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- PDB-3s49: RNA crystal structure with 2-Se-uridine modification -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s49
タイトルRNA crystal structure with 2-Se-uridine modification
要素RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
キーワードRNA / 2-Se-uridine
機能・相同性: / RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sheng, J. / Gan, J. / Sun, H. / Hassan, A.E.H. / Jiang, S. / Huang, Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Higher Specificity of RNA Base Pairing with 2-Selenouridine
著者: Sheng, J. / Gan, J. / Sun, H. / Hassan, A.E.H. / Jiang, S. / Huang, Z.
履歴
登録2011年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
E: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
F: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
G: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,13910
ポリマ－18,0227
非ポリマー1173
水1,27971
1
A: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1492
ポリマ－5,1492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1883
ポリマ－5,1492
非ポリマー391
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
F: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2274
ポリマ－5,1492
非ポリマー782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')

G: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1492
ポリマ－5,1492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)47.095, 47.095, 424.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-9-

K

21F-2-

K

31A-21-

HOH

41A-42-

HOH

51C-10-

HOH

61C-93-

HOH

71D-18-

HOH

81D-84-

HOH

91E-14-

HOH

101F-18-

HOH

111F-131-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*(RUS)P*AP*C)-3')


分子量: 2574.506 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 2-Se-U-phosphoramidite and solid phase synthesis
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% MPD, 40 mM Na Cacodylate (pH 7.0), 12mM Spermine Tetra-HCl, 80 mM Potassium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月1日
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 9870 / Num. obs: 8288 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5109 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 959 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 246D

246d


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 14.327 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26977 421 4.9 %RANDOM
Rwork0.21484 ---
obs0.2173 8206 99.44 %-
all-8288 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.531 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.01 Å21.01 Å20 Å2
2--2.01 Å20 Å2
3----3.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.245 Å0.31 Å
Luzzati sigma a-0.174 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1162 3 71 1236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0211295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.16932002
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1420.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2620.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.219
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.72931358
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0124.52002
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 29 -
Rwork0.306 606 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7303-1.27731.24624.7287-0.20390.60360.39180.1433-0.1266-0.30130.29020.2215-0.0771-0.8166-0.682-0.0923-0.0135-0.01440.03330.0993-0.02713.273314.04257.937
26.18683.25194.65712.90842.979312.44880.4692-0.4684-0.39010.14240.17760.45910.4488-0.9091-0.6468-0.21360.0201-0.0559-0.13230.1753-0.017512.688710.30812.0779
32.46681.1165-0.17161.0167-0.33093.11350.4957-0.20340.43430.4124-0.16360.2315-0.52350.2837-0.3321-0.0195-0.03380.0987-0.1101-0.0314-0.05661.088312.491932.3518
42.8828-0.8505-1.4132.60321.0460.86080.18760.24630.32910.09980.23510.00610.01510.0751-0.4227-0.0188-0.03670.0559-0.05830.0296-0.04282.7829.364728.2688
50.6154-0.8598-0.65772.81282.07697.61970.0337-0.2032-0.17710.55330.3929-0.3010.58110.3231-0.4266-0.02280.0792-0.1177-0.0618-0.0512-0.10258.520217.883853.0478
64.7465-1.6609-0.15012.19770.93136.6472-0.0886-0.0768-0.28790.29890.4707-0.41160.4584-0.0613-0.3821-0.07260.0101-0.0825-0.1418-0.0711-0.10835.081118.875249.012
710.23212.32485.86364.60633.923416.46231.33940.0766-1.27970.4680.4988-0.16372.69770.4792-1.83810.71770.3474-0.29860.0064-0.05830.02538.47969.863273.2859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 8
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 16
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 8
6X-RAY DIFFRACTION6F9 - 16
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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