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- PDB-3s3x: Structure of chicken acid-sensing ion channel 1 AT 3.0 A resoluti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s3x
タイトルStructure of chicken acid-sensing ion channel 1 AT 3.0 A resolution in complex with psalmotoxin
要素
  • Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal
  • Psalmotoxin-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ACID-SENSING / ION CHANNEL / SODIUM CHANNEL / CELL MEMBRANE / GLYCOPROTEIN / ION TRANSPORT / MEMBRANE / SODIUM TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT / TRANSPORT PROTEIN / TOXIN / CYSTEINE KNOT
機能・相同性
機能・相同性情報


pH-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / ion channel regulator activity / protein homotrimerization / sodium ion transmembrane transport / toxin activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acid-sensing ion channel domain / acid-sensing ion channel 1 fold / acid-sensing ion channel 1 domain / Acid-sensing ion channels like fold / Acid-sensing ion channels like domains / YojJ-like / Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel ...Acid-sensing ion channel domain / acid-sensing ion channel 1 fold / acid-sensing ion channel 1 domain / Acid-sensing ion channels like fold / Acid-sensing ion channels like domains / YojJ-like / Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel / Helix Hairpins / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Psalmotoxin-1 / Acid-sensing ion channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Psalmopoeus cambridgei (クモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Dawson, R.J.P. / Benz, J. / Stohler, P. / Tetaz, T. / Joseph, C. / Huber, S. / Schmid, G. / Huegin, D. / Pflimlin, P. / Trube, G. ...Dawson, R.J.P. / Benz, J. / Stohler, P. / Tetaz, T. / Joseph, C. / Huber, S. / Schmid, G. / Huegin, D. / Pflimlin, P. / Trube, G. / Rudolph, M.G. / Hennig, M. / Ruf, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Structure of the Acid-sensing ion channel 1 in complex with the gating modifier Psalmotoxin 1.
著者: Dawson, R.J. / Benz, J. / Stohler, P. / Tetaz, T. / Joseph, C. / Huber, S. / Schmid, G. / Hugin, D. / Pflimlin, P. / Trube, G. / Rudolph, M.G. / Hennig, M. / Ruf, A.
履歴
登録2011年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Structure summary
改定 1.22012年7月18日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal
B: Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal
C: Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal
D: Psalmotoxin-1
E: Psalmotoxin-1
F: Psalmotoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,44416
ポリマ－170,9076
非ポリマー1,53710
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20030 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area56630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.396, 109.442, 127.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 71:140 or resseq 142:153 or resseq...
211chain B and (resseq 71:140 or resseq 142:153 or resseq...
311chain C and (resseq 71:140 or resseq 142:153 or resseq...
112chain D and (resseq 2:27 or resseq 29:38 )
212chain E and (resseq 2:27 or resseq 29:38 )
312chain F and (resseq 2:27 or resseq 29:38 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 12分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal / Acid-sensing ion channel 1


分子量: 52622.848 Da / 分子数: 3 / 断片: sequence database residues 26-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ACCN2, ASIC1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q1XA76
#2: タンパク質・ペプチド Psalmotoxin-1 / Pi-TRTX-Pc1a / PcTx1 / Pi-theraphotoxin-Pc1a


分子量: 4346.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Psalmopoeus cambridgei (クモ) / 参照: UniProt: P60514
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 18分子

#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.06 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M sodium acetate pH 5.5, 3 % Glycerol, 3% 1,6-hexanediol, 11 % PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 3→49.03 Å / Num. obs: 55842 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.38 % / Rmerge(I) obs: 0.1083 / Rsym value: 0.1083 / Net I/σ(I): 8.51
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 3.53 % / Rmerge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Rsym value: 0.725 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDS(VERSION May 10データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S3W

3s3w


解像度: 2.99→29.915 Å / SU ML: 1.01 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 2823 5.07 %random
Rwork0.2176 ---
obs0.2192 55678 99.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.431 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.7524 Å2-0 Å2-25.6394 Å2
2---13.5665 Å2-0 Å2
3----11.186 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→29.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10413 0 92 14 10519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67614544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2844029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031889
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2754X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2754X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
13C2754X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.072
21D288X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22E288X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
23F288X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.04150.51931420.4472621X-RAY DIFFRACTION99
3.0415-3.09680.40511250.4112635X-RAY DIFFRACTION99
3.0968-3.15630.39711340.37022633X-RAY DIFFRACTION99
3.1563-3.22060.38751480.34442628X-RAY DIFFRACTION99
3.2206-3.29060.34791620.31952620X-RAY DIFFRACTION100
3.2906-3.3670.34191220.28382639X-RAY DIFFRACTION99
3.367-3.45110.28131320.2812634X-RAY DIFFRACTION99
3.4511-3.54430.28281200.25622634X-RAY DIFFRACTION99
3.5443-3.64840.27421450.23952638X-RAY DIFFRACTION99
3.6484-3.76590.2591430.23332614X-RAY DIFFRACTION99
3.7659-3.90030.25811380.21352645X-RAY DIFFRACTION99
3.9003-4.05610.20191360.19092638X-RAY DIFFRACTION99
4.0561-4.24020.22011430.17712640X-RAY DIFFRACTION99
4.2402-4.4630.17151580.15662634X-RAY DIFFRACTION99
4.463-4.74160.19091580.15112625X-RAY DIFFRACTION99
4.7416-5.10610.20421470.14822646X-RAY DIFFRACTION100
5.1061-5.61690.20611340.16852677X-RAY DIFFRACTION100
5.6169-6.42260.221380.19662693X-RAY DIFFRACTION99
6.4226-8.06550.26371450.21042649X-RAY DIFFRACTION99
8.0655-29.9170.24281530.22982712X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12371.3958-6.88510.5965-1.01464.74940.2306-0.5330.01540.7041-0.4221.0576-0.6470.04340.05741.43970.0240.17221.8133-0.03331.485821.1903-7.01544.0137
22.32320.510.27093.6718-0.08852.0051-0.15550.22030.3588-0.63710.0197-0.2477-0.57470.29250.11180.8302-0.08540.00580.38920.02870.4270.603611.653413.1083
38.00466.36060.29866.644-0.10650.0908-0.0252-0.20321.21730.33780.04651.204-0.1064-0.4781-0.07390.9110.06860.05080.6073-0.05540.699350.455415.088129.5954
41.9916-0.2261-0.09312.62310.85211.25450.0091-0.10590.0260.1786-0.03280.3949-0.0043-0.2663-0.02020.7109-0.0604-0.05820.42880.08570.368356.08744.333822.225
59.0546-5.4428-3.98993.19872.21941.7572-0.47211.747-1.66710.3856-0.49361.73420.0871-1.18391.06351.1795-0.24480.19641.3122-0.16952.022119.9656-12.995226.7771
62.10780.7018-0.17912.8891-0.77174.9461-0.01010.5838-0.2421-0.88080.1445-0.46590.7820.1373-0.06920.91690.0738-0.05250.5114-0.1210.566874.1773-25.40241.4445
72.0467-0.48261.13412.172-0.05782.2665-0.00260.2471-0.1262-0.5433-0.00890.4883-0.0398-0.1677-0.07750.7404-0.0258-0.09780.368-0.01650.46460.332-19.99818.6139
81.11030.613-0.11910.389-0.21610.48420.05570.0318-0.00030.24970.3843-0.3704-0.8341-0.5952-0.43722.1585-0.73090.52272.8276-0.15772.057312.1584-19.167229.6429
95.21691.79570.61410.6599-0.01331.0786-0.33860.2434-0.44740.7736-1.14331.7472-0.4005-1.23981.65641.0999-0.45840.24342.49550.16332.65219.1371-25.74941.0988
101.3928-1.00430.61912.6216-0.21592.18220.0519-0.1989-0.10490.18180.0671-0.06770.15510.0508-0.14430.4207-0.0549-0.04960.3899-0.00620.353777.685-15.930337.8998
112.12582.2609-1.2083.8737-0.71391.9451-0.2647-0.132-0.1345-0.23110.22380.37520.0649-0.3519-0.0550.5149-0.0683-0.06310.51860.07830.343963.1418-6.462632.29
121.73851.302-2.53534.36550.86095.91980.826-0.60690.104-0.26341.20232.08280.0637-1.3544-1.87641.0715-0.33460.23752.14310.49312.372814.2327-17.799946.2433
130.7327-0.6202-1.59558.77571.08673.48410.6156-1.8671.5591.6424-0.7051-0.6085-0.3280.05150.01141.788-0.633-0.5530.6193-0.3150.936276.617529.377342.5247
142.0044-1.86540.3432.39332.57166.5328-0.1452-0.54830.67951.0511-0.0585-0.9513-0.37010.5840.06771.4972-0.2992-0.34530.7874-0.07530.777880.252923.23440.7776
157.73614.87435.29692.00669.08072.00560.1653-1.73510.97361.3102-0.127-0.0922-0.30740.0916-0.01421.8267-0.2287-0.30150.9792-0.19760.722973.81322.086944.7708
169.38961.997-2.10682.00084.69031.99880.2913-0.1103-0.36110.8671-0.15770.03540.42620.0344-0.0040.7279-0.15060.00480.5390.03920.623377.257314.5234.0502
176.2282-1.65465.39412.00366.08282.00410.3836-1.9997-0.3562.4332-1.19810.91421.2766-1.14190.84821.7433-0.18840.05820.9222-0.14810.645670.055919.360643.9996
184.62512.9896-2.25263.291-3.52624.27250.53511.2950.2347-1.67010.00690.0038-0.51570.0487-0.7672.27410.2306-0.07221.1265-0.0490.515558.9406-7.9102-20.1316
192.0021-3.2593-3.52414.2980.27563.42930.10191.64630.5093-1.6506-0.5151-0.23280.02530.6080.42752.32570.1278-0.1491.17920.26460.796362.66150.0251-20.5418
204.9057-6.34447.53889.1881.99752.00210.21781.34220.4481-2.0379-0.71650.7772-0.23820.09440.52891.9832-0.2679-0.16780.92010.15350.593554.3636-3.6953-16.6916
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resseq 17:24)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resseq 25:31)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resseq 32:38)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resseq 2:11)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resseq 12:16)
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21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resseq 25:31)
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24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resseq 7:16)
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26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resseq 25:31)
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resseq 32:38)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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