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- PDB-3s4r: Crystal structure of vimentin coil1A/1B fragment with a stabilizi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s4r
タイトルCrystal structure of vimentin coil1A/1B fragment with a stabilizing mutation
要素Vimentin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / alpha-helix / cytoskeleton / intermediate filament
機能・相同性
機能・相同性情報


keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / microtubule organizing center / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton ...keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / microtubule organizing center / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton / intermediate filament / cell leading edge / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / regulation of mRNA stability / Late endosomal microautophagy / cellular response to type II interferon / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / double-stranded RNA binding / neuron projection development / negative regulation of neuron projection development / peroxisome / scaffold protein binding / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / molecular adaptor activity / cytoskeleton / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.452 Å
データ登録者Chernyatina, A.A. / Strelkov, S.V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Atomic structure of the vimentin central alpha-helical domain and its implications for intermediate filament assembly.
著者: Chernyatina, A.A. / Nicolet, S. / Aebi, U. / Herrmann, H. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2011年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vimentin
B: Vimentin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3614
ポリマ－22,1772
非ポリマー1842
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.329, 65.329, 377.339
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-205-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Vimentin


分子量: 11088.521 Da / 分子数: 2 / 断片: coil 1A/1B fragment (UNP residues 99-189) / 変異: Y117L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLJ36605, VIM / プラスミド: pPEP-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08670
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.4964.79
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法60.1M Na cacodylate, MPD 20%, Mg acetate 0.45M, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法60.1M MES, MPD 35%, 0.35M Li2SO4, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06DA11
シンクロトロンSLS X06DA20.9796
シンクロトロンSLS X06DA30.9798
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2009年5月29日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2009年7月16日
MARMOSAIC 225 mm CCD3CCD2009年7月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97961
30.97981
Reflection冗長度: 9.2 % / Av σ(I) over netI: 43.18 / 数: 71320 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.5 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 7749 / % possible obs: 86.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.325099.410.0573.9159
5.817.3210010.0892.05810.2
5.085.8110010.0741.58510.5
4.625.0810010.0641.54210.5
4.294.6210010.0781.67910.7
4.034.2910010.0981.92910.8
3.834.0310010.1051.810.6
3.663.8310010.1421.50310.8
3.523.6610010.1581.20410.6
3.43.5210010.1790.98610.3
3.33.410010.1870.949.8
3.23.310010.2150.859
3.123.299.110.1780.7928.1
3.043.1295.910.170.8136.8
2.973.0486.210.1430.8496.1
2.912.9767.910.130.8466.1
2.852.9151.910.1570.9186.5
2.82.8545.510.1620.8886.7
2.752.842.910.2220.7446.7
2.72.754110.2560.7646.6
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 11209 / Num. obs: 11209 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): -6 / Observed criterion σ(I): -6 / 冗長度: 10.9 % / Rsym value: 0.071 / Χ2: 1.765 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2,1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.45-2.498.50.421.73251.56355.9
2.49-2.548.30.2953691.4462.2
2.54-2.597.80.3284241.52372.6
2.59-2.647.40.3434961.60185.4
2.64-2.780.4135631.45896.1
2.7-2.769.70.4355901.434100
2.76-2.8311.20.3685921.465100
2.83-2.9120.2825771.52100
2.9-2.9911.90.1845941.542100
2.99-3.0912.20.2065881.561100
3.09-3.2120.1775911.534100
3.2-3.32120.1525861.604100
3.32-3.4812.10.1315921.67100
3.48-3.66120.1066032.015100
3.66-3.8911.90.0855862.356100
3.89-4.1911.60.0626092.665100
4.19-4.6111.70.0526092.528100
4.61-5.2811.60.0386101.702100
5.28-6.6511.50.0426351.644100
6.65-5010.20.0266701.73799.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
beamline - specificデータ収集
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.452→48.52 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.69 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 43.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3147 532 4.8 %RANDOM
Rwork0.2917 ---
all0.2929 11151 --
obs0.2929 11076 92.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.609 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 153.94 Å2 / Biso mean: 78.265 Å2 / Biso min: 39.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-23.2798 Å20 Å2-0 Å2
2--23.2798 Å20 Å2
3----42.9403 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.452→48.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1505 0 12 4 1521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111519
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2172020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.074634
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4522-2.6990.46131130.38822041215474
2.699-3.08950.43641300.35082773290399
3.0895-3.89210.35381450.30352780292599
3.8921-48.5290.25381440.25892950309499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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