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- PDB-3s4o: Protein Tyrosine Phosphatase (putative) from Leishmania major -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s4o
タイトルProtein Tyrosine Phosphatase (putative) from Leishmania major
要素Protein tyrosine phosphatase-like protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


kinetoplast / dephosphorylation / phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / host cell cytoplasm / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Swiss Army Knife protein, DSP-PTPase phosphatase domain / : / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...: / Swiss Army Knife protein, DSP-PTPase phosphatase domain / : / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOSULFATE / Protein tyrosine phosphatase PRL-1
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Merritt, E.A. / Arakaki, T. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP) / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Protein Tyrosine Phosphatase from Leishmania major
著者: Merritt, E.A. / Arakaki, T. / Neely, H. / Phizicky, E. / Quartley, E. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Zucker, F. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J.
履歴
登録2011年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein tyrosine phosphatase-like protein
B: Protein tyrosine phosphatase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3734
ポリマ－37,0222
非ポリマー3502
水1,58588
1
A: Protein tyrosine phosphatase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8623
ポリマ－18,5111
非ポリマー3502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein tyrosine phosphatase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5111
ポリマ－18,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.518, 69.420, 118.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein tyrosine phosphatase-like protein


分子量: 18511.084 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 4-167 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: LmjF16.0230, LMJF_16_0230 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QEZ7, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-THJ / THIOSULFATE


分子量: 112.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: protein buffer 25 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, crystallization buffer 100 mM Sodium thiosulfate pentahydrate, 100 mM HEPES pH 7.0, 35% PEG 4000, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97955, 0.97967, 0.95369
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979551
20.979671
30.953691
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 17137 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.16-2.242.80.239340.732148.3
2.24-2.333.50.21112620.883166.5
2.33-2.434.20.21614990.949178.4
2.43-2.565.10.19517060.969188.3
2.56-2.726.30.16818380.976195.6
2.72-2.9370.13719170.994199
2.93-3.237.10.09519370.968199.1
3.23-3.696.90.07819521.054199.5
3.69-4.656.80.09619831.073199.4
4.65-506.30.12821090.995199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX+ phaser位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→45.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / WRfactor Rfree: 0.2578 / WRfactor Rwork: 0.2145 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8192 / SU B: 15.73 / SU ML: 0.187 / SU R Cruickshank DPI: 0.4087 / SU Rfree: 0.2539 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: RIDING HYDROGEN ATOMS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 777 5.1 %RANDOM
Rwork0.2065 ---
obs0.2086 15341 94.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.75 Å2 / Biso mean: 47.6157 Å2 / Biso min: 23.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2548 0 20 88 2656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222649
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2051.9473593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1893.0014464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2445330
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02503
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 43 -
Rwork0.27 729 -
all-772 -
obs--69.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
123.39883.2601-10.7439.6606-3.369815.7948-0.00281.19071.2971-0.858-0.0916-0.2517-1.179-0.15570.09440.72370.0015-0.05660.23080.11780.235123.026-0.421-20.436
22.3349-0.3820.96582.5-0.25133.9564-0.02960.00890.0650.02880.06180.18270.0871-0.2281-0.03210.327-0.0180.00840.1110.02340.048818.66-13.563-14.829
36.5934-0.8898-1.695512.9379-2.02068.2075-0.3658-0.16430.2860.63140.39450.1029-0.84850.4381-0.02880.5125-0.0531-0.03450.1608-0.02480.096927.076-2.732-4.294
48.5953-6.22570.733133.260313.57727.2162-0.0697-0.95160.95731.54350.3831-1.3495-0.81210.3976-0.31340.5437-0.0004-0.03230.4040.03840.194317.3162.034-32.559
53.0724-0.81180.79013.8764-1.30035.860.14590.1717-0.2346-0.42710.07110.37780.4766-0.4424-0.2170.4249-0.0568-0.07570.24440.08950.13535.979-8.172-36.539
63.76721.203-1.79877.9655-1.88668.3616-0.10470.0639-0.0862-0.13580.25490.32530.044-0.2651-0.15030.42650.06810.00380.16390.07470.047612.6214.1-46.138
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A17 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3A134 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 16
5X-RAY DIFFRACTION5B17 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6B119 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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