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- PDB-3s4l: The CRISPR-associated Cas3 HD domain protein MJ0384 from Methanoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s4l
タイトルThe CRISPR-associated Cas3 HD domain protein MJ0384 from Methanocaldococcus jannaschii
要素CAS3 Metal dependent phosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / IMMUNE SYSTEM / HD-MOTIF / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hypothetical protein af1432 - #30 / Cas3, HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / HD Cas3-type domain profile. / Hypothetical protein af1432 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas3-HD
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Petit, P. / Brown, G. / Yakunin, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Structure and activity of the Cas3 HD nuclease MJ0384, an effector enzyme of the CRISPR interference.
著者: Beloglazova, N. / Petit, P. / Flick, R. / Brown, G. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2011年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年6月22日ID: 3M5F
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Structure summary
改定 1.32020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAS3 Metal dependent phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5333
ポリマ－28,4531
非ポリマー802
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.073, 59.073, 162.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CAS3 Metal dependent phosphohydrolase / Uncharacterized protein MJ0384


分子量: 28452.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ0384, Y384_METJA / プラスミド: p15-TVL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57829
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6
詳細: PEG 5000 MME 25%, (NH4)2 SO4 0.2M, SPG 0.1M, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97941
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月7日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.54 Å / Num. obs: 13603 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 38.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXD位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.537 Å / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2723 671 4.96 %
Rwork0.2336 --
obs0.2355 13536 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.389 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9399 Å20 Å2-0 Å2
2--3.9399 Å20 Å2
3----7.8798 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1583 0 2 30 1615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1222162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.409601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.47750.39371430.29172499X-RAY DIFFRACTION100
2.4775-2.72670.27041360.2592498X-RAY DIFFRACTION100
2.7267-3.12090.32471270.24722560X-RAY DIFFRACTION100
3.1209-3.93050.28641420.23432569X-RAY DIFFRACTION100
3.9305-29.53890.22421230.21382739X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.8527 Å / Origin y: 24.4472 Å / Origin z: 80.1563 Å
111213212223313233
T0.0449 Å2-0.0542 Å2-0.033 Å2-0.0903 Å20.0525 Å2--0.0968 Å2
L2.3864 °20.8711 °2-1.2064 °2-2.7604 °2-1.997 °2--3.837 °2
S-0.0923 Å °0.2082 Å °-0.0155 Å °-0.0228 Å °0.2092 Å °0.0509 Å °0.1053 Å °-0.1806 Å °-0.0472 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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