	146	0.17	2718	X-RAY DIFFRACTION	91
2.9547-3.1397	0.1988	153	0.1618	2772	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1397-3.382	0.219	152	0.1588	2803	X-RAY DIFFRACTION	93
3.382-3.722	0.2123	146	0.1448	2786	X-RAY DIFFRACTION	92
3.722-4.2599	0.1606	153	0.1322	2787	X-RAY DIFFRACTION	91
4.2599-5.3644	0.1357	147	0.1259	2746	X-RAY DIFFRACTION	89
5.3644-36.807	0.2228	160	0.1814	2790	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1293	0.1774	0.0654	0.3122	0.2082	0.2788	0.0687	0.0678	0.0587	0.0185	-0.0864	0.0587	0.0922	0.0434	0.028	0.0473	0.015	-0.013	0.0672	0.0006	0.0767	34.7296	38.8774	-17.7575
2	0.1526	0.04	-0.0071	0.0366	-0.0223	0.0888	-0.0178	0.0041	0.0578	0.0029	-0.0083	0.0189	-0.109	0.0538	0.0132	0.0869	-0.03	-0.005	0.0879	-0.0059	0.0701	43.9304	47.5404	-10.1374
3	0.3972	0.116	0.0753	0.1117	0.1734	0.3712	0.1119	-0.0027	-0.0223	-0.0913	0.0016	0.0127	-0.2129	-0.0029	-0.0458	0.1534	-0.0105	0.0279	0.0832	-0.0047	0.0954	41.3451	55.6125	-21.2414
4	0.1426	0.036	0.0179	0.0568	0.0743	0.1079	0.0875	-0.0071	-0.027	0.083	-0.0138	-0.0381	-0.0647	0.0019	-0.0318	0.0859	0.0042	0.0264	0.0585	0.0201	0.0921	36.0232	34.4075	-10.2501
5	0.0842	0.0029	0.0047	0.0298	-0.0851	0.2764	0.0387	-0.0502	-0.1372	0.0807	-0.0941	0.0234	0.05	0.025	0.0217	0.1256	-0.0149	0.0161	0.0686	0.0108	0.1201	39.0211	31.8372	-8.8992
6	0.1827	-0.1934	0.0102	0.2049	0.0032	0.4163	-0.0134	-0.0143	0.0664	-0.0436	-0.1204	-0.0739	-0.0605	-0.0145	0.0237	0.1095	-0.0465	0.0064	0.0597	-0.0145	0.1228	43.4099	59.3072	-8.0442
7	0.1932	0.064	0.0677	0.3549	0.0369	0.032	0.0534	-0.0335	0.0488	-0.0549	-0.0762	0.0728	0.0294	-0.0784	0.0037	0.1223	-0.0195	0.0032	0.0909	0.0104	0.099	37.4931	46.9217	-15.2816
8	0.3303	0.0698	0.0185	0.1083	-0.0476	0.4036	-0.0799	0.0626	-0.107	-0.0149	-0.0545	-0.1154	0.1521	0.1172	0.0307	0.1308	0.0227	0.0091	0.1161	0.0001	0.1268	49.738	35.9067	-20.2156
9	0.1893	0.1598	-0.1104	0.5205	0.1051	0.2936	-0.1007	-0.0472	-0.0097	-0.0764	-0.0006	-0.056	-0.0249	0.0425	0.0535	0.1348	-0.0137	-0.0109	0.1225	0.0427	0.1925	55.3706	47.7706	-23.7037
10	0.0985	0.0091	0.0582	0.0771	0.0632	0.0738	0.0196	0.0418	-0.0328	0.0329	-0.0413	0.0065	0.0212	0.0561	-0.0342	0.0637	-0.0016	-0.0104	0.08	0.0151	0.0655	43.3158	39.7488	-8.3957
11	0.3193	0.0408	0.1833	1.0677	0.3024	0.1781	0.0043	0.2182	0.0132	-0.2558	-0.0151	-0.0236	-0.1111	0.1082	-0.0254	0.1441	0.0418	0.0114	0.1927	-0.0108	0.0635	47.8208	45.2584	-27.9717
12	0.0647	0.0153	-0.0004	0.0667	0.0024	0.0001	0.0126	0.1282	0.0332	-0.0744	0.0673	0.0289	0.0486	0.0003	-0.0352	0.1755	0.0556	-0.0386	0.2655	-0.0039	0.1043	43.3626	47.3451	-30.6116
13	0.4704	0.147	0.6367	0.2003	0.1882	1.1335	-0.1256	0.0817	0.0499	-0.0239	-0.0266	0.0173	-0.1383	0.0773	-0.1103	0.088	-0.0153	-0.1254	0.1517	-0.1447	0.2725	26.0726	25.0066	23.022
14	0.2638	0.0644	-0.0049	0.0487	0.0769	0.1772	0.0022	0.0075	-0.0629	0.062	0.001	-0.0499	0.082	-0.0489	0.0214	0.1613	-0.0338	0.0068	0.1095	-0.0215	0.0852	37.414	27.0986	32.9888
15	0.0713	0.0596	-0.0073	0.0524	-0.0153	0.0355	0.009	0.0224	-0.0084	0.0241	0.0137	-0.0036	0.025	0.0127	-0.0247	0.7005	-0.1982	-0.015	0.751	-0.0554	0.4785	44.9919	13.9935	43.6208
16	0.0739	-0.0697	0.0548	0.0998	-0.0479	0.0452	-0.0266	-0.0646	-0.0072	0.0277	0.0258	-0.0169	-0.0091	0.0575	0.0053	0.36	0.0682	-0.1116	0.4019	-0.0284	0.2349	48.6103	27.7606	45.962
17	0.1194	0.0053	0.0051	0.0573	0.0401	0.0937	-0.1117	0.0135	-0.0506	-0.0503	-0.0326	0.0338	-0.0049	-0.0854	-0.005	0.1013	-0.0333	0.0234	0.1256	-0.0446	0.1266	38.1932	20.7178	24.7292
18	0.0376	0.0652	0.021	0.1915	-0.0632	0.2187	-0.0437	-0.0386	-0.0056	-0.0478	0.024	0.1255	0.1248	0.0277	-0.0049	0.1156	-0.0362	0.0481	0.1565	-0.0336	0.1235	39.9397	18.7448	29.5911
19	0.257	-0.2338	-0.267	0.5417	0.1508	0.4644	-0.0468	0.0659	-0.028	0.1252	-0.0207	0.0111	0.015	-0.1607	0.0323	0.1147	0.0309	0.0136	0.152	-0.0637	0.1623	32.3655	38.0449	40.7804
20	0.3162	-0.0878	-0.1086	0.1109	0.0509	0.1992	-0.0394	0.0054	0.0115	0.1197	-0.045	0.0628	0.1601	-0.0476	0.0473	0.1432	-0.0089	0.0436	0.1334	-0.017	0.1826	45.2101	16.9946	31.602
21	0.0331	0.069	0.0731	0.2136	0.0812	0.2573	-0.0889	0.0311	0.0435	0.0368	-0.0637	0.1649	0.0241	0.0052	-0.008	0.0792	-0.0155	0.042	0.1185	-0.0327	0.1409	42.1985	21.8087	29.1855
22	0.2197	0.0849	0.0415	0.1557	-0.0208	0.3082	0.0368	-0.0739	-0.0819	0.0244	-0.0101	-0.0093	0.1658	-0.0918	0.0554	0.274	-0.1226	0.144	0.2295	-0.0527	0.2011	30.3682	12.4638	38.7652
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24	0.0899	0.0586	-0.0265	0.0457	-0.0376	0.0569	0.0284	0.0045	-0.0125	0.0575	-0.0128	0.0258	0.0624	-0.0533	0.0781	0.2171	-0.1323	0.107	0.1716	-0.0757	0.1798	30.5385	8.6008	27.7621
25	0.0509	-0.0323	-0.0353	0.0806	0.0371	0.0714	0.0255	0.0223	0.0261	-0.0764	-0.0291	-0.0385	0.0248	0.0285	0.0075	0.0847	0.0198	0.006	0.0838	0.0088	0.0701	47.308	41.0384	15.7249
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33	0.1362	-0.0707	0.0978	0.0394	-0.0506	0.0724	0.03	-0.0486	0.0594	-0.0369	0.0252	-0.0628	0.0285	0.0929	0.0013	0.0749	-0.021	0.0158	0.1875	-0.011	0.1386	63.4637	40.6507	8.6068
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40	0.0768	-0.0391	0.0861	0.0652	-0.1135	0.2704	-0.0866	0.0915	0.0939	0.0537	-0.0156	0.0294	-0.1458	-0.0156	-0.003	0.1091	0.065	0.0436	0.1418	0.0449	0.1831	18.8018	59.8591	-11.5664
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43	0.035	-0.0414	0.0284	0.0521	-0.038	0.044	-0.0268	-0.0243	0.0223	0.0877	-0.0055	0.027	0.0277	0.0658	-0.0057	0.12	-0.02	0.0256	0.1216	-0.0155	0.0818	35.832	50.3536	2.0062
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47	0.2153	0.0291	0.0108	0.018	-0.0545	0.2118	0.0881	0.0177	0.1438	0.1025	0.0337	0.1927	-0.1704	0.0307	-0.0603	0.1495	-0.0257	0.0496	0.0851	-0.0113	0.1182	24.2416	56.5646	-3.1811
48	0.1497	-0.068	-0.0831	0.1116	0.0019	0.2054	0.0828	-0.1433	0.105	0.136	-0.0136	0.0692	0.0285	-0.0035	-0.0036	0.2411	-0.0164	0.1639	0.1989	-0.0151	0.2396	13.8378	49.4972	12.4679

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:27)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 28:55)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 56:71)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 72:82)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 83:101)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 102:116)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 117:136)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 137:152)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 153:158)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 159:198)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 199:211)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 212:218)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 1:12)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 13:27)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 28:34)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 35:41)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 42:60)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 61:80)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 81:94)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 95:112)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 113:137)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 138:161)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 162:198)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 199:218)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 2:24)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 25:36)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 37:55)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 56:77)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 78:91)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 92:101)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid 102:116)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 117:136)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain C and resid 137:147)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain C and resid 148:159)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain C and resid 160:192)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain C and resid 193:218)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain D and resid 1:6)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain D and resid 7:54)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain D and resid 55:70)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain D and resid 71:90)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain D and resid 91:99)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain D and resid 100:110)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain D and resid 111:127)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain D and resid 128:153)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain D and resid 154:158)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain D and resid 159:176)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain D and resid 177:198)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain D and resid 199:218)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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