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- PDB-3s44: Crystal Structure of Pasteurella multocida sialyltransferase M144... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s44
タイトルCrystal Structure of Pasteurella multocida sialyltransferase M144D mutant with CMP bound
要素Alpha-2,3/2,6-sialyltransferase/sialidase
キーワードTRANSFERASE / GT-B fold / Sialyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Sialyltransferase, C-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase, N-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase PMO188 / Sialyltransferase, N-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase PMO188 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CMP-3F(a)-Neu5Ac / Alpha-2,3/2,6-sialyltransferase/sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pasteurella multocida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Sugiarto, G. / Lau, K. / Li, Y. / Lim, S. / Ames, J.B. / Le, D.-T. / Fisher, A.J. / Chen, X.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: A Sialyltransferase Mutant with Decreased Donor Hydrolysis and Reduced Sialidase Activities for Directly Sialylating Lewis(x).
著者: Sugiarto, G. / Lau, K. / Qu, J. / Li, Y. / Lim, S. / Mu, S. / Ames, J.B. / Fisher, A.J. / Chen, X.
履歴
登録2011年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-2,3/2,6-sialyltransferase/sialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0402
ポリマ－46,4511
非ポリマー5881
水7,764431
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.440, 61.570, 62.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha-2,3/2,6-sialyltransferase/sialidase


分子量: 46451.355 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-412 / 変異: M144D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pasteurella multocida (バクテリア)
株: P-1059 / 遺伝子: homologue of Pm0188 / プラスミド: pET23a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15KI8, EC: 2.4.99.-
#2: 化合物 ChemComp-FN5 / CMP-3F(a)-Neu5Ac


分子量: 588.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30FN4O14P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24% PEG3350, 50 mM sodium chloride, 0.4% Triton X-100, 100 mM HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月24日
放射モノクロメーター: Si 111 Double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→25 Å / Num. all: 64577 / Num. obs: 63327 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 19.06
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique all: 5052 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IHJ

2ihj


解像度: 1.45→23.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.995 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21482 3230 5.1 %RANDOM
Rwork0.18701 ---
obs0.18842 63327 98.25 %-
all-64577 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.652 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å20.06 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----0.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.079 Å-
Luzzati sigma a-0.053 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→23.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3185 0 21 431 3637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4291.9584483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.675393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.96725.294170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.57615575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9811511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8321.51948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45723168
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.46331351
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.864.51312
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 239 -
Rwork0.281 4436 -
obs--98.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7965-0.19490.70960.5651-0.18270.9310.0449-0.1183-0.18660.03260.00920.08030.1064-0.0277-0.0540.02830.00510.01380.01870.02470.042814.26678.192218.2893
21.57390.4879-0.12760.5937-0.09970.9324-0.0518-0.00170.0208-0.03550.04060.11020.0078-0.07720.01130.01810.00480.00260.01620.02320.0683.515216.724712.2366
31.10640.4756-0.37671.58410.1950.3176-0.16350.2263-0.0698-0.19640.1209-0.1042-0.01530.03650.04260.1488-0.07050.00720.16530.02670.053721.268114.5918-16.5468
41.90220.7632-0.35271.15550.42461.6493-0.16870.1360.1289-0.17750.04620.193-0.1303-0.07530.12250.0965-0.0238-0.04960.02530.01990.04868.114117.4342-11.1645
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 152
2X-RAY DIFFRACTION2A153 - 250
3X-RAY DIFFRACTION3A251 - 333
4X-RAY DIFFRACTION4A334 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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